复旦大学Luis Pedro Coelho、赵兴明与团队发表研究，构建了一个全球微生物小开放阅读框目录（GMSC），涵盖了75种不同环境中的63410个宏基因组数据和87920个高质量分离菌株基因组，共计965亿个非冗余smORFs。

遗传变异对于揭示噬菌体进化和解读其功能意义至关重要，复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华与团队通过长读测序技术探索了肠道噬菌体组中的精细尺度遗传变异，特别是结构变异（SVs）。

复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华与团队发表研究，开发出一种人类肠道微生物基因组语言混合表征学习框架VriRep，能够整合基因组语义信息和序列同源性表征DNA序列，从而更精准地识别人类肠道环境中的病毒基因组。

复旦大学赵兴明团队与华中科技大学陈卫华和刘智团队，通过富集病毒样颗粒（VLP）和短读、长读测序相结合，成功组装出中国肠道噬菌体目录（CHGV），其中约35%的vOTUs为完整基因组，揭示了肠道噬菌体的巨大多样性和功能能力。

华中科技大学的陈卫华和复旦大学的赵兴明合作在Gut发表文章，发现质子泵抑制剂（PPI）比组胺-2受体拮抗剂（H2RA）对肠道微生物组和口-肠传播的影响更大，从而揭示了与长期使用PPI相关的某些疾病风险更高的机制。

复旦大学类脑智能科学与技术研究院赵兴明教授、人类表型组研究院郑琰研究员，以及华中科技大学的陈卫华教授在Microbiome上发表了题为Enterotypes of the human gut mycobiome的研究论文。此研究揭示了肠道真菌组成高度结构化的性质，并发现其与宿主表型之间的紧密相关性。