Fangqing Zhao

母婴菌群其他 MAMI 在线工具

肠道菌群在宿主适应和进化中发挥着重要作用，但在野生哺乳动物自然种群中研究不足。从宏基因组学的角度可进一步探究宿主的适应性进化和加强濒危哺乳动物的保护工作。近日，中科院动物所魏辅文、中科院北京生命科学研究院赵方庆及团队在Microbiome发表最新研究，基于439份大熊猫粪便样本长、短读长测序数据，构建大熊猫高质量肠道微生物组目录（PandaGut），共识别出820个MAGs和237万个独特基因，并构建划分出三种代表性肠型，值得关注。

微生物基因组目录大熊猫研究论文基础研究肠道菌群

肠道菌群靶向干预

赵方庆团队：肠道菌群靶向干预——从传统方法到工程菌（观点）

随着我们对肠道菌群在疾病中重要性认识的不断提高，靶向肠道菌群的干预手段已从传统方法，包括饮食调整、运动、益生元、益生菌、合生元、后生元和粪菌移植等，逐渐拓展开发出利用基因工程构建工程菌作为治疗载体的新型干预方法。中科院北京生命科学研究院赵方庆教授团队在Science Bulletin发表最新观点性文章，概括了靶向肠道菌群的干预策略，提出通过肠道菌群靶向干预防治疾病的巨大潜力。

肠道菌群靶向干预其他基础研究工程菌疗法

母婴菌群

赵方庆等GUT：一文读懂母婴菌群（综述）

母婴菌群是菌群研究中的一大热点。中科院北京生命科学研究院赵方庆团队在Gut发表最新综述，对该领域的研究进展进行了全面回顾，总结了从母亲到后代的菌群传递，描述了孕前和孕期母体菌群变化对新生儿的影响，讨论了子宫内存在产前菌群的可能性及其相关的支持性和反对性证据，并阐明了母体菌群和不同的产后因素对早期婴儿菌群发育的影响。文章干货很多，值得专业人士关注。

母婴菌群

人体菌群

吴金雨+赵方庆+王金锋Cell子刊：原发性干燥综合征患者微生态失调

原发性干燥综合征（pSS）是一种常见的自发性免疫疾病，其主要表征为免疫介导外分泌腺的损伤导致口、眼干燥，同时伴随有疲劳和关节痛等症状。尽管对该疾病的病理机制有了一定的了解，但是由于免疫复杂性以及疾病临床异质性，使得其病原学还有待深入的探究。人体的微生态对其免疫调剂具有重要的作用，因此对自发性免疫疾病具有关键的影响。但是目前尚没有针对pSS患者微生态特征的综合分析研究。近期温州医科大学吴金雨、中科院北京生命科学研究院赵方庆、中国农业大学王金锋与团队在Cell Reports上发表针对pSS患者微生态的最新工作，通过对133例pSS患者微生态分析发现其粪便、口腔和阴道菌群紊乱，且菌群变化可能先于pSS症状的出现。羟氯喹治疗可部分恢复菌群组成。这些研究成果为微生态与pSS的关系提供了科学依据。

人体菌群原发性干燥综合（pSS）研究论文医学研究以人为对象的临床试验

COVID-19

杨仕明+赵方庆+李忠俊：肠道菌群与新冠疫苗应答间的关联

肠道菌群及其代谢功能可能在新冠疫苗的免疫中发挥关键作用。近日，第三军医大学新桥医院杨仕明、李忠俊和中科院北京生命科学研究院的赵方庆团队联合发表在Cell Reports Medicine的一项最新研究表明，接种BBIBP-CorV疫苗伴随肠道菌群组成和相关功能特征的改变，该研究强调肠道菌群的功能和BBIBP-CorV疫苗应答之间的潜在联系，为进一步探索肠道菌群调控以提高COVID-19疫苗的疗效提供了证据。

COVID-19 疫苗应答肠道菌群短链脂肪酸（SCFA）

粪菌移植

赵方庆+张发明：提高FMT疗效，如何选择供-受体配对？

粪菌移植 enterotype Fecal microbiota transplantation Gut microbiota washed microbiota transplantation

