Nam-Phuong Nguyen

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Nam-Phuong Nguyen

文章数：2篇

人畜共通传染疾病

EMI：深度测序，解开大鼠小核糖核酸病毒多样性之谜

这篇文章看似跟肠道菌群无关，但主要是介绍其间的病毒深度测序方法，懂的人值得一读。

人畜共通传染疾病小核糖核酸病毒褐家鼠心脏病毒元基因组学

利用序列相似性进行16S rRNA OTU聚类

① 16S扩增子分析的标准流程通常将序列相似百分比大于97%的序列聚类成OTU，在每个OTU中选择一条序列作为代表性序列，其被注释后，相应的注释应用于同个OTU中的剩余序列；② 用传统的PSD（成对比对序列相异性）方法聚类OTU，效果较差，影响下游分析；③ 通过用MSD（多序列比对序列相异性）和BLD（系统发育分支长度距离）两种方法聚类OTU，发现都超过OTU相异性阈值（通常为0.03）；④ 因此需转向更准确和基于系统发育的聚类方法来进行16S分析。

16S rRNA Alexandra Snyder Jedd Wolchok