Paul W O'Toole

2015年，联合国大会通过了17项可持续发展目标（SDGs），旨在改善世界各地人民的生活。微生物组在维持地球生命方面具有至关重要的作用，其可以提供丰富的生物活性化合物和活性，对农业、环境以及动物和人类健康有益。通过投资、协作、法规变更和公众宣传来抓住微生物创新的机会，将大大增加实现SDGs的可能性。发表在Nature Reviews Microbiology上的一篇评论文章总结了人体微生物组研究与更广泛的可持续发展目标之间的联系，并强调了在实施可持续发展目标中体现微生物组研究的一些挑战和机遇。

微生物组可持续发展 One Health

衰老

Nature子刊：如何更好地衡量健康衰老的菌群特征？

健康微生物组可传递环境信号、塑造机体免疫、代谢和神经功能，降低年龄相关疾病风险，一些指标，如多样性和独特性被认为是健康衰老的标志，但目前对这些标志和衰老间具体关联仍不够精确。近日，爱尔兰国立大学研究人员在Nature Aging发表最新研究，通过分析2.1万个粪便样本的菌群多样性和四种微生物组独特性（3个距离指标和1个Kendall系数）指标，以了解它们与衰老和健康的关系。不同的独特性衡量方法显示出与多样性及与健康/疾病标志物的不同关联，发现核心微生物组结构（特别是核心菌群的功能谱）的丧失和与疾病相关菌群特定功能类型增加一致，他们是一般衰老和不健康衰老相关的肠道菌群改变的共同特征。总之，该研究表明对肠道菌群多样性或独特性的单一时间点测量不会提供可操作的信息，相反，与疾病/健康相关的分类群比例可能是一个更好的治疗目标和临床状态衡量标准。

衰老菌群指标研究论文基础研究核心菌群

肥胖2型糖尿病患者菌群

健康肥胖vs糖尿病肥胖，酵母β-葡聚糖对菌群的差异化影响

肥胖2型糖尿病患者菌群肝脂代谢研究论文

炎症相关结直肠癌

MMR和TGFBR2失活协同增加炎症相关结肠癌的易感性

DNA错配修复（MMR）基因突变是Lynch综合征（LS）和相当一部分散发性结直肠癌（CRC）的病因。MMR缺陷型CRC（dMMR CRC）显示突变率增加，微卫星不稳定性（MSI）增加。TGFBR2基因是dMMR CRC中最常发生突变的基因之一。CMGH Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology近期发表的文章，发现MMR和TGFBR2的失活协同作用，促进炎症相关结肠癌变，并且肠道菌群在调节炎症相关CRC中具有重要作用。

炎症相关结直肠癌肠道菌群错配修复缺陷(dMMR)

菌群-免疫互作

MyD88调节小鼠肠道细菌向全身组织的散播

在健康宿主中，肠道菌群被多种屏障限制于肠道组织内，并需要MyD88依赖性先天性免疫感知通路的参与。Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，发现在野生型小鼠及MyD88敲除小鼠中，均可观察到肠道细菌向系统性组织的散播，而MyD88敲除小鼠的肠道及多个系统性组织中的约氏乳杆菌相对丰度显著增加。

菌群-免疫互作研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） myd88

菌群-疾病关联性

年龄可能影响对疾病相关菌群特征的鉴别

对疾病、菌群与年龄三者之间关联的研究较少。来自eLife上发表的一项最新研究，发现随着年龄的增长，个体将逐渐获得与疾病相关的菌群特征，并鉴定出一个与年龄增长相关的分类群集合，该集合的变化在多种疾病中均可发现。该研究结果提示，年龄相关的菌群变化可能影响对菌群-疾病关联的研究。

菌群-疾病关联性年龄 Shuai Yuan Jie Chen Xue Li

地中海饮食

Gut：地中海饮食通过调节肠道菌群改善老年人的健康状态

NU-AGE项目是一项在5个欧洲国家进行的为期1年的地中海饮食干预项目，在该项目中发现，地中海饮食的高依从性与认知、记忆、免疫功能、骨质、血压等指标的改善相关。Gut上发表的这篇最新文献报道了对NU-AGE项目的最新研究结果，发现地中海饮食的依从性与菌群组成及菌群代谢产物的特定变化相关，对地中海饮食依从性更高的受试者中富集的分类群，与老年人的健康指标及认知功能改善正相关，并与炎症标志物呈负相关。结果提示，地中海饮食可能通过调节肠道菌群的组成与功能，起到改善老年人健康状态的作用。

地中海饮食老年人地中海饮食饮食-菌群互作虚弱

肠易激综合征

IBS和胆汁酸吸收障碍的菌群和代谢组标志物

肠易激综合征（IBS）是一个异质性的疾病，目前对临床亚型的诊断主要基于患者症状，缺少临床可用的生物标志物。这可能引起误诊，比如可引发腹泻的胆汁酸吸收障碍（BAM），因为症状相似，就常被误诊为腹泻型IBS，从而耽误治疗。Gastroenterolog发表的一项最新研究，试图通过分析粪便微生物组以及尿液和粪便代谢组，来寻找可用于诊断IBS及其亚型的标志物。研究发现，IBS患者的尿液和粪便代谢组以及粪便微生物组，与健康人有显著不同，而这种差异与IBS临床亚型无关，提示现有的IBS亚型诊断标准，无法反映患者的菌群和代谢异常；此外，该研究还表明粪便代谢组特征可用于判断患者是否患有BAM，有助于提高诊断准确性。这些发现为临床诊断和治疗IBS，提供了新的参考和视角。

