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王峰/徐瑞华/赵齐等：化疗+免疫治疗如何协同抗击食管癌？耐药机制是什么？

本研究通过对接受化疗联合抗PD-1或单药治疗的食管鳞癌（ESCC）患者肿瘤组织进行纵向单细胞测序分析，并结合小鼠模型，系统探究了协同作用及耐药机制。

郑琰/袁长征/刘昭前/王笑峰等Cell子刊：肠道菌群如何链起睡眠质量与老年衰弱？

肠道菌群失调与睡眠质量不佳及衰弱密切相关，丙酮酸代谢是连接睡眠质量和衰弱的关键微生物代谢通路。

赵方庆等GUT：AI如何重塑人类微生物组研究（综述）

本文系统综述了人工智能（AI）如何通过机器学习与深度学习等方法革新微生物组研究，解决了传统统计方法在高维数据分析中的局限性，从而推动了从多尺度生物机制解析到精准临床应用的转化。

曹务春/赵方庆/贾娜/王金锋等Nature子刊：全景解析中国48种蜱虫的微生物组多样性

整合长读长（纳米孔）和短读长（Illumina）测序，对中国31个省市的1,479个蜱虫样本（8个属48种蜱虫）开展大规模基因组和微生物组分析。

房静远/陈萦晅等Nature Reviews：一文读懂具核梭杆菌（综述）

具核梭杆菌是一种致病共生菌，通过多样的生态适应性和致病机制驱动局部及全身性疾病，尤其是癌症。

曹永国/谢旭峰等：可溶性纤维如何通过菌群调控炎症性疾病？（综述）

可溶性膳食纤维（SDF）通过调控肠道菌群及其代谢产物，对多种炎症性疾病具有关键的调节作用。

张志刚/于黎等：世界屋脊哺乳动物肠道菌群——重要资源库和耐药基因储存库

本研究分析了青藏高原14种哺乳动物（分属6目）共2561份肠道样本，通过宏基因组学方法系统揭示其肠道微生物组和抗生素抗性组。

袁俊亮/郑乐民等：肠菌产生的脱氧胆酸可破坏血脑屏障，驱动帕金森病

通过向无菌小鼠移植帕金森病（PD）患者与健康对照（HC）的粪便菌群，结合单核RNA测序、宏基因组和代谢组学，探究肠道菌群对PD血脑屏障（BBB）损伤的调控机制。

倪艳/傅君芬等：一种胆汁酸如何掌控青春期启动的开关？

该研究采用靶向代谢组学等方法，分析了中枢性性早熟（CPP）女孩的血清样本，并结合小鼠模型进行机制探索。

王硕等Nature子刊：探究肠道ILC“出身”，前体细胞的表观遗传“蓝图”已预设谱系命运

研究团队从小鼠小肠和骨髓中分别分离固有淋巴细胞（ILC）亚群及ILC前体细胞（ILCP），通过单细胞多组学技术同步解析其DNA甲基组、染色质可及性与转录组。

郑钜圣/潘雄飞/潘安/邱琇等Cell子刊：孕早期肠道菌群可预警早产

基于中国两个独立孕妇队列共5,313例，孕早期与孕中期采集粪便和血液样本，通过16S rRNA和宏基因组测序结合宿主基因组学建立预测模型。

谢鹏等：治疗抑郁症，如何从“肠”计议？（综述）

这篇综述阐述了肠道微生物组在抑郁症病理中的核心作用，强调其作为诊断生物标志物和治疗靶点的巨大潜力，旨在推动基于微生物组的精准医疗发展。

张晨虹等：膳食纤维如何重塑肠道菌群？高频率采样揭示精细动态响应机制

对19名超重参与者（部分伴有2型糖尿病）在接受14天正常饮食及随后14天膳食纤维干预过程中，每日的血糖数据、肠道微生物组和代谢物数据进行动态监测。

赵玲等：肠道菌群-胆汁酸轴影响结直肠癌肝转移的新机制

本研究通过分析结直肠癌肝转移（CRLM）患者及相应小鼠模型，探究了肠道菌群-胆汁酸代谢轴在调控肿瘤远端转移中的作用机制。

刘星吟等：益生菌代谢物苯甲酸钠改善自闭症的潜在“肠脑新机制”

本研究以母体免疫激活（MIA）诱导的自闭症谱系障碍（ASD）小鼠为模型，结合多组学与行为学分析，探究植物乳植杆菌及其代谢物苯甲酸钠（NaB）的治疗机制。

陈廷涛等：抗生素破坏肠道和阴道，两器官同施益生菌双向起效

本研究通过构建小鼠模型，评估了口服罗伊氏粘液乳杆菌NCU-15与阴道内给予卷曲乳杆菌NCU-23的双通道益生菌疗法，对修复抗生素所致肠道及阴道微生态失调的协同作用。

黄秀娟等：合生制剂能否增强疫苗效果？固有肠道菌群或是关键

本研究针对老年人及糖尿病患者，通过一项为期3个月的随机对照试验，评估含三种双歧杆菌的合生制剂SIM01对新冠疫苗免疫原性的影响，并结合宏基因组与代谢组学分析。

曹永国等：肠菌代谢乳糖，为子宫筑起抗感染防线

为探究营养对生殖道感染的影响，本研究利用小鼠模型，结合粪菌移植（FMT）、同位素示踪和多组学分析等手段，系统地研究了乳糖预防子宫细菌感染的作用与机制。

傅静远团队Nature Reviews：AI助力多维度宏基因组学，深度解析微生物组（综述）

提出从1D到4D的多维分析框架，整合物种组成、遗传变异、蛋白结构和时空动态，借力人工智能（AI）技术，以对微生物组进行全面解析。

陈连民/孔祥清/翟齐啸等：超高分辨率解析中国人肠道病毒组

对3234份中国人群粪便样本进行深度测序，构建了含120,568个病毒基因组的中国肠道病毒参考集（CGVR），并鉴定出72,751个病毒操作分类单元（vOTUs），其中近90%未被现有数据库收录，极大扩展了全球病毒多样性。