赵方庆
中国科学院动物研究所研究员、中国生物信息学会基因组信息学专委会主任
赵方庆,研究员,博士生导师。先后获得基金委优青(2017)、北京杰青(2018)、国家杰青(2020)和中国科学院特聘研究员(2022)。现任副主任、技术平台主任、中国生物信息学会基因组信息学分会主任。在Briefings in Bioinformatics、Science Bulletin、Science China Life Sciences、Genomics,Proteomics & Bioinformatics等国际学术刊物担任副主编或编委。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术,探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律,以期解析它们与人类健康和疾病的关系。在Cell、Gut、Nature Biotechnology、Nature Methods、Nature Computational Science和Nature Communications等刊物上发表通讯作者论文100余篇;论文总引用次数超过1.5万次,其中十余篇入选ESI高被引论文;连续6年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017~2023),3次获得“中国科学院大学领雁奖章”、“中国科学院优秀共产党员”、“中国科学院李佩优秀教师奖”、“中国科学院朱李月华优秀教师奖”、“中国科学院大学必和必拓导师奖”;培养的研究生已有7人次获得“中国科学院院长奖”(含3次特别奖)和“中国科学院优博论文”。现承担国家重点研发计划首席科学家、基金委杰青和重点项目。
赵方庆团队:MAMI,研究母婴菌群的利器
① 母婴微生物图谱(MAMI)数据库的建立,汇集了有关母婴微生物组的数据以及有关可食用益生菌菌株的数据;② 该数据库目前包含了来自29个国家3.9万余生物样本的数据,可提供检索、分析和可视化等服务;③ 可借助该数据库开展动态分析、交互作用探索和差异挖掘等工作;④ 生物样本来源包括来自于母婴的肠道、皮肤、口腔、阴道、鼻咽、母乳等部位的菌群;⑤ 数据库还包含了14株益生菌菌株,可为进一步探讨益生菌食品和药品提供帮助;
2023-10-11
魏辅文+赵方庆等:构建大熊猫高质量肠道微生物组目录
① 基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据,构建大熊猫高质量肠道菌群目录(PandaGut,包含820个MAGs),其中64.5%属于先前未报道物种;② PandaGut含237万个独特基因,74.8%有完整开放阅读框,有利于挖掘物种功能潜力;③ 在野生和圈养熊猫种群中鉴定出三种肠型,分别以梭菌属、假单胞菌属和埃希氏杆菌属为特征;④ 野生熊猫表现出宿主遗传特异性的微生物结构和功能,提示宿主与肠菌存在共生关系,圈养熊猫群则编码更多的多重耐药基因。
2023-10-07
赵方庆团队:肠道菌群靶向干预——从传统方法到工程菌(观点)
① 肠道菌群生态失调与疾病相关,传统的菌群干预方法,包括饮食调整、运动 、益生元、益生菌、合生元、后生元和粪菌移植(FMT),但需精准营养提高其精确度和有效性;② 工程菌干预可能导致代谢负担增加、激活宿主免疫并引发副作用,需监测潜在风险;③ FMT和工程菌干预疾病,分别面临着长期安全风险,生物安全和环境安全风险;④ 肠道菌群与疾病因果关系研究的进步,与人工智能、多组学和合成生物学相结合,为菌群靶向干预治疗疾病带来希望。
2023-05-22
赵方庆等GUT:一文读懂母婴菌群(综述)
① 母亲与后代间的微生物互作在围产期频繁发生,对新生儿发育有很大影响;② 遗传和环境因素等多种决定因素可影响妊娠、分娩和哺乳期间的微生物传递和定植;③ 从怀孕开始,女性菌群发生巨大变化,母体菌群失调可能对后代有不良影响;④ 产前菌群富有争议,但越来越多的证据表明存在产前菌群,且对胎儿免疫系统有潜在影响;⑤ 生命早期的微生物定植和发育极为重要,来自母亲的微生物传递有助于正常的菌群演替,并促进新生儿免疫系统成熟。
2023-01-31
吴金雨+赵方庆+王金锋Cell子刊:原发性干燥综合征患者微生态失调
① 纳入133例原发性干燥综合征(pSS)患者、56例非pSS患者和40例正常对照,分析粪便、口腔、阴道和外周血共计658份样本,发现pSS患者菌群出现紊乱,各采样位置菌群多样性降低,代谢相关通路变化显著;② 与正常人群相比,pSS口腔菌群差异最为显著;③ pSS患者肠道、口腔和阴道菌群中特征菌属的变化与临床表征具有相关性,且菌群变化可能先于pSS症状出现;④ 羟氯喹治疗可以一定程度上改善pSS菌群的紊乱。
2022-09-13
杨仕明+赵方庆+李忠俊:肠道菌群与新冠疫苗应答间的关联
① 纳入207名接种BBIBP-CorV疫苗的参与者,发现参与者产生抗体反应前后的肠道菌群组成显著不同,且菌群功能特征如SCFAs(短链脂肪酸)合成和碳水化合物降解等过程发生改变;② 参与者的淋巴细胞,T细胞比例和IL-8浓度等在注射疫苗后与疫苗应答呈正相关,而氮化合物代谢等与疫苗应答呈负相关;③ 对疫苗表现出高抗体反应组参与者的血清和粪便中的SCFAs水平明显高于低抗体反应组,且其SCFAs的水平与抗体的应答水平呈正相关。
2022-09-12
赵方庆+张发明:提高FMT疗效,如何选择供-受体配对?