肠易激综合征 machine learning SeHCAT stratification Ruminococcus gnavus

维生素K

菌群产生的维生素K与老年人的认知水平相关

维生素K有多种生理益处，包括维持大脑髓鞘的完整性。American Journal of Clinical Nutrition上发表的一项队列研究发现，在老年人中，肠道菌群合成维生素K的能力及粪便中的特定维生素K浓度，与认知水平显著相关。

维生素K microbial menaquinone biosynthesis elderly cognition Shotgun metagenomic sequencing

骨密度

肠道菌群变化和老年人的骨密度减少相关

老年人易患骨质疏松症。来自Rheumatology上发表的一项最新研究，对比分析了骨密度减少的老年人（包括骨质疏松患者）与骨密度正常的老年人的肠道菌群，并鉴定出了部分与骨密度减少相关的细菌属，提示菌群或可作为骨密度减少的生物标志物或治疗靶点。

骨密度 Osteoporosis Gut microbiota bone mineral density elderly

癌症

Gut：菌群在癌症中的作用，国际大佬们达成了哪些共识？

菌群与癌症的研究是菌群研究中的重点领域，国际癌症微生物组协会（ICMC）于2017年的创立大会上，召集了肿瘤学/微生物组学研究领域的18位国际专家，就该领域的5个关键性问题，通过为期1天的圆桌会议进行了深入探讨，并达成共识，相关文章上周在《Gut》发表。文章信息量很大，此处仅做导读性解读，文中总结的很多观点内容干货很值得专业人士深挖，强烈推荐！

癌症菌群圆桌会议肿瘤学微生物组

菌群建立

Nature子刊：围产期因素对婴幼儿菌群的影响长达4年

人体肠道菌群的建立受多种因素影响。《Nature Communications》近期发表研究，发现出生后4年肠道菌群处于不断变化的过程，出生方式以及出生时胎龄对早期肠道菌群建立具有重要影响，该影响可以持续到4岁。该结果对于研究人体肠道菌群建立机制以及影响因素有参考价值。

菌群建立围产期因素早期菌群变化

混和益生元

益生元对改善老年人肠道菌群的影响可能有限

衰老、饮食和肠道菌群间存在复杂联系。《Microbiome》近期发表一项人源化动物配合人体试验的研究，发现改变食物中纤维素：脂肪比对定植老年人菌群的小鼠的菌群、免疫有一定影响，而补充小麦糊精、抗性淀粉、聚葡萄糖、可溶性玉米纤维、低聚半乳糖的混和益生元，对老年人的菌群结构影响有限。该研究指出了动物实验和人体试验的差异，对今后益生元研究有借鉴价值。

混和益生元 a mix of five prebiotics (wheat dextrin, resistant starch, polydextrose, soluble corn fiber, and galactooligo-saccharide) 小麦糊精抗性淀粉聚葡萄糖

益生元

益生元对改善老年人肠道菌群的影响可能有限

衰老、饮食和肠道菌群间存在复杂联系。《Microbiome》近期发表一项人源化动物配合人体试验的研究，发现改变食物中纤维素：脂肪比对定植老年人菌群的小鼠的菌群、免疫有一定影响，而补充小麦糊精、抗性淀粉、聚葡萄糖、可溶性玉米纤维、低聚半乳糖的混和益生元，对老年人的菌群结构影响有限。该研究指出了动物实验和人体试验的差异，对今后益生元研究有借鉴价值。

益生元 aging elderly Gut microbiota innate immune response

粪菌移植(FMT)

粪菌移植改善患者的菌群结构与代谢谱

粪菌移植可有效治疗艰难梭菌感染。本研究阐释了粪菌移植对患者粪便菌群、胆汁酸组成变化以及脂肪酸成分的影响，尤其强调了患者在接受粪菌移植前后脂肪酸变化不显著，而且可能与饮食有关，值得相关专业人士参考。

粪菌移植(FMT) Archaea bile acids Clostridioides difficile Faecal microbiota transplantation

肠型

Nature子刊：利用“肠型”对肠道菌群进行分类

这是Nature Microbiology发表的重要文献，包括王俊、赵立平等两位中国科学家在内的29位菌群研究领域的重量级科学家，针对“肠型”这个概念进行了新的探讨，以求推动对这个重要概念的统一认识并将其推到实践。新方案是综合之前多种分型方案之长但充分考虑菌群功能、生态学及临床需求的在线方法。具体方法值得专业人士去深挖，我们仅简要介绍。特别推荐！