减肥

赵方庆+魏泓GUT：抑食欲，调菌群！口服肽D3有效助减肥

超重和肥胖是人类健康的一大威胁，目前仍然缺乏有效的治疗手段。Gut最新发表了来自中科院北京生命科学研究院赵方庆和陆军军医大学魏泓与团队的研究，研发出一种用于减肥的小分子口服肽药物D3，在多种动物模型中均显示出很好的抗肥胖效果。他们进一步研究发现，D3通过抑制食欲以及增加肠道菌群中的嗜黏蛋白阿克曼菌（AKK菌）等机制，来发挥抗肥胖作用，并提示靶向从肠至脑的UGN-GUCY2C内分泌轴是抗肥胖治疗的潜在策略。总之，该研究为稀缺的口服减肥药提供了新的候选药物和研发思路，具有很强的临床转化前景。

减肥口服肽药物肥胖肠道菌群食欲调节

结直肠癌

王霞+赵方庆+刘倩：体外气液界面类器官培养模型再现亲本大肠癌特征

目前的肿瘤研究模型在研究瘤内功能异质性方面的应用尚存在局限。清华大学王霞、中科院北京生命科学研究院赵方庆、中国医学科学院肿瘤医院刘骞与团队，近期在Advanced Science发表研究，使用结直肠癌患者源性肿瘤细胞（PDCCs）联合气液界面（ALI）类器官培养建立体外2D和3D肿瘤研究模型，可有效再现亲本肿瘤特征。该研究为探索肿瘤细胞原有耐药和致瘤性的分子机制提供了有价值的平台和资源，并可为已有的耐药或高致瘤性克隆开发专门的治疗靶点。

结直肠癌研究论文基础研究患者源性肿瘤细胞 2D和3D模型

肠道菌群标志物

赵方庆等Nature子刊：拨开菌群大数据的迷雾，用NetMoss鉴定可靠的疾病标志物

肠道菌群作为疾病的“晴雨计”，是潜在的疾病标志物。然而，由于混杂因素（比如批次效应）以及基于丰度分析方法的局限性，不同研究之间难以鉴定出统一的疾病相关菌群标志物，这阻碍了菌群在疾病临床诊断和预后预测中的应用。为解决这一难题，中国科学院北京生命科学研究院的赵方庆团队，开发了一个基于生物学网络分析的新型工具——NetMoss，可以有效地解决以往微生物组数据整合中存在的批次效应问题，能极大提高对疾病相关肠菌标志物的识别能力。相关成果已在Nature Computational Science发表，强烈推荐专业人士关注！

肠道菌群标志物分析工具 colorectal cancer Data integration data mining

婴儿肠道菌群

赵方庆等GUT：对新生儿肠菌的影响，宫内环境＞遗传因素

胎儿生长受限（FGR）是造成围产儿死亡的一个重要原因，并可能对长期发育和健康造成影响。选择性FGR是指单绒毛膜双胞胎（共用一个胎盘的同卵双胞胎）体重不一致的现象（一个体重正常、一个体重轻），主要是由不良宫内环境因素导致的。因此，选择性FGR可用于研究与胎盘有关的生长障碍以及遗传和环境因素如何塑造新生儿肠道菌群等问题。中国科学院北京生命科学研究院赵方庆和王金锋与团队，与北京大学第三医院赵扬玉和魏瑗团队合作，在Gut发表最新研究，分析了150对双胞胎新生儿的粪便菌群和代谢组，发现宫内环境是塑造新生儿肠道菌群的一个关键驱动因素，其影响大于遗传。此外，选择性FGR中的新生儿肠道菌群失调和代谢物的变化，可能对之后的发育情况造成长期影响，提示肠道菌群和相关代谢物或能用于监测甚至改善FGR不良预后。

婴儿肠道菌群胎儿生长受限

菌群-肠-脑轴

赵方庆团队Nature子刊：促进自闭症的宿主-肠菌互作新机制

自闭症（ASD）与菌群-肠-脑轴的变化有关，但肠道菌群影响ASD大脑功能的潜在机制还有待阐释。Nature Communications最新发表了来自中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队的研究成果，在构建的Chd8+/-小鼠ASD模型中，探索了宿主-菌群的互作及其在ASD发病机理中的潜在作用，并表明补充特定的肠道共生菌能通过降低肠道的氨基酸转运功能，来改善小鼠的ASD样行为。这些发现为研发靶向肠道以改善自闭症的干预方法，提供了新依据。