① 纳入61例进行FMT的IBD患者,结合额外14个FMT队列数据(IBD和CDI),研究供/受体的肠道菌群特征与FMT疗效的关系;② 根据菌群中的优势菌,发现受体和供体中各自普遍存在2种肠型(RCPT/E和B,DONOR/P和B);③ 分析供体和FMT前后受体菌群组成的相似程度,并计算受体FMT后的定植菌/土著菌的比值,表明供体细菌在受体中的植入有助于FMT应答;④ 分析供-受体肠型表明,RCPT/E对2种供体肠型的应答都较好,而RCPT/B对DONOR/P应答较好;⑤ 通过机器学习建立基于肠型的供体选择模型,在42例IBD的验证队列中,符合该模型配对的FMT应答率高达93.3%。
2022-07-19
中国科学院动物研究所研究员
中国生物信息学会基因组信息学专委会主任
中国肠道大会联合发起人&执行主席
赵方庆,研究员,博士生导师。先后获得基金委优青(2017)、北京杰青(2018)、国家杰青(2020)和中国科学院特聘研究员(2022)。现任副主任、技术平台主任、中国生物信息学会基因组信息学分会主任。在Briefings in Bioinformatics、Science Bulletin、Science China Life Sciences、Genomics,Proteomics & Bioinformatics等国际学术刊物担任副主编或编委。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术,探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律,以期解析它们与人类健康和疾病的关系。在Cell、Gut、Nature Biotechnology、Nature Methods、Nature Computational Science和Nature Communications等刊物上发表通讯作者论文100余篇;论文总引用次数超过1.5万次,其中十余篇入选ESI高被引论文;连续6年荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017~2023),3次获得“中国科学院大学领雁奖章”、“中国科学院优秀共产党员”、“中国科学院李佩优秀教师奖”、“中国科学院朱李月华优秀教师奖”、“中国科学院大学必和必拓导师奖”;培养的研究生已有7人次获得“中国科学院院长奖”(含3次特别奖)和“中国科学院优博论文”。现承担国家重点研发计划首席科学家、基金委杰青和重点项目。
1997.09—2001.06,青岛海洋大学,学士
2001.07—2006.06,中国科学院海洋研究所,博士
1. 肠道菌群与健康:整合基因组学、计算生物学和系统生物学手段,研究肠道菌群的结构组成与变化规律,以及微生物与宿主的相互作用等问题。
2. 环形非编码RNA:建立环形RNA识别、定量、转录本组装、可变剪接识别和功能注释等统计学模型和算法,为解析其形成机制和功能提供方法学工具。
3. 单细胞及空间多组学技术:基于微流控及深度学习技术,建立空间转录/蛋白/代谢组学新方法,揭示细胞及功能的空间异质性,深入理解肠道菌群及其代谢产物对宿主的影响。
在国际SCI刊物Briefings in Bioinformatics、Genomics, Proteomics & Bioinformatics、BMC Evolutionary Biology和Hereditas等杂志担任编委
3次荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017,2018,2019)
培养的研究生已有5人次获得“中科院院长奖”和“中科院优秀博士学位论文”