传统中药成份众多、配伍复杂，导致作用机理研究困难；同一方剂应用不同个体存在疗效及毒副作用差异，其分子机制也尚不明确。近年来研究表明，口服中药可调节人体肠道微生物的结构和功能，影响人体免疫、代谢及内分泌，进而影响人体健康；另一方面，人体肠道微生物能够产生不同的酶，催化水解、还原、裂解、官能团转移等药物代谢反应，直接参与宿主对药物的代谢吸收过程。因此，集成宏基因组、代谢组、微生物分离培养及体外发酵、实验动物等技术手段，研究单方及复方中药与肠道菌群在体内及体外的双向相互作用，建立中药与肠道菌群互作数据库，有助探讨中药作用机制、鉴定中药方剂效应靶点、明确方剂效应人群、优化中药配方设计、提升中医药疗效机制，并以肠道菌群为靶标，用新思路推动中药新药及健康产品开发。