刘洋彧团队Nature子刊:用神经常微分方程预测菌群的代谢组学特征
热心肠小伙伴们 2023-03-28
近日,美国哈佛医学院刘洋彧及团队在Nature Machine Intelligence发表最新研究,基于最先进的深度神经网络模型,通过神经常微分方程(mNODE)来预测微生物的代谢组学特征,在模拟和真实数据中,性能优良,是研究微生物组-饮食-代谢组关系的有力工具,有助于未来精准营养的研究,值得关注。

描述微生物群落的代谢特征,对于理解其生物学功能及其对宿主或环境的影响至关重要。从微生物组成预测代谢组学图谱的计算方法,可节省实验代谢组学图谱所需的大量工作。然而,目前仍缺少一种具有高预测能力、普遍适用性和高可解释性的计算方法。近日,美国哈佛医学院刘洋彧及团队在Nature Machine Intelligence发表最新研究Predicting metabolomic profiles from microbial composition through neural ordinary differential equations,基于最先进的深度神经网络模型,通过神经常微分方程(mNODE)来预测微生物的代谢组学特征,在模拟和真实数据中,性能优良,是研究微生物组-饮食-代谢组关系的有力工具,有助于未来精准营养的研究,值得关注。

专家简介
刘洋彧
哈佛大学医学院副教授
布莱根女子医院副研究员
刘洋彧博士现任哈佛大学医学院副教授和布莱根女子医院副研究员。他于 2009年从美国伊利诺伊大学获得物理学博士学位。博士期间关于无序系统中相变的研究曾入选《欧洲物理学评论》2009年度最佳论文。2009年至2012年,他在美国东北大学物理系和复杂网络研究中心先后担任博士后和助理研究教授。期间他关于复杂网络的可控性和可观性的一系列工作曾被列为Nature封面故事,PNAS封面故事,并受到包括Nature, Science, Science News, Science Daily, WIRED等期刊或媒体的广泛报道。他于2013年加入哈佛大学医学院。他实验室(https://yangyuliu.bwh.harvard.edu)目前的研究重点是从群落生态学,网络科学,控制论,和机器学习等多个角度研究复杂微生物群落,尤其关注人类微生物组的一系列根本性问题以及人类微生物组在疾病治疗和精准营养上的应用。迄今为止,刘洋彧博士已经发表学术论文130余篇(其中Cell/Nature/Science正刊及子刊近40篇),总引用超万次,并担任多个学术期刊的副编辑,近70个学术期刊的特约审稿人,以及10多个国际会议的组织或程序委员会成员。
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