菌群-肠-脑轴自闭症氨基酸转运

阴道菌群

赵方庆团队：揭秘中国女性阴道菌群结构与围产期事件的关联

对阴道微菌群及其变异性的全面分析能够准确描述女性的微生物组特征。然而，目前缺乏对中国女性的研究证据。基于此，本研究纳入454名女性，通过对比产前产后、不同分娩事件女性的阴道菌群结构，为揭示阴道菌群与女性生殖健康的关联提供了重要的证据支持。

阴道菌群研究论文孕妇早产胎膜早破

婴儿肠道菌群

王金锋+赵方庆：婴儿肠道菌群的肠型和演变模式

生命早期的肠道菌群伴随着婴儿的成长发育而不断演变和成熟，一般到3岁时趋于稳定变得类似成人。Genome Biology最新发表了中科院北京生命科学研究院王金锋、赵方庆与团队的研究成果，通过对全球近2000名婴儿的近1.4万个肠道菌群数据进行大规模的深入分析，揭示了婴儿的肠型划分及其转变的规律，对于研究生命早期的肠道菌群发育模式有重要参考价值。

婴儿肠道菌群肠型

RNA病毒测序

赵方庆+赵翔：开发高效捕获RNA病毒基因组的宏转录组建库测序新技术

该研究构建了宏转录组建库测序新技术Tn5-mediated RNA sequencing with rRNA Removal (TRIM)。鉴于病原鉴定要求很强的时效性，该技术基于Tn5转座子酶切割DNA/RNA杂化双链的新特性，大幅简化宏转录组建库流程，缩短建库时间，并通过增加去除人和细菌rRNA的步骤有效提高RNA病毒检测的灵敏度,其是一种快速、价廉，对RNA病毒更敏感的宏转录组测序建库方法，适用于临床上对SARS-CoV-2共感染的研究，并可用于帮助发现和鉴定未知病原。

RNA病毒测序反转录 TRIM SARS-CoV-2 宏转录组

自闭症谱系障碍（ASD）

赵方庆团队：菌群-肠-脑轴与自闭症的研究进展（综述）

自闭症谱系障碍 (autistic spectrum disorder, ASD) 是一类以刻板行为和社交障碍为特征的神经发育疾病，严重影响患者的生活质量并带来严重社会问题。在相当长的一段时间里，人们认为ASD是单纯的脑发育异常。 2021年7月19日，JGG 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员团队题为“Microbiota-gut-brain axis in ASD”的综述论文，该综述从神经、免疫及代谢等方面介绍了肠道菌群在自闭症谱系障碍中调节神经发育的最新进展。描述了肠道菌群与大脑交流的复杂而关键的途径，即菌群-肠-脑轴，并总结了在 ASD 中介导肠道菌群与大脑相互交流的具体途径。其为临床上对ASD病人进行肠道菌群干预提供更详实的理论依据与科学指导。

自闭症谱系障碍（ASD）肠道菌群神经发育黏膜免疫系统代谢物通路

生殖道菌群

赵方庆+王金锋：阴道菌群移位可影响子宫健康

阴道和子宫的菌群在女性生殖系统健康中有重要作用，但二者之间的相互作用及其对子宫健康的影响仍不清楚。Nature Communications最新发表了中科院北京生命科学研究院赵方庆、王金锋与研究团队的文章，首次揭示了阴道和子宫菌群的共变特性，揭示了阴道菌群移位可对子宫菌群和子宫健康造成影响，提示靶向阴道菌群或能用于改善子宫健康。

生殖道菌群阴道菌群子宫菌群子宫内膜炎

母婴菌群

张和平团队：胎粪菌群或主要源于羊水菌群

内蒙古农业大学张和平团队在Gut Microbes上发表文章，通过分析39对母婴的首次胎粪和母体样本（羊水、粪便、阴道液体和唾液）微生物群探讨新生儿胎粪微生物群的母体来源，发现胎粪微生物来自多个部位，但主要来源于羊水菌群。

母婴菌群 Meconium amniotic fluid vaginal fluid In utero colonization

口腔菌群

赵方庆团队：洗牙后口腔菌群的变化和重建

洗牙是常用的牙菌斑清理手段，《Gut》上周发表了来自中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队的最新研究，对洗牙前后的唾液和牙菌斑菌群进行纵向分析，细致地揭示了牙菌斑生物膜从解构到重建过程中的菌群动态变化和长期稳定性，以及其中的关键时间点和阶段，并表明与剧烈波动的牙菌斑菌群相比，唾液菌群保持相对稳定。这些发现对于开发用口腔菌群作为疾病标志物，很有参考意义，提示取样时间和位置的重要性。

