在过去的一年多时间里，全球肠道领域研究继续高歌猛进，取得了颇多令人瞩目的进展。
今年5月29日“世界肠道健康日”来临之际，我们基于《热心肠日报》中收录的2021年以来发表的肠道领域论文，进行了多维度评选，形成了《热心肠日报》2022年度榜单。
2022年度榜单参评的文章共有3955篇，发表在441个不同的期刊上，累计影响因子达到了70979.04，平均影响因子17.95。其中来自Cell、Nature、Science的文章168篇，来自NEJM、Lancet、JAMA的文章68篇。
本榜单仅代表热心肠研究院基于自身数据所做的优选，可能存在主观因素干扰等不足，仅供参考。欢迎在文末留言提出批评、建议和意见。
本篇发布“全球肠道菌群研究十大人物”。
Iliyan Iliev
美国康奈尔大学威尔康奈尔医学院
Iliyan Iliev博士是美国康奈尔大学威尔康奈尔医学院的医学微生物学与免疫学副教授，开展肠道菌群与黏膜免疫研究已超过15年，目前聚焦肠道真菌群（mycobiota）研究，涉及解析肠道真菌与宿主免疫的互作、肠道真菌与肠道细菌的互作，以及靶向肠道真菌群以改善炎症性肠病的新型疗法等方向。去年以来，他和团队在Cell和Nature发表了3篇重磅研究，是肠道真菌研究领域的先锋人物。
2021年以来的代表性研究论文
Human gut mycobiota tune immunity via CARD9-dependent induction of anti-fungal IgG antibodies
Cell. 2021 Feb 18;184(4):1017-1031.e14
【日报解读】Cell：肠道真菌如何塑造抗真菌免疫？
Mucosal fungi promote gut barrier function and social behavior via Type 17 immunity
Cell. 2022 Mar 3;185(5):831-846.e14
【日报解读】Cell：黏膜真菌保护肠道屏障，并促进社交行为
Immune regulation by fungal strain diversity in inflammatory bowel disease
Nature. 2022 Mar;603(7902):672-678
【日报解读】Nature：真菌对肠道炎症的菌株特异性影响
Mycobiota-induced IgA antibodies regulate fungal commensalism in the gut and are dysregulated in Crohn’s disease
Nat Microbiol. 2021 Dec;6(12):1493-1504
【日报解读】Nature子刊：sIgA可调控肠道真菌的共生
Justin Sonnenburg
美国斯坦福大学医学院
Justin Sonnenburg是美国斯坦福大学医学院的微生物学和免疫学副教授。他与团队致力于研究肠道菌群内部以及肠道菌群与宿主间的互作机制。去年一年，他与团队在Nature和Cell连发3篇研究论文，涉及肠道病原体的致病机理，菌群靶向性饮食对人体免疫的调控作用，以及肠道菌群研究方法等，可谓是多点开花。
2021年以来的代表性研究论文
C. difficile exploits a host metabolite produced during toxin-mediated disease
Nature. 2021 May;593(7858):261-265
Gut-microbiota-targeted diets modulate human immune status
Cell. 2021 Aug 5;184(16):4137-4153.e14
A metabolomics pipeline for the mechanistic interrogation of the gut microbiome
Nature. 2021 Jul;595(7867):415-420
【日报解读】Nature：解密肠道菌群代谢物的新工具
Oxidative ornithine metabolism supports non-inflammatory C. difficile colonization
Nat Metab. 2022 Jan;4(1):19-28
Jeffrey Gordon
美国圣路易斯华盛顿大学医学院
Jeffrey Gordon教授，现任圣路易斯华盛顿大学医学院基因组科学和系统生物学中心主任，是肠道菌群研究领域的先驱，硕果累累，桃李满天下。他和团队致力于解析饮食和肠道菌群之间的相互作用，开发促进生命早期肠道菌群健康的新型干预方法，助力解决肥胖和儿童营养不良等全球性健康问题。Gordon教授现年75岁，在过去的一年多里，他作为通讯作者在NEJM和Nature等顶级期刊发表研究成果，可谓宝刀不老。
2021年以来的代表性研究论文
A Microbiota-Directed Food Intervention for Undernourished Children
N Engl J Med. 2021 Apr 22;384(16):1517-1528.
