Oluf Pedersen

神经性厌食症肠道菌群

多发性硬化症是一种慢性免疫介导的大脑和脊髓疾病，导致年轻人身体和认知障碍，其发病机制之一可能是由肠道菌群紊乱-脑轴介导的。近日，发表在Genome Medicine上的这篇文章，探索多发性硬化症中肠道菌群特征及其与疾病指标（血浆细胞因子、血细胞基因表达谱和疾病活动）之间的关系，为未来临床菌群疗法提供了依据。

心血管代谢疾病

Nature子刊：从代谢障碍到心血管疾病，菌群和代谢组发生了什么变化

Nature Medicine发表的这项研究，以缺血性心脏病（IHD）为例，对处于心血管代谢疾病谱系中不同阶段的中年人进行了肠道菌群和代谢组分析，并调整了生活方式和用药这些混杂因素的影响，从而鉴定出从代谢障碍（肥胖/糖尿病）发展到缺血性心脏病的疾病进程中的菌群和代谢组的变化特征。

心血管代谢疾病肠道菌群代谢组

前驱糖尿病

不同国家的前驱糖尿病人群的肠道菌群特征

来自Genome Medicine上发表的一项最新队列研究结果，纳入来自丹麦及印度的262名前驱糖尿病者及275名血糖正常者，鉴定出了与前驱糖尿病相关的跨种族肠道菌群组成变化，并在不同国家人群中鉴定出了不同的前驱糖尿病相关肠道菌群特征。

前驱糖尿病研究论文队列研究

2型糖尿病

不同国家的2型糖尿病患者的肠道菌群特征

近期发表于Genome Medicine的一项研究，纳入血糖正常或2型糖尿病（T2D）的279名丹麦人（138名血糖正常和141名T2D）和294名南印度人（137例血糖正常和157例T2D），鉴定出了丹麦人和南印度人之间的肠道菌群主要组成差异，其中一些可能与种族、生活方式和人口学的差异有关。通过比较未使用二甲双胍的T2D患者及血糖正常者，鉴定了丹麦人和印度人中的T2D相关菌群变化。另外，在跨种族研究中，确认了二甲双胍可改变肠道菌群的组成及功能。

2型糖尿病研究论文队列研究

糖尿病

Nature子刊：不健康饮食相关的一种菌群代谢产物，与糖尿病存在关联

丙酸咪唑（ImP）是新发现的肠道细菌代谢组氨酸的产物。小鼠的研究发现ImP可以通过MAPK通路破坏葡萄糖代谢。但ImP在患者中与疾病的相关性并没有研究。近期一篇发表在Nature Communications的多中心队列分析发现，血清中丙酸咪唑上升与前驱糖尿病和2型糖尿病显著相关，与肠道菌丰度下降，和拟杆菌2肠型显著相关，与系统性炎症显著相关。丙酸咪唑的上升与不良的饮食习惯相关，但与组氨酸摄入量无关。因此对于前驱糖尿病和2型糖尿病患者的治疗应当考虑个性化膳食以抑制细菌组氨酸代谢的途径。

糖尿病肠道菌群代谢产物丙酸咪唑肠道菌群前驱糖尿病

代谢疾病

一文+一图读懂：肠道菌群在人体代谢健康中的重要作用（重磅综述）

Nature Reviews Microbiology近期发表了来自丹麦哥本哈根大学Oluf Pedersen团队的一篇重磅综述，总结了与多种常见代谢疾病相关的肠道菌群变化特征，以及菌群代谢和衍生物参与驱动疾病发生发展的可能机制，并探讨了以菌群为导向的干预方法和未来的研究转化方向等内容。我们特别将文章中的图片编译为一图读懂，希望能帮助你涨知识。

代谢疾病肠道菌群饮食-菌群-宿主互作肠道菌群代谢产物

1型糖尿病

1型糖尿病患者的肠道菌群和血液代谢物，及其与蛋白尿的关系

Diabetologia近期发表的文章，通过对161名I型糖尿病和50名健康对照进行研究，证明长期的1型糖尿病患者的肠道菌群和血浆代谢物具有异常特征，且患有糖尿病肾病初期的I型糖尿病患者的肠道菌群和血浆代谢物水平与蛋白尿水平有关。

