Bryan White

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Bryan White

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JAE：社交行为或可影响肠道菌群？

这是近期Journal of Animal Ecology[IF：4.474]发表的在灵长类动物红腹狐猴中进行的社交模式与肠道菌群的关联性研究，有些有趣的发现，不妨看看。

社交行为 cooperation Immunity lemur microbial transmission

利用序列相似性进行16S rRNA OTU聚类

① 16S扩增子分析的标准流程通常将序列相似百分比大于97%的序列聚类成OTU，在每个OTU中选择一条序列作为代表性序列，其被注释后，相应的注释应用于同个OTU中的剩余序列；② 用传统的PSD（成对比对序列相异性）方法聚类OTU，效果较差，影响下游分析；③ 通过用MSD（多序列比对序列相异性）和BLD（系统发育分支长度距离）两种方法聚类OTU，发现都超过OTU相异性阈值（通常为0.03）；④ 因此需转向更准确和基于系统发育的聚类方法来进行16S分析。

16S rRNA Alexandra Snyder Jedd Wolchok