北京大学心血管研究所成立于1984年，为首批原卫生部重点实验室，汤健教授为第一任所长，唐朝枢教授为副所长。2002年与北京大学第三医院血管医学研究所和北京大学基础医学院病理与生理学系联合，成立分子心血管学教育部重点实验室，同时更名为北京大学心血管研究所，由韩启德教授任所长，张幼怡研究员2005年任共同所长。2013年张幼怡研究员任所长，刘国庆教授和汪南平教授任副所长。2018年至今董尔丹研究员任所长，郑乐民研究员和黄薇副教授任副所长。研究所现有专职研究人员15人，博士后4人，博士、硕士生30人。