1型糖尿病肠道菌群血浆代谢物

体质分布

Nature子刊：脂质平衡相关的新基因影响体脂分布

体脂分布状况影响心血管疾病。本研究通过整合47万余欧洲人的22万余蛋白质编码基因变异，发现了若干种与体质分布有关的基因突变，其中部分突变与脂质代谢有关，提示体内脂质平衡相关的新基因影响体脂分布。该研究对解释肥胖相关的遗传背景，治疗中心性肥胖，预防心血管疾病都具有参考价值。

体质分布肥胖基因欧洲人群人群研究肥胖基因

低谷蛋白饮食

Nature子刊：低麸质饮食怎样影响健康人的肠道菌群和代谢？

越来越多的人开始尝试低谷蛋白饮食，但其对健康人的影响尚未明确。Nature Communications上发表的一项最新研究，在60名健康中年人进行了一项随机对照交叉试验，发现低谷蛋白/麸质饮食可改变肠道菌群，减少氢气呼出量并改善腹胀，降低体重并减少炎症小体激活。

低谷蛋白饮食 Shahrad Taheri Hadeel Zaghloul Odette Chagoury

抗生素影响

Nature子刊：健康成人的肠道菌群对抗生素扰动有较强的恢复力

Nature Microbiology本周上线的一项重要研究表明，健康成年人的肠道菌群经短期广谱抗生素扰动后，整体上有较强的恢复能力，但也有少数潜在的有益菌种和菌株在半年后仍无法恢复，抗生素耐药基因的携带情况可影响细菌在恢复过程中的定植和生存。这些发现提示，健康成年人偶尔短期服用抗生素，应该不会对菌群造成明显的长期不良影响，但长期和经常性服用抗生素的后果，以及抗生素对儿童和老年人菌群的影响，仍需更多研究。

抗生素影响人体肠道菌群抗生素耐药基因

生物信息学工具

Nature子刊：带你玩转人微生物组和代谢组数据

本文介绍了一个曾被用于揭示肠道菌群在宿主胰岛素抵抗的背景下如何影响循环系统代谢物的数据挖掘方法。对应研究可参考此前日报中的报道：两种肠道细菌改变血清代谢组，增加糖尿病风险（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1095814020）。

生物信息学工具微生物组代谢组血液代谢组学 Ⅱ型糖尿病

双向情感障碍

吸烟、性别与肠道菌群对双相情感障碍发病风险的影响

Brain Behavior and Immunity上发表的一项最新研究，发现113名双相情感障碍患者的肠道菌群与健康人之间存在显著差异，特别是黄杆菌属的存在与疾病显著相关。进一步分析发现，黄杆菌属的存在与双相情感障碍发病风险的关联，受到吸烟、性别的影响。

双向情感障碍 bipolar disorder Gut microbiota microbiota Newly diagnosed

妊娠期糖尿病

妊娠糖尿病患者在孕晚期和产后的肠道菌群特征

Microbiome近期上线的一项研究，用16S法分析了50例妊娠糖尿病（GDM）和161例对照孕妇的肠道菌群组成，鉴定出GDM相关的菌群特征，发现GDM患者在孕期和产后的肠道菌群均表现出异常，与2型糖尿病患者相似。

妊娠期糖尿病怀孕体质指数血糖特征妊娠期高血糖症

唾液菌群

素食者的唾液菌群有何不同？

长期饮食模式对唾液菌群有何影响？Scientific Reports[IF：4.259]近期发表的一项研究，对比了素食者和杂食者的唾液菌群，有些有趣的发现。

唾液菌群口腔菌群素食 Zhuye Jie Zhuye Jie

前驱糖尿病

Diabetologia：前驱糖尿病患者的肠道菌群如何变化

这是上周发表在Diabetologia[IF：6.08]的研究，分析了丹麦的前驱糖尿病患者的肠道菌群，发现存在一定程度的菌群失调，或许是低度炎症的信号，推荐专业人士参考。

前驱糖尿病 Akkermansia muciniphila Clostridium Faecal transfer Gut microbiota

慢性疾病

NEJM：一文彻底读懂肠道菌群的超强影响（必读综述+长图）

这篇文章，你在朋友圈看过几次呢？[呲牙]前面是热心肠先生分享的，小秘书也特别转发请大家读一读[胜利]

