中国科学院微生物研究所主要从事微生物学基础和应用研究。研究所以微生物资源、微生物生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，开展基础性、战略性、前瞻性研究。 据2016年4月研究所官网显示，中国科学院微生物研究所正式职工514人（含项目聘用），其中正高级专业技术职务79人，副高级专业技术职务105人，中级专业技术职务221人，初级专业技术职务62人，有3个国家重点实验室，2个中国科学院重点实验室 。