Huaiqiu Zhu

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朱怀球团队：DeePhage——区分宏病毒组中的毒性和温和噬菌体衍生序列的工具

北大朱怀球团队在本研究中提出了一种新的计算方法 DeePhage，它可以直接快速地将每个读长或重叠群判断为有毒或温和的噬菌体衍生片段，特别是用于宏基因组学分析，通过直接检测来自宏基因组和宏病毒组的温和病毒片段，该研究进一步提出了一种新策略来探索菌群中的噬菌体转化。检测这种转变的能力为人们提供了对人类疾病潜在治疗方法的新见解。DeePhage 可通过 http://cqb.pku.edu.cn/ZhuLab/DeePhage 或https://github.com/shufangwu/DeePhage 免费获得。

DeePhage 深度学习方法宏病毒组噬菌体衍生序列卷积神经网络

噬菌体宿主

朱怀球团队：从宏病毒组中识别噬菌体片段宿主的工具HoPhage

借助宏基因组学技术，鉴定出大量无法培养的新型噬菌体，与自然携带直接宿主信息的传统基于培养的方法相比，宏基因组方法，尤其是宏病毒组，缺乏噬菌体与其细菌宿主之间的联系。因此，对开发用于短噬菌体片段宿主识别的计算工具的需求不断增加。北京大学朱怀球团队近期在Bioinformatics发表的研究中，考虑到真实群落宏基因组数据中的噬菌体片段长度较短，微生物群落的分类组成复杂，开发了HoPhage（噬菌体宿主），并展示了它在更广泛的候选宿主范围内识别短噬菌体片段宿主的良好性能。HoPhage 可在网址 http://cqb.pku.edu.cn/ZhuLab/HoPhage/ 中使用。

噬菌体宿主宏病毒组深度学习片段长度宏基因组学