鞠峰团队:剔除重复数据可提高宏基因组组装和分箱效率
热心肠小伙伴们 2023-02-17
近日,西湖大学鞠峰及团队在Microbiology spectrum发表最新研究,基于五种典型数据(即人类肠道、生物反应器污泥、地表水、湖泊沉积物和森林土壤),发现剔除重复数据有助于提高组装和分箱的效率,还可节约计算成本。总之,该研究为微生物组研究中更经济高效的宏基因组分析提供了经验参考。

宏基因组测序文库构建时引入的重复序列不仅会给定量分析带来偏差,而且还会导致覆盖剖面的错误,给宏基因组组装和分箱带来不良影响甚至失败,但这个问题很少被注意到,而且它对下游基本生物信息学过程的影响仍然不清楚。近日,西湖大学鞠峰及团队在Microbiology spectrum发表最新研究Deduplication Improves Cost-Efficiency and Yields of De Novo Assembly and Binning of Shotgun Metagenomes in Microbiome Research,基于五种典型数据(即人类肠道、生物反应器污泥、地表水、湖泊沉积物和森林土壤),发现剔除重复数据有助于提高组装和分箱的效率,还可节约计算成本。总之,该研究为微生物组研究中更经济高效的宏基因组分析提供了经验参考。

专家简介
鞠峰
西湖大学研究员、博士生导师
浙江省重点实验室副主任
鞠峰,西湖大学研究员、博士生导师,环境微生物组与生物技术实验室负责人,浙江省海岸带环境与资源研究重点实验室副主任。2015年获香港大学工学博士学位,之后在瑞士联邦水科学与技术研究所 (EAWAG) 从事博士后研究,2018年至今在西湖大学担任特聘研究员,开展环境微生物组科学与工程技术研究。目前担任中国工程院院刊Engineering、Frontiers in Microbiology、Engineering in Life Science 等SCI期刊编委,以及 Critical Reviews in Environmental Science Technology、Journal of Environmental Sciences、Environmental Science & Ecotechnology、The Innovation、iMeta 等期刊青年编委。曾担任加拿大自然科学与工程理事会(NSERC)国际评审专家。曾获中国工程院院刊 Engineering“编委年度贡献奖”(2021)、中国生态学会“水云天微生物生态青年科技创新奖-特等奖”(2018)、香港科学会“青年科学家奖”(2016)、香港大学“杰出研究生奖”(2015)等科研奖项。近三年主持或参与国家级或省部级科研项目 4 项;目前参编中英文专著 4 本,在 Nature Communications、ISME Journal、Advanced Science、Microbiome 、Environmental Science & Technology、Water Research 等知名学术期刊发表论文60余篇,引用 4000次。
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