Evaluating microbiome-directed fibre snacks in gnotobiotic mice and humans
Nature. 2021 Jul;595(7865):91-95.
Strain-level functional variation in the human gut microbiota based on bacterial binding to artificial food particles
Cell Host Microbe. 2021 Apr 14;29(4):664-673.e5.
Bifidobacterium infantis treatment promotes weight gain in Bangladeshi infants with severe acute malnutrition
Sci Transl Med. 2022 Apr 13;14(640):eabk1107.
Peer Bork
德国欧洲分子生物学实验室
Peer Bork教授现任德国海德堡欧洲分子生物学实验室主任，是资深的生物信息学专家，曾任Science杂志编委，研究领域是计算和系统生物学，主要聚焦功能预测、比较分析和数据整合。近年来，他与团队将重心转移到微生物组研究上，旨在揭示微生物群落内部以及与环境/宿主的相互作用。他与团队在菌群-药物互作方面的研究成果，在去年发表了2篇重磅Nature论文，为推动该领域研究做出了突出贡献。
2021年以来的代表性研究论文
Bioaccumulation of therapeutic drugs by human gut bacteria
Nature. 2021 Sep;597(7877):533-538
【日报解读】Nature重磅：肠道细菌“吃”药，影响药物效果
Combinatorial, additive and dose-dependent drug–microbiome associations
Nature. 2021 Dec;600(7889):500-505
【日报解读】Nature：药物对肠道菌群的影响比想象的要大
Dispersal strategies shape persistence and evolution of human gut bacteria
Cell Host Microbe. 2021 Jul 14;29(7):1167-1176.e9
A faecal microbiota signature with high specificity for pancreatic cancer
Gut. 2022 Mar 8;gutjnl-2021-324755
【日报解读】粪便菌群或能用于胰腺癌早筛
Giorgio Trinchieri
美国国立卫生研究院国家癌症研究所
Giorgio Trinchieri博士现任美国国立卫生研究院国家癌症研究所高级研究员、综合癌症免疫学实验室主任。他于1989年首次发现IL-12，并后续开展了大量相关研究。他实验室目前的研究重心是炎症和菌群在癌症发生发展和治疗中的作用。2021年里，他作为共同通讯作者在Science发表了2项突破性的研究成果，分别探索了粪菌移植以及膳食纤维和益生菌干预，对黑色素瘤患者免疫治疗应答的影响，为基于肠道菌群的干预方法走向临床迈出了重要的一步。
2021年以来的代表性研究论文
Fecal microbiota transplant overcomes resistance to anti–PD-1 therapy in melanoma patients
Science. 2021 Feb 5;371(6529):595-602
Dietary fiber and probiotics influence the gut microbiome and melanoma immunotherapy response
Science. 2021 Dec 24;374(6575):1632-1640
Intestinal microbiota signatures of clinical response and immune-related adverse events in melanoma patients treated with anti-PD-1
Nat Med. 2022 Mar;28(3):545-556
傅静远
荷兰格罗宁根大学医学中心
傅静远博士现任荷兰格罗宁根大学医学中心系统医学教授，研究领域包括宿主和肠道菌群在代谢及免疫的相互作用，以及对人体健康的影响。研究项目涉及大数据人群水平研究，最具代表性的当属荷兰LifeLines项目，跟踪分析近17万个体30年，分析遗传、饮食、环境、肠道菌群及社会经济因素对疾病和性状的影响，以达到个体化、精准化医疗。该项目于去年和今年分别在Cell和Nature上发表了阶段性成果，阐释了菌群的稳定性和个体特异性，并系统性地探索了肠道菌群与人体表型的关系，以及遗传力和暴露组对菌群的影响。
2021年以来的代表性研究论文
The long-term genetic stability and individual specificity of the human gut microbiome
Cell. 2021 Apr 29;184(9):2302-2315.e12
Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population