肠型 Trevor Beaudoin Charles M Deber

三甲胺

ISME：肠道菌群中可利用三甲胺的古细菌

① 近期研究报道了对Methanomassiliicoccales的基因组及生化分析——一个新的存在于土壤及动物消化道中的产甲烷古细菌目；② 该古细菌目中有5个代表性OTU，在系统发生学上可分为2个进化枝；③ 在6个新的Methanomassiliicoccales基因组中，有4个拥有利用三甲胺（TMA）的基因；④ 可利用TMA的Methanomassiliicoccales的丰度与TMA生成相关的细菌基因正相关，与粪便TMA浓度负相关；⑤ 2个Methanomassiliicoccales进化枝与宿主健康状态的关联相反。

三甲胺产甲烷古细菌

生物多样性

Gut：一文彻底读懂菌群研究带给营养科学的革命！（必读综述）

这是Gut发出的关于菌群研究和营养科学的重要综述，这样的文献，很值得精读，必有收获！搞营养学研究的朋友，菌群相关研究机会并未高爆发，还有很大空间和机会，一定别错过！

生物多样性生物标志物个体化营养细菌代谢产物营养科学

SR：母乳里的细菌，会在婴儿粪便中出现么？

婴儿出生后三个月内，母乳对肠道菌群有何影响？母乳里的细菌有什么？会到婴儿肠道定殖么？这篇文章解答了很多问题，很值得一看。

母乳菌群

SR：母乳里的细菌，会在婴儿粪便中出现么？

婴儿出生后三个月内，母乳对肠道菌群有何影响？母乳里的细菌有什么？会到婴儿肠道定殖么？这篇文章解答了很多问题，很值得一看。

母乳菌群婴儿菌群 Giuseppe Spano Giuseppe Spano Sandra Torriani

farm practices

AEM：污染原奶的细菌主要从哪里来？

在乳品工业中，原奶被污染是一个可能严重影响产品质量的事件，而原奶的微生物污染会从哪里来呢？这个研究值得看看。

farm practices food chain food safety metagenomics microbial source tracking

结肠直肠癌

Gut：到底有什么细菌与大肠癌相关？

① 对59位结肠直肠癌（CRC）患者、21位带有息肉的普通患者、56位健康人粪便和粘膜样品分析；② CRC患者粘膜菌群组成以及基因表达与健康人不同，可根据粘膜相关细菌共丰度群（CAGs）的水平结构进行分级；③ 菌群组成改变并不局限于癌变组织，在远、近端癌症中也有所不同；④ 拟杆菌簇1和厚壁菌簇1在CRC黏膜中丰度降低，而拟杆菌簇2、厚壁菌簇2、病原体簇和普雷沃氏菌簇在CRC黏膜中丰度升高；⑤ CRC相关的CAGs与宿主免疫炎症反应基因表达谱存在差异。

结肠直肠癌粘膜微生物群 Jonathan Braun Jonathan Braun

老年人

肠道菌群中的早衰特征

① 纳入728名年龄42-86岁之间的女性双胞胎的粪便样本，进行16S rRNA测序分析，研究老年人身体虚弱与肠道菌群组成之间的关系；② 结果表明，虚弱指数（frailty index，FI）与肠道菌群的α-多样性呈显著负相关，其中637个OTUs与FI相关；③ 细长真杆菌及迟缓埃格特菌丰度增加与FI呈正相关，而柔嫩梭菌与其呈负相关；④ 60个OTUs相关在老年人队列中得到重现，OTU共现模组，虚弱性和多样性之间对比显著；⑤ FI与肠道菌群之间的因果关系尚待探究。

老年人肠道菌群虚弱 Silvia Guglietta Maria Rescigno

衰老

Science：肠道菌群与衰老关系密切

这是15年底Science的一篇重要文章，题目就是简洁的“肠道菌群和衰老”，明确链接二者的关系。非常值得我们好好读一读。

衰老肠道菌群

功能基因组学

对213株乳杆菌及其相关菌属进行比较基因组学研究扩展乳酸杆菌的生物应用潜力

① 乳酸菌的代谢多样性、种属不明确、与其他重要的乳酸菌之间关系的不确定性，使得开发利用乳酸菌变得复杂，且乳酸菌催化的生物转化能力尚未开发；② 发布213株乳杆菌及其相关菌属的基因组序列，发现73个核心基因，描述修饰碳水化合物和蛋白质的编码基因目录；③ 乳酸杆菌有广泛且多样性的新CRISPR-Cas免疫系统，可用于基因编辑；④ 揭示乳酸杆菌在自然和工业环境的宿主相互作用因子和细菌素的系统基因组学分布，及工艺过程中承受压力的机制。

功能基因组学乳杆菌

Diet

Gut：地中海饮食对肠道菌群和代谢组有何好处？

去年Gut上关于地中海饮食如何影响肠道菌群和相关代谢组的重要文献，特别分享给大家。

Diet DIETARY FIBRE ENTERIC BACTERIAL MICROFLORA INTESTINAL BACTERIA Short chain fatty acids

衰老

Nature：饮食和健康状况，影响老年人的肠道菌群

这是Nature在2012年发表的衰老（老年人）肠道菌群研究，我们今天特别重温。

衰老