Phillip I Tarr

坏死性小肠结肠炎（NEC）是早产的一个严重后果，通常与肠道细菌微生物组的改变有关。然而，人们对早产儿肠道病毒组的发展或其在NEC中的作用知之甚少。Nature Microbiology近期发表的研究，纳入23名早产儿（包括9例后来发展成NEC的婴儿和14例与出生时胎龄和出生体重相匹配的对照组），对肠道病毒群进行纵向的宏基因组学研究。结果发现，在有NEC风险的婴儿中，不同年龄段的噬菌体和真核病毒的肠道病毒组都有很大的个体间差异。然而，在发生NEC之前，发生NEC的婴儿的病毒组β多样性水平降低，表明细菌和病毒的扰动在NEC的发生之前就发生了，提示早产儿生命早期的病毒组特征可能与NEC相关。

NEC 肠道病毒组早产儿

益生菌

益生菌未改善常见病原体引起的儿童急性肠胃炎

Clinical Infectious Diseases上发表的一项随机对照试验结果，在1565名患儿中发现，对于常见病原体（腺病毒、诺如病毒、轮状病毒、细菌等）感染引起的急性肠胃炎，益生菌（鼠李糖乳杆菌GG，或鼠李糖乳杆菌R0011+瑞士乳杆菌R0052）无法缓解疾病严重程度。

益生菌研究论文医学研究随机对照试验儿童急性肠胃炎

多发性硬化

多发性硬化患者的肠道真菌组

多发性硬化是种自身免疫疾病，与肠道菌群的变化有关，但目前尚不清楚肠道真菌与这种疾病的关系。EBioMedicine近期发表的一项研究，首次报道了多发性硬化患者的肠道真菌组的变化，及其与肠道细菌、免疫和饮食的关联。

多发性硬化肠道真菌组

艰难梭菌

JAMA子刊：儿童艰难梭菌的感染率一览（综述）

艰难梭菌（Clostridium difficile）对氧极为敏感，分离培养较困难，故命名为艰难梭菌。艰难梭菌是人类肠道正常菌群成员，不规范使用抗生素时，可导致肠道菌群失调。耐药的艰难梭菌大量生长繁殖，导致抗生素相关性腹泻和伪膜性肠炎等疾病。而其也是儿童腹泻的重要致病菌之一。因此，本综述讨论了艰难梭菌在不同年龄段儿童中的感染率。具有一定的参考价值。

艰难梭菌儿童荟萃分析感染率

儿童短肠综合征

抗生素导致短肠综合征儿童菌群失调，增加血液感染风险

外科切除肠道可以救治灾难性胃肠疾病的婴儿，同时也导致一种称为短肠综合征（SBS）的肠道衰竭。血流感染（BSIs）是儿科SBS治疗的主要挑战，BSI需要频繁的抗生素治疗，其对肠道微生物群和儿童的影响不明确。Gut Microbes近期发表文章，发现抗生素导致SBS患者的肠道菌群失调，SBS患者肠道内含有导致BSI的致病菌，且持续存在，表明抗生素治疗可能导致SBS患者易受感染。SBS患者中致病菌的持续存在和有益菌群及其功能的下调，提示我们进行菌群定向干预的必要性，以防止感染，促进肠道适应。

儿童短肠综合征肠道菌群血流感染

婴儿菌群

婴儿从母亲那里继承的细菌比病毒多

研究纳入28对双胞胎及他们的母亲，探究婴儿与母体在肠道细菌群和病毒组上的差异。研究结果表明，婴儿从母亲那里继承的细菌要远远高于病毒，但具体比例并不受分娩方式的影响。双胞胎个体间的菌群组成更类似，可能源于相同的环境暴露。同时，不同类型微生物的垂直传递差异，预示着个体微生物组的形成受多种因素的控制和影响。

婴儿菌群 Virome Microbiome Transmission 肠道病毒组

婴儿肠道菌群

Nature子刊：抗生素和住院治疗对早产儿肠道菌群有长期影响

早产儿易患感染性疾病，因此在出生后的住院期间，通常会接受较多的抗生素治疗。这些因素对早产儿肠道菌群以及菌群的抗生素耐药性有何长期影响？Nature Microbiology近期的一项研究，通过宏基因组学、细菌分离培养和机器学习等分析手段，对这一问题进行了深入研究。

