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王春凤等：普氏粪杆菌外膜囊泡重塑肠道菌群代谢，缓解猪流行性腹泻病毒感染

研究以猪为模型，通过猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染实验探究普氏粪杆菌（F. prausnitzii）及其外膜囊泡（OMVs）对PEDV感染的缓解作用，结合代谢组学、单细胞测序等技术解析其机制。

赵兴明等：阿尔茨海默病早期预警的肠道菌群信号

研究对476名中国参与者（覆盖阿尔茨海默病（AD）5个病理阶段）进行粪便宏基因组分析，探究肠道菌群阶段特异性变化及诊断潜力。

赵杨/靳光付Nature子刊：系统揭示肺部与胃肠疾病的遗传共通性

本研究整合欧洲、东亚及非洲人群的肺部与消化系统疾病全基因组关联研究（GWASs）数据，通过跨性状分析、精细定位及孟德尔随机化，探索两者共病的遗传机制。

李雪/王晓艳Lancet子刊：植物性饮食怎样影响肠道炎症风险？大型回顾性队列研究给出答案

本研究基于英国生物样本库（UK Biobank）和欧洲癌症与营养前瞻性调查（EPIC）两大队列，纳入超52万名基线无炎症性肠病（IBD）人群，通过植物性饮食指数（PDI）评估饮食结构。

房静远团队Cell子刊：抑制癌细胞线粒体自噬，让他汀类药物抗肠癌效果升级

患者来源类器官模型。使用患者来源的结直肠癌类器官（CRC PDO）及类器官异种移植（PDOX）模型，评估阿托伐他汀的抗癌效应。

王炜等：开发专属探针，揭示毛螺菌科如何与宿主免疫和平共处

研究团队设计了一种荧光L-氨基酸（FLAA）探针，利用肽聚糖（PGN）茎肽氨基酸多样性实现对肠道菌群中的毛螺菌科细菌的特异性标记。

王炜等：荧光探针实时追踪肠菌在体内的“越狱”迁移之路

本研究开发了基于荧光标记的肠道菌群原位成像技术。通过设计含荧光和淬灭基团的四肽探针（TetraAA-BHQ），利用细菌L,D-转肽酶（Ldt）的活性实现肠道菌群的无背景荧光标记，并结合双光子显微镜实现实时成像。

左涛等：乳清蛋白如何“指挥”肠道噬菌体对抗克罗恩病？

研究招募140名克罗恩病（CD）患者及健康对照，结合肠道噬菌体组和细菌组分析、饮食调查及表型数据，揭示饮食对CD的调控机制。

傅静远等：肠道菌群如何代谢药物等化合物？新工具MicrobeRX来解答

论文介绍MicrobeRX工具，基于人类和微生物基因组规模代谢模型（GEMs）及化学特异性反应规则（CSRRs），整合DrugBank药物代谢反应，用于预测肠道微生物组代谢物。

钟文泽团队：吃错饭代价惊人！15大饮食风险如何拖累全球经济？

本研究采用健康增强宏观经济模型评估2020-205年15种饮食风险因素对204个国家地区的宏观经济影响。

徐健/马莉/崔志松：新方法！单细胞技术解析微生物生态功能

开发FISH-scRACS-seq技术，结合荧光原位杂交（FISH）与单细胞拉曼激活分选测序，实现微生物系统发育与代谢功能的双导向单细胞基因组分析。

宋默识+王军：守护心脏！F. plautii及其代谢物DAT的新发现

研究在小鼠模型中探究珀氏解黄酮菌（Flavonifractor plautii）及其代谢物对羟基苯丙酸（DAT）对心肌缺血/再灌注（I/R）损伤的预防作用。

郑燕飞/孙文龙/王琦/张晨虹：痰湿体质易患代谢疾病？一种肠菌及其代谢物是关键

通过16S rRNA基因测序和代谢组学分析，比较中医体质中痰湿质（PDC）与平和质（BC）人群的肠道菌群及代谢物差异。

陶亮/郑钜圣/陈裕明Nature子刊：肠菌芳香族氨基酸代谢物，调节肠道免疫预防肥胖

肠道菌群产生的芳香族氨基酸代谢物（如4HPAA）通过调控肠道免疫抑制肥胖。研究发现4HPAA及其类似物（3HPP/4HPP）可显著降低高脂饮食小鼠体重，通过抑制肠道脂质吸收并缓解慢性炎症。

刘占举团队：GPR171如何限制肠道炎症？

GPR171抑制Th17分化缓解肠炎。GPR171在IBD患者肠道黏膜和CD4+ T细胞中高表达，通过抑制FABP5介导的Th17分化及脂代谢，缓解炎症。

曹佩华/何彦：识别菌群关联标志物，多少样本量才靠谱？

微生物组关联研究需千级样本确保可重复性。大型研究显示，小样本易高估效应值，需500-数千样本才能稳定检测不同效应强度的关联，尤其复杂疾病需更大样本。

刘永鑫团队：短读长宏基因组学工具，去宿主性能哪家强？

宿主污染去除工具显著影响宏基因组分析效率与准确性。研究评估6种工具（KneadData、Bowtie2、BWA、KMCP、Kraken2、KrakenUniq），发现去除90%宿主污染可使下游分析时间缩短5.98-20.55倍，资源消耗降低且微生物组成解析更精准。

刘永鑫等：微生物组数据分析与可视化平台MicrobiomeStatPlots

MicrobiomeStatPlots是整合多组学分析与可视化的开源平台，提供82种可复用的R语言可视化案例及教程，支持微生物组数据从处理到解读的全流程。

刘永鑫/陈同等：用户友好且灵活的宏基因组测序数据分析流程EasyMetagenome

EasyMetagenome是专为微生物组研究设计的用户友好型流程，支持从原始数据到功能分析的全流程分析，涵盖质量控制、宿主去除、读取/组装/分箱分析及基因组研究，提供可视化图表生成。

王嗣岑/吕海涛/景王慧：戊己丸如何调节菌群改善肠炎？

戊己丸（WJW）通过调节肠道菌群色氨酸代谢激活AhR信号缓解结肠炎。