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Data integration
文章数:2篇
肠道菌群标志物
赵方庆等Nature子刊:拨开菌群大数据的迷雾,用NetMoss鉴定可靠的疾病标志物
肠道菌群作为疾病的“晴雨计”,是潜在的疾病标志物。然而,由于混杂因素(比如批次效应)以及基于丰度分析方法的局限性,不同研究之间难以鉴定出统一的疾病相关菌群标志物,这阻碍了菌群在疾病临床诊断和预后预测中的应用。为解决这一难题,中国科学院北京生命科学研究院的赵方庆团队,开发了一个基于生物学网络分析的新型工具——NetMoss,可以有效地解决以往微生物组数据整合中存在的批次效应问题,能极大提高对疾病相关肠菌标志物的识别能力。相关成果已在Nature Computational Science发表,强烈推荐专业人士关注!
肠道菌群标志物
分析工具
colorectal cancer
Data integration
data mining
肠道菌群多样性
Nature子刊:血液代谢组可预测人肠道菌群多样性
肠道菌群α多样性的降低与多种疾病相关,Nature Biotechnology发表的一项最新研究,在一个近400人的队列中分析了约1000种血液检测物(包括临床化验项目、蛋白质组和代谢组)与肠道菌群α多样性的关系,发现40种血液代谢物可预测肠道菌群的α多样性,且预测的多样性指数可反映与腹痛、便秘、腹泻和抗生素使用等宿主健康相关的菌群多样性变化。这些发现不仅揭示出肠道菌群组成与宿主代谢组之间密切的内部关联,也提示可以用血液检测来监控肠道菌群健康。
肠道菌群多样性
Biomarkers
Microbial communities
Data integration
machine learning