婴儿肠道菌群 Antimicrobial resistance metagenomics Microbiome 早产儿

IDO1

肠道上皮中的IDO1促进肠道稳态

来自Gastroenterology上发表的一项最新研究，发现肠道上皮中的吲哚胺2,3-双加氧酶1（IDO1）可通过与作用与于芳香烃受体并抑制Notch1信号，以增强肠道屏障功能，并调节肠道菌群，从而在致病菌感染及结肠炎中维持小鼠的肠道稳态。

IDO1 kynurenine Metabolism Microbiome Organoids

肝脏代谢

肠道菌群及胆汁酸代谢影响宿主糖代谢

《Hepatology》近期发表研究，发现阻断肠道的脂质运输可能改善糖代谢状况，该过程可能与菌群变化、胆汁酸代谢变化相关，尤其可能与Akk细菌的富集有关，对于阐释肠道菌群及其代谢对宿主的影响具有参考价值。

肝脏代谢 chylomicrons abetalipoproteinemia Akkermansia bile acids

病原菌检测

鉴定儿童肠道致病菌的粪便检测指南，仍需优化

对胃肠炎儿童致病菌的粪便微生物学检测，现行的多个指南间存在不一致的建议。Clinical Infectious Diseases近期发表研究，在近2500名有胃肠炎症状的儿童中，评估6个现行指南的表现，并对改进方向提出了建议。

病原菌检测 acute gastroenteritis enteric bacteria stool culture culture-independent diagnostic testing

鼠李糖乳杆菌GG株(LGG)

NEJM：LGG无助于儿童急性胃肠炎治疗

这是New England Journal of Medicine [79.258] 刚刚发布的两项重量级益生菌临床随机对照试验结果之一，表明鼠李糖乳杆菌GG株（LGG）无法带来对儿童急性胃肠炎治疗的额外获益。这是关于LGG的超高等级临床研究证据，同样很值得关注其中的实验设计、临床实施和数据分析方法。

鼠李糖乳杆菌GG株(LGG) 研究论文以人为对象的临床试验随机双盲对照实验（RCT）腹泻【无任何改善】

LGG

NEJM：LGG无助于儿童急性胃肠炎治疗

这是New England Journal of Medicine [79.258] 刚刚发布的两项重量级益生菌临床随机对照试验结果之一，表明鼠李糖乳杆菌GG株（LGG）无法带来对儿童急性胃肠炎治疗的额外获益。这是关于LGG的超高等级临床研究证据，同样很值得关注其中的实验设计、临床实施和数据分析方法。

LGG 益生菌鼠李糖乳杆菌GG株胃肠炎急性胃肠炎

婴儿肠道菌群

Nature子刊：婴儿饮食和母体因素如何影响婴儿肠道菌群

Nature及其旗下子刊近期格外关注婴儿肠道菌群的研究。Nature Medicine刚刚上线的研究对60名婴儿的早期肠道菌群进行纵向宏基因组学分析，鉴定出与母乳、奶粉、大豆奶粉、母体孕期体重增长、分娩方式和抗生素施用等因素相关的婴儿肠道菌群组成和功能特征，有些发现值得深入研究。

婴儿肠道菌群粪便宏基因组母乳喂养配方奶粉大豆奶粉

早产儿

婴儿配方奶粉影响极早产儿肠道中的克罗诺杆菌定殖

Clinical Infectious Diseases上发表的一项研究，分析了121名极早产儿的粪便菌群，发现极早产儿肠道中的克罗诺杆菌定殖受到喂食的奶粉的影响。

早产儿婴儿配方奶粉克罗诺杆菌 Shiguo Chen Dongmei Wu

杯状细胞相关抗原通道

Science子刊：出生后10-20天，小鼠识别肠道细菌并建立免疫耐受

这是Science Immunology发表的重要研究，发现在小鼠断奶前的一段时间，是肠腔内免疫细胞建立对肠道细菌免疫耐受的关键时期。这是“卫生假说”的重要证据之一，Science网站在首页头条用“Licensing microbes for symbiosis批准微生物共生”作特别推荐，可见这项研究的重要意义。强烈推荐专业人士认真看看。