口腔菌群牙菌斑菌群唾液菌群口腔生物膜菌群重建

生物信息学工具

中国科学院微生物所：全球化的微生物组数据存储和分析平台

中科院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队日前在 NAR 上发布了“中国制造”的菌群数据存储和标准化分析平台：gcMeta。该平台是一个微生物基因组及微生物组数据的管理、分析和发布平台，为国内外用户提供一站式的从数据存储、数据分析到数据发布的服务，目前已经整合了来自中国科学院微生物组计划及国内外多个重要项目的数据。该平台的发布将有效支撑我国微生物组研究并为未来我国国家微生物组计划的实施提供重要的支持。

生物信息学工具菌群分析平台中国

妊娠期糖尿病

赵方庆等：孕期健康可塑造新生儿的初始菌群

中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队主导的一项研究，近期在Gut[IF：16.658]发表。该研究分析了1000多份来自近500名产妇及新生儿不同身体部位的菌群组成，表明菌群的代际传递应起始于怀孕期。该研究还发现了与妊娠期糖尿病（GDM）相关的产妇及新生儿菌群失调，说明孕期健康可能是塑造新生儿菌群的重要因素。他们还鉴定出与糖耐结果有强相关性的细菌类群，或可作为生物标志物用于无创GDM诊断。

妊娠期糖尿病新生儿菌群妊娠期糖尿病菌群纵向传播新生儿菌群

生物信息学

赵方庆等：菌群研究新策略——单细胞宏基因组学（综述）

Protein & Cell中国肠道大会专刊发布中科院赵方庆团队的综述，回顾并讨论了单细胞基因组学和宏基因组学联用的技术手段和分析方法，也讨论了目前存在的挑战。两种技术联用，可以有效规避原有菌群研究方法的局限性，具有可观的运用前景，值得专业人士关注。

生物信息学单细胞基因组学宏基因组学 Bioinformatics metagenomics

Fecal transplant

蔡军+朱宝利+杨新春等：肠道菌群失衡促进高血压

蔡军+朱宝利+杨新春等团队合作的关于肠道菌群促进高血压发展的重要研究，强烈推荐阅读。

Fecal transplant Gut microbiota Hypertension Metabolism Pre-hypertension

基因组组装

赵方庆团队：突破宏基因组组装难题的新方法MetaSort

中科院北京生科院的赵方庆老师和团队开发的宏基因组组装新方法，突破了之前组装方法难题，再次强烈推荐阅读！

MetaSort 基因组组装迷你宏基因组海藻菌群 Aaron A Best

基因组组装

赵方庆团队：针对细菌基因组重复区域拼接问题的新算法

基因组组装重复序列新算法 Katarzyna Zaremba-Niedzwiedzka Eva F Caceres

Gene prediction

赵方庆团队：无需参考基因组而直接识别基因的新算法

中科院北京生科院赵方庆老师和团队关于基因构建的方法学文献，很值得一读。

Gene prediction phylogenomics Transcriptome de Bruijn graph Giovanni Cammarota

高原牦牛

Current Biology：动物瘤胃微生物如何适应高海拔？

中科院昆明动物研究所施鹏研究员领导的团队，和中科院北京生命科学研究院的赵方庆研究员团队以及兰州大学龙瑞军教授的团队最新合作研究，发现了动物适应高原极端环境过程中宿主和微生物组的协同进化，是中国研究者近期的高水平研究论文之一。

高原牦牛藏绵羊黄牛普通绵羊高海拔

16s rRNA测序

赵方庆团队：有效关联物种谱和功能基因谱的新方法

中科院北京生科院赵方庆老师和团队关于将16S rRNA扩增子参数链接到宏基因组的新方法的研究，虽然热心肠先生和小伙伴都不是很看得懂，但懂的人看了想必很兴奋的。

16s rRNA测序 RiboFR-Seq 宏基因组组装拷贝数扩增子

噬菌体

赵方庆团队：噬菌体与细菌在人体口腔如何相互作用？

中科院北京生科院赵方庆老师和团队在2015年对噬菌体与细菌在人体口腔中相互作用的研究，特别推荐给大家。

噬菌体噬菌体-细菌相互作用交叉侵染噬菌体口腔菌群 Wendy S Garrett