2003年，非典型肺炎过后，中国科学院广州生物医药与健康研究院（简称“广州健康院”）在中国科学院、广东省、广州市共建三方的见证下应运而生，于2006年3月正式成立。广州健康院是中国科学院首个面向地方经济社会的发展需求、在实施“知识创新工程”试点中与地方共建的研究所，首次采取院、省、市联合共建以及理事会领导下的院长负责制的全新运行体制机制。研究院的成立填补了当时华南地区生物医药领域国立科研机构的空白，对中国新型研发机构实有筚路蓝缕的探索之功。