曾建国教授一直从事中药资源研究及综合利用开发，是我国植物提取物行业的倡导者，提出“二个标准三个规程”的标准化提取物”产业理念和“基于鲜药材产地初加工技术”。作为湖南农大中兽药学位点领衔人，主要从事中兽药创制与饲用植物提取物产品研究。以“博落回”为研究对象，构建了首个罂粟科植物全基因组精细图（博落回），从资源生态与形态、遗传改良与创质创新、栽培技术、代谢工程与合成生物学、组分提取工艺与活性评价的贯串研究，实现了博落回（根果叶）“不同部位、不同组分、不同用途”多维度的综合利用。构建了全球首个鸡肠道微生物参考基因集，也是首个包含各肠段（十二指肠，空肠、回肠、盲肠和结直肠）的动物肠道微生物参考基因集，并深入分析不同肠段、不同饲养方法、不同日龄对肠道微生物群落与功能的影响，并系统比较了饲用抗生素金霉素和血根碱对肠道微生物菌群的调节作用，将成为今后肠道微生物研究的重要参考资料。创新提出了“整肠、抗炎、促生长”的饲用抗生素替代技术,力求打造行业无抗饲料的核心配方，为天然来源饲用替抗产品的开发奠定研究基础。开发了多个植物提取物及保健食品和饲料添加剂、创制了2个国家二类中兽药新药均广泛应用于医疗健康和动物养殖等领域，并获湖南省科技进步一等奖。作为中兽药十三五国家重点研发计划项目牵头人，先后还主持或参与国家和省部级20多个课题研究，在Microbiome、Molecular Plant、Nature Plants等国内外期刊发表100多篇学术论文，获得省科技进步一等奖2项，中国专利奖1项，取得30多个发明专利。是中药资源与利用开发“产学研”的杰出代表。