Nature. 2022 Apr;604(7907):732-739
Characterization of gut microbial structural variations as determinants of human bile acid metabolism
Cell Host Microbe. 2021 Dec 8;29(12):1802-1814.e5
Alexandra Zhernakova
荷兰格罗宁根大学医学中心
Alexandra Zhernakova博士是荷兰格罗宁根大学医学中心人类基因组和暴露组学教授。她的研究团队关注肠道菌群在肠道健康和常见疾病中的作用，以及塑造菌群的遗传和环境因素。2021年以来，Zhernakova教授作为共同通讯作者在Cell和Nature发表研究论文，并在Nature Genetics发表了2项大规模的微生物组全基因组关联研究，对于阐释遗传因素对肠道菌群的影响有重要价值。
2021年以来的代表性研究论文
The long-term genetic stability and individual specificity of the human gut microbiome
Cell. 2021 Apr 29;184(9):2302-2315.e12
Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population
Nature. 2022 Apr;604(7907):732-739
Large-scale association analyses identify host factors influencing human gut microbiome composition
Nat Genet. 2021 Feb;53(2):156-165
Effect of host genetics on the gut microbiome in 7,738 participants of the Dutch Microbiome Project
Nat Genet. 2022 Feb;54(2):143-151
Lora Hooper
美国德克萨斯大学西南医学中心
Lora Hooper教授，现任美国德克萨斯大学西南医学中心免疫系主任。她与团队致力于研究宿主与微生物的相互作用机制——特别是免疫与肠道菌群的互作，包括鉴定抗菌蛋白的功能，以及阐释肠道免疫细胞如何检测肠道细菌并做出响应。2021年，她和团队在Cell和Science各发表了1篇研究论文，分别聚焦菌群与肠道先天免疫的昼夜节律，以及新型抗菌蛋白对肠黏膜的保护作用。
2021年以来的代表性研究论文
The microbiota coordinates diurnal rhythms in innate immunity with the circadian clock
Cell. 2021 Aug 5;184(16):4154-4167.e12
Small proline-rich protein 2A is a gut bactericidal protein deployed during helminth infection
Science. 2021 Nov 5;374(6568):eabe6723
Seth Rakoff-Nahoum
哈佛大学医学院波士顿儿童医院
Seth Rakoff-Nahoum博士是哈佛大学医学院波士顿儿童医院的儿科副主任医师、副教授。他和团队采用多种前沿的菌群研究方法，并与生态学和进化框架相结合，以从生物学的不同层面研究共生菌群。他和团队去年以来在Nature和Cell发表的2项研究都颇有亮点，分别关注早产儿肠道菌群演变的生态学机制，以及饮食和菌群代谢物对肠菌影响的复杂性，并将“涌现性质”引入到对菌群的认知中。
2021年以来的代表性研究论文
Multi-kingdom ecological drivers of microbiota assembly in preterm infants
Nature. 2021 Mar;591(7851):633-638
Strain-level fitness in the gut microbiome is an emergent property of glycans and a single metabolite
Cell. 2022 Feb 3;185(3):513-529.e21
Athanasios Typas
德国欧洲分子生物学实验室
Athanasios Typas博士是欧洲分子生物学实验室的高级科学家。他带领的研究团队将系统微生物学与分子机制相结合，研究细菌细胞网络，以及细菌如何彼此互作、如何与环境和宿主互作。他和团队近年来的一个研究焦点是阐释药物与微生物的相互作用，并于去年发表了2篇Nature论文，揭示了菌群对药物的生物积累效应，并探索了抗生素对肠道细菌的“误伤”作用和相应的“解毒”策略。
2021年以来的代表性研究论文
Bioaccumulation of therapeutic drugs by human gut bacteria
Nature. 2021 Sep;597(7877):533-538
【日报解读】Nature重磅：肠道细菌“吃”药，影响药物效果
Unravelling the collateral damage of antibiotics on gut bacteria
Nature. 2021 Nov;599(7883):120-124