慢性疾病菌群干预膳食饮食共同点假说

微生物扩散

ISME：环境中传播的微生物显著影响小鼠代谢表型

一项在不同环境中饲养移植了人类粪菌的小鼠的研究，发现不同环境中的小鼠彼此交叉不同的细菌，并带来表型的区别，很有意义的研究，值得学习。

微生物扩散代谢表型发育 Ashley Shade Ashley Shade

血清代谢组学

Nature：两种肠道细菌改变血清代谢组，增加糖尿病风险

血清代谢组学胰岛素抵抗支链氨基酸转运蛋白葡萄糖不耐受

DNA提取

SR：提取宏基因组DNA的靠谱改进方法！

这篇文章的作者自诩新方法能成为DNA样本提取的黄金标准，每天都在提取DNA的群友们看一看评一评，告诉大家真的有那么牛气冲天么？

DNA提取 THSTI 宏基因组测序方法学 Janelle S Ayres

益生菌

Genome Medicine：益生菌并不改变健康人的菌群？

① 截至2015年8月17日，采用高通量测序，研究食用益生菌后粪便菌群结构改变的随机对照实验（RCT）只有7项，研究质量评估为中到高；② 没有任何一项研究证明食用益生菌组的粪菌α多样性、丰富度或者均一性与食用安慰剂组有差别；③ 只有一项研究发现食用益生菌显著改变了粪菌组成的整体结构，即β多样性改变；④ 益生菌对健康人粪菌组成的影响，还缺乏证据。

益生菌 16S rRNA 随机对照实验 α多样性 β多样性

二甲双胍

Nature：二甲双胍对糖尿病人的肠道菌群到底有何影响？

去年Nature上的重量级研究，证实二甲双胍通过微生物调节而产生的药效是通过产生短链脂肪酸，并增加埃希氏杆菌达成的。强烈推荐重温经典。

二甲双胍二型糖尿病短链脂肪酸埃希氏杆菌 Grace Hewon Shin

肠道菌群

GM：肠道菌群在心血管代谢中的作用（综述）

一篇关于肠道菌群在心血管代谢中的作用的综述，发表于2015年，没有纳入这两年众多新的重要文献，但文章的意义依然很大，强烈推荐精读。

肠道菌群心血管代谢 Despo Ierodiakonou Robert J Boyle

参考基因

Nature子刊：在人类肠道中鉴定出近988万个微生物基因（2014）

2014年，以MetaHIT为班底的团队，特别是华大基因团队，在Nature Biotechnology上公布了截至当时最全的肠道微生物参考基因集，包含9879896个基因，这是令人震惊的数字！

参考基因人肠道宏基因组基因集数据库 metaHIT Hsin-Jung Joyce Wu

二型糖尿病

Nature：二型糖尿病人的肠道菌群长啥样？（2012）

这是MetaHIT的核心成果之一，也是覃俊杰博士在2010年Nature第一作者论文之后的又一重量级研究成果，这开启了用MGWAS分析慢性疾病中肠道菌群的先河，随后大量慢病相关研究出现，包括2013年关于肥胖、2014年关于肝硬化的Nature article。

二型糖尿病宏基因组相关研究的方法宏基因组基因关联群组宏基因组测序 Thomas Blank

肠型

Nature：人类肠道微生物组有三种肠型（2011）

经典回顾，2011年，MetaHIT团队通过数据比较分析，认为有三种肠型的存在，虽然后来有很多科学家（比如参与HMP的美国科学家）对此提出质疑，但肠型这个概念，在此后5年，直到今天，还是有其影响力。

肠型人类微生物组计划生物标记物 Wen Ren Zhe Xun

人肠道宏基因组

Nature：在人类肠道中鉴定出330万个微生物基因（2010）

经典回顾，这是MetaHIT抢在HMP团队之前在Nature上发出的第一个重量级阶段性研究成果，也是覃俊杰博士的成名之作，迄今被引用次数已近4000次。

人肠道宏基因组 Jacques Ravel Jacques Ravel