北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
北京生命科学研究院 2019-01-24

1月19日,国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研究提出全新的环形转录本重构与定量的方法(CIRI-full),通过环形转录本测序中的反向重叠区特征获得全长序列,既有效解决了环形转录本内部结构的重构难题,也为环形转录本中不同剪切产物的定量提供了新思路。目前绝大多数环形RNA的功能尚未明确,并且现有方法无法提供足够充足序列特征信息,该方法可以帮助研究者更有效地筛选出具有潜在功能的环形可变剪接产物,对环形RNA的功能研究与转录本水平上的差异表达分析具有重要意义。

详见原文链接:http://www.cas.cn/syky/201901/t20190124_4677975.shtml

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专家简介
赵方庆
中国科学院动物研究所研究员
中国生物信息学会基因组信息学专委会主任
赵方庆,研究员,博士生导师。先后获得基金委优青(2017)、北京杰青(2018)、国家杰青(2020)和中国科学院特聘研究员(2022)。现任副主任、技术平台主任、中国生物信息学会基因组信息学分会主任。在Briefings in Bioinformatics、Science Bulletin、Science China Life Sciences、Genomics,Proteomics & Bioinformatics等国际学术刊物担任副主编或编委。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术,探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律,以期解析它们与人类健康和疾病的关系。在Cell、Gut、Nature Biotechnology、Nature Methods、Nature Computational Science和Nature Communications等刊物上发表通讯作者论文100余篇;论文总引用次数超过1.5万次,其中十余篇入选ESI高被引论文;连续6年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017~2023),3次获得“中国科学院大学领雁奖章”、“中国科学院优秀共产党员”、“中国科学院李佩优秀教师奖”、“中国科学院朱李月华优秀教师奖”、“中国科学院大学必和必拓导师奖”;培养的研究生已有7人次获得“中国科学院院长奖”(含3次特别奖)和“中国科学院优博论文”。现承担国家重点研发计划首席科学家、基金委杰青和重点项目。
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