Lindsay J Hall

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文章数：11篇

Nature子刊：早产儿来源的毒性产气荚膜梭菌的基因组和毒力特征研究

产气荚膜梭菌是一种与肠道疾病相关的厌氧产毒细菌，尤其是在新生儿中，产气荚膜梭菌过多可造成产气荚膜梭菌相关的坏死性小肠结肠炎(CPA-NEC)。近日，发表在Nature Microbiology上的这篇文章，对非CPA-NEC(95%)和CPA-NEC患者 (5%) 的产气荚膜梭菌临床分离株进行了全基因组研究，并发现早产儿来源的毒性产气荚膜梭菌与特定的基因组和毒力特征相关，为产气荚膜梭菌感染提供了潜在的干预和治疗策略。

Lancet子刊：生命早期肠道菌群与疫苗效力（综述）

疫苗是公共卫生领域伟大的成就之一，每年都能防止数百万儿童的疾病和死亡。然而，许多疫苗的效力在不同地区的婴儿间存在很大差异，这与肠道菌群组成差异有关。近日，Lancet Microbe发表最新综述，该综述评估了肠道菌群（尤其是双歧杆菌和拟杆菌）对生命早期免疫力的影响，以及它们的免疫刺激微生物特性、与宿主的互作、对婴儿的疫苗反应和效力的影响。并提出对健康婴儿微生物组中的关键菌株及其副产品和代谢物的进一步了解和定性，可能会产生新一代的安全、无针和经济的疫苗增强疗法。总之，该综述为更好了解婴幼儿肠道菌群和疫苗效力间的关系提供了新指导。

疫苗生命早期综述基础研究肠道菌群

母体肠道菌群影响胎盘的形态发生、营养转运和胎儿生长

肠道菌群在调节宿主代谢中起着重要作用，虽然在发现微生物群如何影响胎儿出生后及以后的宿主功能方面已经取得了实质性的进展，但对于母体肠道微生物群的关键成员如何影响胎儿及胎盘的生长却知之甚少。近期发表于Cellular and Molecular Life Sciences的一项动物研究结果强调了妊娠期间母体肠道菌群的重要性，并表明双歧杆菌可调节母体生理、胎盘结构和营养转运能力，从而影响胎儿血糖和胎儿生长。

早期肠道菌群

新生小鼠肠道菌或可防止小肠上皮脱落

生命早期肠道菌在调节和维持肠道屏障中起着至关重要的作用，但早期肠道菌在病理性细胞脱落过程中的作用尚不清楚。《FASEB Journal》最近发表的文章，对出生14、21、29天的新生小鼠和成年小鼠腹腔注射脂多糖（LPS）诱导细胞脱落，分析早期肠屏障功能和调节机制。结果发现，与成年小鼠相比，新生小鼠可抵抗LPS诱导的上皮脱落，用抗生素处理生小鼠肠道菌，这种抵抗作用减弱，提示新生儿肠道菌群在健康和疾病中调节宿主生理的重要作用。

早期肠道菌群 antibiotics cell shedding early life fecal microbiota transplant

Nature子刊：快速检测临床宏基因组样本和耐药致病菌

MinION测序平台可提供近乎实时的DNA测序分析，具有临床应用前景。Nature Microbiology发表的一项最新研究显示，MinION结合NanoOK RT软件，可在物种水平上快速分析临床宏基因组数据，鉴定肠道相关的潜在致病菌及其抗生素耐药性情况，从而及时为抗菌治疗决策提供关键参考信息。

