CRISPR-Cas9

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文章数：11篇

底盘噬菌体

马迎飞团队：底盘噬菌体的高通量制备方法

中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞团队报道了一种高通量制备底盘噬菌体的方法，在鉴定噬菌体非必需基因的同时，获得底盘噬菌体，并得到比野生型噬菌体侵染能力更强的基因组简化噬菌体，在噬菌体治疗和噬菌体合成生物学中具有巨大的潜在价值。

底盘噬菌体非必需基因基因组简化 CiPGr CRISPR-Cas9

Nature子刊：CRISPR-Cas9 介导的肠道类器官基因敲除

人类肠道组织衍生的类器官，是胃肠道研究的强大体外模型。对其进行基因修饰，可以对肠道疾病所涉及的基因功能和生物过程以及胃肠道和供体段的特定功能有新的认识。Nature Protocols发表的文章，提供了一个详细的实验策略，使用CRISPR-Cas9基因组编辑系统，通过慢病毒转导和单细胞克隆，可敲除肠道类器官中感兴趣的基因。

CRISPR-Cas9 基因敲除肠道类器官

转基因食品

Nature子刊：CRISPR编辑的富GABA西红柿进入日本市场（新闻）

近期发表于Nature Biotechnology的一篇新闻类文章介绍了日本Sanatech Seed公司利用CRISPR–Cas9 编辑的富含γ-氨基丁酸（GABA）西红柿进入市场，并可能为更多基因编辑的水果、蔬菜甚至鱼类打开市场。

转基因食品 CRISPR-Cas9

药物递送系统

浙江大学Science子刊：靶向递送CRISPR-Cas9治疗IBD

浙江大学的平渊团队在Science Advances上发表的一项最新研究，设计了一种可在炎症环境下激活CRISPR-Cas9的纳米前药系统，在DSS诱导的结肠炎小鼠模型中具有良好的靶向性、治疗效果及安全性。

药物递送系统 IBD CRISPR-Cas9 研究论文基础研究

细菌基因组编辑

Nature子刊：高效的多重细菌基因组编辑工具

现有的细菌中千碱基大小的DNA序列的定点整合技术效率低、依赖重组，其应用收到限制。Nature Biotechnology近期发表的文章，开发出一种引导RNA辅助转座子靶向插入（INTEGRATE）技术，可实现大片段DNA（10-kb）在细菌基因组的高精度插入，同时利用CRISPR阵列可实现多位点不同片段的特异性整合，是一种多重、千碱基规模的基因组编辑技术。

细菌基因组编辑 CRISPR-Cas9 转座子

Cell子刊：利用CRISPR-Cas9文库鉴定抑癌基因

结直肠癌（CRC）患者间具有显著的遗传和表型异质性，为促进高通量基因检测和肿瘤驱动因子的功能鉴定，最新发表在Cell Stem Cell的研究开发了一项在人结肠癌类器官中使用合并CRISPR-Cas9库的筛选平台，可在体内外鉴定抑癌基因。该平台与独特的分子标识符（UMI）配对建立CRISPR-UMI文库，可在克隆水平上进行表型研究。

结肠癌类器官 CRISPR-Cas9 抑癌基因筛选 Jane Pascar

肠道菌群如何作用于肝脏影响血糖调控？

现已知西化饮食、肥胖和葡萄糖稳态失衡与血浆中增多的脂多糖（LPS）浓度相关，而LPS在健康人体或瘦小鼠体内也存在，因此作者想探究LPS是否在不影响肥胖的情况下破坏血糖代谢。骨髓分化因子Myd88是LPS的转化分子，帮助LPS激活下游目标。作者巧妙的利用了敲除或未敲除Myd88基因的野生型和无菌小鼠，找出了由菌群通过Myd88调控的肝脏基因。作者选取了与血糖失衡和2型糖尿病相关的脂多糖结合蛋白基因（Lbp），随后进行了一系列的细胞培养实验和动物实验，证明肝脏脂多糖结合蛋白（LBP）会损坏胰岛素信号和破坏葡萄糖耐受，但并不影响肥胖和脂肪等其它问题。

血糖调控 Gut microbiota myd88 Lipopolysaccharide binding protein glucose metabolism

Science：研究肠道菌产物对宿主影响的新利器

肠道菌群可产生大量多样化的生物活性分子，对宿主的生理活动和健康产生影响。然而由于缺乏相应的遗传操纵工具，人们一直难以深入分析特定细菌产物对宿主的影响和作用机制。比如哺乳动物肠道中常见的共生梭菌，就是一类难以进行遗传操纵的细菌。Science最新上线的一项研究报道了一种可对梭菌进行多基因敲除的方法，并通过小鼠定植实验，发现生孢梭菌产生的支链短链脂肪酸对宿主的免疫调控功能。这种方法不仅可研究梭菌等细菌产生的分子对宿主的影响，也可通过编辑特定细菌的基因组，实现对特定菌群产物的调控。

菌群产物梭菌 CRISPR-Cas9 基因编辑短链脂肪酸

Nature子刊：靶向杀伤细菌的新策略

复杂微生物种群中细菌的靶向选择是控制病原细菌的关键。CRISPR核酸酶在向导RNA的指引下可以靶向细菌基因组中的特定序列，随后在核酸酶的作用下细菌基因组DNA双链断裂进而导致细菌死亡，但这个过程需要一个高效且广泛的宿主传递系统。《Nature Communications》上的一项研究比较了两种递送TevSpCas9核酸酶的方式在靶向杀伤肠道沙门氏菌效率上的影响。结果表明，相比于TevSpCas9核酸酶与接合系统相分离的方式（即核酸酶由质粒表达，接合系统由基因组表达），顺式作用方式（即核酸酶和接合系统由同一个质粒表达）具有更高的接合效率，更好的稳定性以及有效的二次接合作用，且能够在多个sgRNA的介导下实现高效的肠道沙门氏菌的杀伤效率。该研究表明，顺式作用的接合质粒或可作为递送CRISPR核酸酶以靶向杀伤细菌的有效工具。

接合质粒 SpCas9 大肠杆菌肠道沙门氏菌 sgRNA

结直肠癌驱动基因功能验证新手段

基因组测序为结直肠癌提供综合广泛的基因组数据集，且小鼠全基因组睡美人转座子诱变筛选为潜在结直肠癌驱动基因提供综合数据集，但目前大部分潜在驱动基因都缺乏功能验证。发表在PNAS上的最新研究利用CRISPR-Cas9技术在小鼠肿瘤来源类器官中对29个基因进行功能验证，发现部分基因具有抑癌基因功能或与肿瘤转移相关。

结直肠癌 colorectal cancer organoid activin driver gene

发现结直肠癌干细胞标志物

丛细胞标志物Dclk1可标志小鼠小肠肿瘤干细胞，来自《PNAS》的研究发现IL17RB在 Dclk1+小肠肿瘤细胞中特异性表达，该过程依赖IL-13。利用CRISPR-Cas9介导的IL17RB-CreERT2基因敲入技术设计的谱系示踪实验发现IL17RB也可标记结直肠癌干细胞，且不依赖IL-13。 IL17RB+结直肠癌干细胞或可作为治疗靶点。

结直肠癌 CRISPR-Cas9 Dclk1 IL17RB organoid