诸奇赟+黄适:OGU一种不依赖分类学的宏基因组分析方法
热心肠小伙伴们 2022-04-14
亚利桑那州立大学的诸奇赟和香港大学的黄适作为共同第一作者,与加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight团队合作在mSystems上发表文章,开发了一种新的宏基因组分析策略—操作基因组单位(OGU),OGU法不依赖于分类学,直接利用序列比对鉴定到的单个参考基因组作为评估微生物群落多样性的最小单位。

与16S rRNA基因扩增子测序相比,宏基因组学是一种强大的但在计算上具有挑战性的技术,可用于解析微生物群落组成和结构。目前,对于宏基因组数据的分析主要基于分类学,但在特征解析方面存在一定的局限性。亚利桑那州立大学的诸奇赟和香港大学的黄适作为共同第一作者,与加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight团队合作在mSystems上发表文章Phylogeny-Aware Analysis of Metagenome Community Ecology Based on Matched Reference Genomes while Bypassing Taxonomy,开发了一种新的宏基因组分析策略—操作基因组单位(OGU),OGU法不依赖于分类学,直接利用序列比对鉴定到的单个参考基因组作为评估微生物群落多样性的最小单位。Woltka(https://github.com/qiyunzhu/woltka)是实现该方法的生物信息学工具,已集成在QIIME2软件包和Qiita平台中,未来,将促进宏基因组学研究中广泛采用OGU方法。

专家简介
黄适
香港大学牙学院长聘教轨助理教授  
黄适,近年来作为(共同)第一或通讯作者在Nature Methods,Cell Host Microbe,Microbiome,Genome Biology,ISMEJ,mSystems,Gut Microbes,mBio等国际知名学术期刊发表论文12篇,共计论文超30篇。申请发明专利7项,其中授权国际专利2项、国内专利2项。主持和参加包括国家青年自然基金等多项基金项目。
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