临床检测抗生素耐药性肠道菌群早产儿 MinION纳米孔测序

双歧杆菌共同合作，实现HMO利用最大化

母乳相关的双歧杆菌中富含碳水化合物利用基因和HMO代谢的特定基因簇，这在许多成年个体相关菌株中是不存在的。并且，多种双歧杆菌菌株往往同时存在于同一婴儿肠道，而不是由一株双歧杆菌主导。ISME最近的文章中，为了研究双歧杆菌间的相互作用关系，分析了同一婴儿个体中共存的双歧杆菌菌株的碳水化合利用基因和代谢HMO的基因簇组成，及对HMO的利用能力，并探究了双歧杆菌菌株间的相互作用，从而进一步解释了为什么婴儿肠道中多种双歧杆菌共同存在。本研究结果或有助于开发饮食和微生物疗法，促进生命早期的健康。

双歧杆菌共同合作，实现HMO利用最大化

母乳相关的双歧杆菌中富含碳水化合物利用基因和HMO代谢的特定基因簇，这在许多成年个体相关菌株中是不存在的。并且，多种双歧杆菌菌株往往同时存在于同一婴儿肠道，而不是由一株双歧杆菌主导。ISME最近的文章中，为了研究双歧杆菌间的相互作用关系，分析了同一婴儿个体中共存的双歧杆菌菌株的碳水化合利用基因和代谢HMO的基因簇组成，及对HMO的利用能力，并探究了双歧杆菌菌株间的相互作用，从而进一步解释了为什么婴儿肠道中多种双歧杆菌共同存在。本研究结果或有助于开发饮食和微生物疗法，促进生命早期的健康。

母乳寡糖双歧杆菌互养微生物生态学 Kai Zhang

高风险早产儿使用特定益生菌有助于减少NEC

这是一项来自英国的回顾性观察性研究，分析了近千名早产儿的数据发现，从2013年开始对高风险早产儿进行常规的预防性益生菌（嗜酸乳杆菌+两歧双歧杆菌）干预（从2016年4月后额外添加长双歧杆菌婴儿亚种）后，在NICU接受治疗的早产儿中，发生坏死性小肠结肠炎（NEC）和晚发性败血症的风险都降低了约一半，且整体安全性良好。这些发现说明，在NICU中对高风险早产儿用特定益生菌组合进行常规干预，有助于预防NEC。

高风险早产儿使用特定益生菌有助于减少NEC

这是一项来自英国的回顾性观察性研究，分析了近千名早产儿的数据发现，从2013年开始对高风险早产儿进行常规的预防性益生菌（嗜酸乳杆菌+两歧双歧杆菌）干预（从2016年4月后额外添加长双歧杆菌婴儿亚种）后，在NICU接受治疗的早产儿中，发生坏死性小肠结肠炎（NEC）和晚发性败血症的风险都降低了约一半，且整体安全性良好。这些发现说明，在NICU中对高风险早产儿用特定益生菌组合进行常规干预，有助于预防NEC。

早产儿 late-onset sepsis microbiota necrotizing enterocolitis Preterm

生物信息学算法

HULK：k-mer频谱草图用于微生物组快速分析

近年来公共可用微生物组数据的增长为基因组研究提供了宝贵的资源。大量的微生物组数据，以及微生物组研究的广泛普及和临床宏基因组学时代的到来，意味着迫切需要开发能够在短时间内处理大量数据的分析方法。为了满足这一需求，发表于《Microbiome》的研究提出了一种使用流式k-mer频谱的相似性草图表示微生物组测序数据差异的新方法。这些草图允许近似实时地进行差异估计，快速的微生物组目录搜索和微生物组样品的分类。项目地址：https://github.com/will-rowe/hulk 。

生物信息学算法菌群结构菌群相似性机器学习随机森林机器学习

抗生素影响

Science子刊：抗生素可引起长期肠道免疫失调

Science Translational Medicine发表的一项最新研究发现，给口服抗生素的小鼠重新定植肠道菌群，可引发由巨噬细胞介导的长期结肠T细胞免疫失调，增加对特定肠道感染的易感性，这些现象一定程度上是菌群生成丁酸能力下降所造成的，在抗生素治疗的同时给小鼠补充丁酸可预防上述肠道免疫失调。

抗生素影响肠道免疫巨噬细胞 T细胞应答短链脂肪酸