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简化宏基因组测序实现菌株水平物种分类

作为全鸟枪测序的替代方法，作者研究了使用简化宏基因组测序（RMS）方法来评估菌群组成的方法。这涉及使用双重消化的限制性相关DNA测序，这意味着仅对较小部分的基因组进行了测序。通过这种方法获得的读长集具有与扩增子和鸟枪法数据不同的特性，作者在 https://github.com/larssnip/microRMS 上以R包的形式提供了一个数据分析流程。作者发现，在菌株水平上解析菌群时，RMS是宏条形码或鸟枪测序的良好替代方案。像鸟枪宏基因组学一样，它需要一个良好的基因组参考数据库，非常适合研究人类肠道或存在许多参考基因组的其他菌群。

菌群组成读长 16s扩增子测序简化的宏基因组测序婴儿肠道

宏基因组测序无参分析新方法

本文提到了Nubeam（核苷酸作为矩阵），一种新颖的分析测序数据的无参考方法，作者目前将其用来分析短测序读长，介绍了其方法的特点。Nubeam通过矩阵表示核苷酸，将读长转换为矩阵的乘积，并根据乘积矩阵为读长分配编号，Nubeam利用矩阵乘法的非交换性质，以便为不同的读长分配不同的编号，而相似的读长分配相似的编号；Nubeam包含k-mer方法作为特例，但是与k-mer方法不同，Nubeam便于考虑GC偏差和核苷酸质量；作为无参考方法，Nubeam避免了参考偏差和作图偏差，并且可以在没有参考基因组的生物中使用。因此，Nubeam非常适合分析宏基因组测序的数据集,也可用于分析16S rRNA基因测序数据。

Nubeam 宏基因组测序无参矩阵测序质量