杯状细胞相关抗原通道免疫耐受断奶杯状细胞 Wenyu Shi

早产

AJOG：妊娠早期阴道菌群与早产的关联

① 目前缺乏菌群与早产关联的证据，基因测序提示阴道菌群的人种差异和妊娠期特殊变化；② 近期在白人中发现阴道菌群和早产相关，尚需在不同人种里验证；③ 本研究选取77名单胎妊娠的非裔美国人，进行巢式病例对照研究，随产前检查连续用内窥镜采集阴道中段拭子；④ 受试者的早产率为31%，早产女性与足月产女性相比，早产的女性阴道菌群的丰富度、多样性和均衡性均明显下降；⑤ 阴道菌群的变化多发生在孕早、中期，未发现不同的类群与早产相关。

早产阴道菌群 pregnancy preterm birth vaginal microbiome

坏死性小肠结肠炎

Microbiome：发生NEC的早产儿，到底有怎样的肠道菌群？（综述）

对是否发生NEC的早产儿进行研究，比较肠道菌群的异同，还是有明显的菌群信号，这样的研究很有意义，未来或许可以用菌群作为预测NEC的指标之一。

坏死性小肠结肠炎早产儿 16S rRNA sequencing intestinal Microbiome

马拉维儿童

AJTMH：环境肠功能障碍儿童的菌群发生了什么变化？

环境肠功能障碍（EED）是儿童发育不良的病因之一，这项研究关注EED儿童的肠道菌群，推荐给大家。

马拉维儿童肠功能障碍粪便菌群 Alejandra Hernandez-Agreda Alejandra Hernandez-Agreda

抗生素耐药性

Gut Microbes：抗生素对早产儿有何影响？

① 生命早期的抗生素使用可能改变肠道菌群组成，从而对宿主短期及长期的健康造成影响；② 早产婴儿在出生后的几个月内常常使用抗生素进行治疗；③ Gibson等人最近发现抗生素可能显著影响早产婴儿肠道菌群的组成；④ 不同的抗生素对肠道菌群多样性的影响不同；⑤ 所有抗生素都造成了抗性基因及多重耐药细菌的富集，不同抗生素选择型富集不同的的抗性基因。

抗生素耐药性抗生素肠道菌群早产婴儿 Eleonora Giannetti

双胞胎菌群

Nature：婴儿肠道菌群和粘膜免疫系统的成熟模式

Jeff Gordon实验室Nature最新重量级文章，他们也开始关注免疫了，粘膜免疫、IgA，今年还会有n篇大paper。

双胞胎菌群 IgA 免疫系统成熟肠道粘膜免疫共生

早产婴儿

Lancet：极早产婴儿肠道细菌失衡与NEC有联系么？

① 纳入2009.7-2013.9间美国出生体重极低（1500g以下）婴儿进行前瞻性队列研究肠道菌群失调与坏死性小肠结肠炎的关系；② 收集166名婴儿的粪便样本，其中46例发展为坏死性小肠结肠炎，疾病与对照组菌群结构明显不同，且差异在出生后一个月出现；③ 坏死性小肠结肠炎与γ-变形菌比例升高，Negativicutes以及合并的Clostridia–Negativicutes 纲比例降低相关，且胎龄小于27周的关联性最强；④ 为肠道菌群干预儿童坏死性小肠结肠炎提供了靶点。

早产婴儿变形菌厌氧菌益生菌

preterm infant

Nature子刊：抗生素对早产婴儿肠道菌群有什么影响？

① 对84例早产儿的401个粪便样本分析，发现美罗培南、头孢噻肟和替卡西林克拉维酸盐显著降低肠道菌群丰度；② 早产儿最常用抗生素——万古霉素和庆大霉素对菌群丰度影响不一致；③ 21个粪便宏基因组鉴定出对16中抗生素耐药的794个抗生素耐药（AR）基因，其中79%为新归类；④ 多重耐药的大肠杆菌属、克雷伯氏菌属和肠杆菌属为早产儿肠道菌群的主要成员；⑤ 特定抗生素诱导富集的AR基因具有抗生素特异性，且与单一菌群丰度高度相关，但也有例外。

preterm infant Gut microbiota antibiotic resistome

病毒组

Nature Medicine：婴儿肠道病毒和细菌组的动态变化

这是2015年发表在Nature Medicine上的重要文献，但看标题，就必须值得你点进去看一看吧？

病毒组细菌组真核生物病毒组噬菌体 Lotka-Volterra捕食模型