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龚神海等Cell子刊：异性同居促进肠道异黄酮微生物转化减轻肝损伤

通过雌雄异性共栖小鼠模型探究肠道菌群对对乙酰氨基酚诱导急性肝损伤（ALI）的影响。

姜长涛等Science：从真菌菌库到肝病治疗！肠道共生真菌如何降脂护肝？

研究团队创建了基于粪便原位培养的FOCUS-G系统，成功分离出2137株肠道真菌，包括可适应厌氧环境的丝状真菌Fusarium spp.。

于君+匡铭：多灶性肝癌不同亚型里的细菌帮凶

研究分析58例多灶性肝细胞癌（HCC）患者的242个肿瘤结节及匹配非肿瘤组织，通过16S rRNA基因测序、全外显子组测序（WES）和RNA测序，整合多组学数据揭示肝内微生物异质性及其与宿主基因组的关联。

段丽萍团队：肠菌如何刺激肠道痛觉“开关”促腹泻？

研究纳入腹泻型肠易激综合征（IBS-D）患者及健康对照，通过问卷调查、直肠压力测定、结肠活检，结合粪便微生物移植（FMT）及菌群干预小鼠模型，探究机械感知Piezo2受肠道菌群调控与肠功能障碍的关联。

傅静远等Cell：3.2万样本！绘制全球人类肠菌物种的菌株“家谱树”，拓展菌群和健康新视角

分析32,152个全球样本的肠道微生物组，通过StrainPhlAn 4重建583种微生物的系统发育树，探究种内遗传多样性与地理及宿主健康的关联。

黄秀娟等Nature：百年大数据！全球炎症性肠病趋势的四大流行病学阶段

该研究分析了522项基于人群的IBD（炎症性肠病）研究数据，覆盖82个地区，时间跨度1920-2024年，通过机器学习分类IBD的4个流行病学阶段。

秦环龙等：肥胖相关抑郁症肠道里的“抑郁制造者”

研究通过比较肥胖抑郁症（OD）患者与健康对照的微生物组和转录组，发现OD组肠道中富集人结肠厌氧棍状菌（A. colihominis）及谷氨酸代谢相关基因，粪菌移植（FMT）实验进一步验证了该菌与代谢紊乱及抑郁行为的因果关系。

王帅团队：肠道蠕虫如何利用宿主免疫和菌群，为自身创造有利环境？

使用组织寄生蠕虫模型（幼虫期多房棘球绦虫）并验证其他寄生虫感染，揭示寄生虫通过宿主先天免疫的抗菌程序重塑肠道菌群。研究结合16S rRNA测序、RNA测序及体内外实验，分析寄生虫-宿主-菌群互作机制。

马曦团队：益生菌生物膜+精准靶向递送，有效治疗大肠杆菌肠道感染

开发甘露糖化的金属有机框架（MOF）封装乳酸菌生物膜（LRB）的双靶向系统，用于对抗大肠杆菌（E. coli）引发的肠道感染。通过合成Zn-MOF并进行甘露糖化修饰，再结合罗伊氏乳杆菌生物膜包裹，实现精准靶向递送和持续抗菌。

张和平团队Cell子刊：后生元Probio-Eco可改善便秘

采用随机双盲安慰剂对照交叉试验，对110名慢性便秘患者进行3周干预，结合小鼠模型验证后生元Probio-Eco（含乳酸菌代谢物）的疗效。

白洋等Cell：用菌优化农作物生长！根际菌群调控水稻分蘖数

通过分析182个水稻品种的根部微生物群落组成及其田间分蘖数，发现根部微生物群结构与水稻分蘖数存在显著相关性（线性回归模型显示微生物群解释28.2%的分蘖变异）。

韩丹丹团队：缺乏膳食纤维，肠道防线失守？一种肠菌把琥珀酸变丙酸，可助抵抗致病菌

本研究以小鼠为模型，通过纤维剥夺饮食、粪菌移植（FMT）及代谢组学分析，探究肠道菌群代谢对鼠伤寒沙门氏菌定植的抵抗机制。

刘宁宁团队：癌症中的真菌组（综述）

真菌组的失衡与多种癌症进展相关，特定真菌可能通过促炎或免疫抑制机制促进肿瘤发展。

于君/张彤：大肠癌患者肠道竟成环境抗生素耐药基因“集散地”？

分析1,605人类粪便（748 CRC患者，857健康）和1,035环境样本的宏基因组数据，探究环境抗菌耐药基因(ARGs)对结直肠癌(CRC)患者的影响。

张发明/王军：挖掘肠菌基因结构变异，揭示饮食+肠菌的促肠炎新机制

通过ONT和Illumina宏基因组测序分析93例溃疡性结肠炎（UC）患者及100名健康对照（HC）的粪便样本，分离648株E. coli并验证结构变异（SV）相关基因缺失。

段丽萍团队：孕前肠道菌群失调，后代“第二大脑”受损

研究通过抗生素诱导孕前母鼠肠道菌群失衡（dysbiosis），结合代谢组、转录组及益生菌/丙酸补充实验，探究其对后代肠神经系统（ENS）发育及疾病易感性的影响。

李后开等：衰老肠道菌群如何损害认知功能？

通过粪便微生物移植（FMT）及多组学分析，探究老年肠道菌群对认知功能的影响。

刘克玄团队：限时进食激活有益肠菌，守护脓毒症肝脏健康

通过小鼠模型、菌群分析及代谢组学研究限时饮食（TRF）对脓毒症肝损伤的作用。

左涛团队Lancet子刊：格特隐球菌在我国亚热带和温带地区人群肠道中的不同流行率和无症状携带情况

研究通过高通量测序分析中国广州（亚热带，n=260）和宿迁（温带，n=89）人群的粪便及肠黏膜样本，检测格特隐球菌的核糖体内部转录间隔区（ITS）基因。

刘宏伟/刘双江/刘畅：利用互养关系，优化益生菌组合

研究对象是解木聚糖拟杆菌和丁酸梭菌的组合疗法，通过体外实验、模拟分析及动物模型验证其作为新型活体生物治疗产品（LBPs）对代谢综合征的治疗效果及微生物互作机制。