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文章数：6篇

国内团队：宏蛋白质组数据分析利器—metaSpectraST

目前，研究人员大多采用宏基因组学的方法对菌群进行研究，但其只能提供菌群的物种信息和由基因序列推测的潜在生物学功能，并不能准确地反映出菌群的实时功能变化。而宏蛋白质组学可通过分析鉴定菌群内所有微生物产生的蛋白来获取菌群的物种和生物学功能信息。近日，香港科技大学Henry Lam和香港城市大学Patrick K. H. Lee与团队在Microbiome发表最新研究，开发了一种基于无监督聚类的非数据库依赖型宏蛋白质组学质谱数据分析方法metaSpectraST（https://github.com/bravokid47/metaSpectraST），实测性能较好，值得关注。

宏蛋白组 metaSpectraST 研究论文基础研究无监督聚类

Nature：胰腺真菌群是否存在？是否促癌？

2019年Deepak Saxena和George Miller通过对胰腺癌真菌微生物组分析发现，马拉色菌属通过mannose-binding lectin介导补体信号促胰腺癌发生发展。文章发表后，杜克大学Peter J. Allen团队提出了质疑。近日，Nature的matterss arising栏目Deepak Saxena团队做出了回应，通过方法论的辩护以及提供新的验证结果，反驳了质疑文章的主要观点，并继续坚持真菌在胰腺癌发生中起重要作用的主张，值得关注。

肿瘤菌群胰腺癌其他基础研究分析工具

Nature子刊：分析人类肠道噬菌体的新工具Phanta

由于技术限制，大多数肠道微生物组的研究都集中在原核生物上，而忽略了病毒。近日，美国斯坦福大学研究人员在Nature Biotechnology发表最新研究，使用定制的基于k-mer分类工具并结合最近发布的肠道病毒基因组目录，开发了用于分析人类肠道噬菌体的新工具Phanta，在模拟和真实数据中性能表现良好，值得测试和关注。

噬菌体 Phanta 研究论文基础研究分析工具

菌群-免疫互作

Cell子刊：慢性疾病中的菌群分子与免疫通路的互作

人类肠道微生物组与健康和疾病有着错综复杂的联系。微生物衍生的分子与许多涉及炎症的慢性疾病有关。Cell Host and Microbe发表的这篇Snapshot，总结了免疫原性的菌群分子的多样性和复杂性，并将其命名为“暴露生物组”（expobiome）。作者认为，暴露生物组与人类免疫途径之间的相互作用可以为多种慢性疾病提供新的机制假说。通过整合现有数据，作者构建了一个在线工具——暴露生物组图谱Expobiome Map（https://expobiome.lcsb.uni.lu/），可供专业人士探索菌群-免疫互作在慢性疾病中的潜在作用。

菌群-免疫互作菌群代谢物与衍生物慢性疾病分析工具

肠道菌群标志物

赵方庆等Nature子刊：拨开菌群大数据的迷雾，用NetMoss鉴定可靠的疾病标志物

肠道菌群作为疾病的“晴雨计”，是潜在的疾病标志物。然而，由于混杂因素（比如批次效应）以及基于丰度分析方法的局限性，不同研究之间难以鉴定出统一的疾病相关菌群标志物，这阻碍了菌群在疾病临床诊断和预后预测中的应用。为解决这一难题，中国科学院北京生命科学研究院的赵方庆团队，开发了一个基于生物学网络分析的新型工具——NetMoss，可以有效地解决以往微生物组数据整合中存在的批次效应问题，能极大提高对疾病相关肠菌标志物的识别能力。相关成果已在Nature Computational Science发表，强烈推荐专业人士关注！

肠道菌群标志物分析工具 colorectal cancer Data integration data mining

生物信息学工具在食品菌群研究中的应用综述

在这篇综述中，作者试图总结了关于下一代测序和其他生物信息学方法对食品菌群影响的最新发现，并使用预测软件来了解微生物在生产发酵食品中的关键作用。该综述描述了基于对接研究的预测的多种功能以及基因组和代谢组学分析的相关性，以发展趋势以了解潜在的食物菌群相互作用和相关产品成为健康饮食的一部分。

菌群食品发酵技术分析工具