姜长涛教授提出“代谢性疾病肠治”的新理论：首创肠道菌源宿主同工酶的新概念，发现菌源同工酶DPP4并揭示其在代谢性疾病中的重要作用（Science, 2023）；发现降解尼古丁的肠道共生菌，提出肠道共生菌通过尼古丁降解酶NicX改善代谢性疾病的新型干预策略（Nature, 2022）；揭示宿主反向调控肠道菌群代谢的新范式，发现宿主肠HIF-2α重塑菌群胆汁酸代谢酶谱，诱导代谢性疾病（Cell Metabolism, 2021）；描绘了调控代谢性疾病的肠道共生菌及其代谢物特征图谱，揭示肠道共生菌代谢物胆汁酸、尼古丁、神经酰胺及菌源宿主同工酶DPP4是介导器官间互作的关键介质，是多种代谢性疾病的共性发病机理；发现菌源DPP4、肠SMPD3、FXR、TGR5、HIF-2α等多个代谢性疾病干预的新靶标，研发出Dau-d4、解木聚糖拟杆菌、胆汁酸GUDCA与HCA、IL-22、PT2385等一系列可用于治疗代谢性疾病的生物制剂和候选药物。近5年以通讯作者在Science、Nature、Nature Medicine（3篇）、Cell Metabolism（3篇）等杂志发表SCI论文二十余篇，其中4篇入选高被引论文，1篇获F1000最高等级推荐，8篇得到国际知名学者推荐及同期评述，受邀在Nature Reviews Endocrinology, Cell Host & Microbe等期刊发表综述或述评5篇，获授权发明专利7项。获科学探索奖、北京市自然科学一等奖（第一完成人）、谈家桢生命科学创新奖、中国青年科技奖、树兰医学青年奖、北美华人糖尿病学会（CADA）青年科学家奖等奖励；主持国自然重点项目、重大研究计划及国家重点研发计划等基金，作为PI获创新研究群体项目。

主要通过化学蛋白质组学,生物化学和计算生物学等多种跨领域的技术和手段，大规模发掘蛋白质组中被内源生物小分子或外源化学药物分子特异修饰的功能位点和靶点，并深入研究这些修饰对蛋白质的结构、功能以及其所在的细胞内新陈代谢和信号传导通路的影响。这些研究将有力地推动在后基因组时代人们对大量未知蛋白功能注释的进程，揭示其在各种新陈代谢通路中的关键作用，以及从分子水平上解释多种病理环境的形成和诱因，为相关的药物和治疗手段的研发提供理论基础。

国务院“政府特殊津贴”获得者、国家杰青、国家百千万人才工程“有突出贡献中青年专家”，入选广东省“珠江学者”特聘教授，教育部新世纪优秀人才、广东省高等学校“千百十工程”国家级培养对象。国际刊物Medicine in Microecology（Elsevier）共同主编及mSystem编委等。获得5项国家自然科学基金项目资助，国家科技部项目2项，省部级项目5项。带领检验医学部获得国家级青年文明号，广东省“国产先进体外诊断产品”生物医学创新平台，以及广东省公共卫生创新平台。以通讯作者在Nature Medicine（封面论文），Gut，Microbiome，ISME Journal等著名刊物发表论文。