Microbial communities

搜索
登录

Microbial communities

文章数：13篇

微生物群落中高维模式识别的新方法

微生物群落内部复杂的多维相互作用模式的识别是理解、调节和设计有益微生物组的关键。由于微生物群落成员常常同时参与多种关系，因此并不是所有这些微生物的交互模式都有望呈现出视觉上不间断的模式。因而，传统的相关性、交互信息、主坐标分析或基于协变的网络推理方法都无法检测到这种关系。本文提出了一种新的特定模式的方法来量化强度并估计两种生物丰度分布之间的二维共存、互斥和单向关系模式的统计显著性，并扩展此方法以允许搜索和可视化三维、四维和更高维的模式。使用人类微生物组计划中的2380个微生物组样本对提出的方法进行了测试，结果产生了具有统计学意义的二维模式的特定于身体部位的网络，并揭示了人类微生物组计划数据中存在三维模式。

微生物组多维布尔模式微生物群落共排斥共存

哈佛Huttenhower组综述菌群的株水平研究

本文是宏基因组菌株研究系列软件开发团队、iHMP项目数据整合分析负责人Huttenhower课题组撰写的综述，回顾了菌株的操作定义（例如遗传和结构变异），使用不同的高通量技术（通常为不依赖于培养的技术）从微生物群落中鉴定出菌株。作者总结了菌株在人体的分布和多样性，以及它们与健康维护、疾病风险和进展的新联系，以及对饮食或药物等扰动的生化反应。文中列出了利用高通量测序以及其他分子和“培养组学”技术鉴定，定量和追踪菌株的方法，最后作者讨论了人口群体水平中实验研究缺乏的现状，以及更好地了解菌株对人类微生物组健康影响方面的意义。

16s 微生物菌株微生物群落微生物组宏基因组学

微生物生态学

Nature子刊：用宏观生态动力学表征肠道菌群

肠道菌群是一种动态的生态系统，但我们目前对控制微生物动力学的生物学过程仍然知之甚少。Nature Microbiology近期发表的一项研究，利用宏观生态学方法分析人和鼠的肠道菌群时序数据，表明如同其他的宏观生态系统一样，肠道菌群的动态也可以通过多种定量关系来表征，并利用观察到的宏观生态关系鉴定了受环境变化影响的特定细菌类群。

微生物生态学 Microbial communities Ecological modelling microbial ecology 生态建模

新证据：阴道菌群如何影响早产？

本研究具有丰富的分析内容，完美地讲述了一个故事：孕妇阴道菌群分型的不同，通过改变各种蛋白酶活性和含量，从而影响宫颈长度，而宫颈长度过短是引起早产的重要危险因素。该研究认为，通过检测阴道分泌物中TIMP1和D-乳酸水平，或是一种预测早产风险的快速、无创的方法！

阴道菌群生物标志物 Lactobacillus TIMP-1 cervical length

人肠道菌群

Nature子刊：人体肠道菌群研究再添重要资源

肠道菌群研究的下个阶段，将在菌株水平分析肠道菌对宿主健康的作用机制。Nature Medicine发表的最新研究，介绍了一个大型的人肠道菌群资源库BIO-ML，不仅包含近8000个肠道菌分离株和3600多个菌株的基因组序列，还包括80多人的多组学纵向数据，为研究肠道菌群动态和机制再添有力资源。

人肠道菌群 Microbial communities Genetics Genome genomics

肠道菌群多样性

Nature子刊：血液代谢组可预测人肠道菌群多样性

肠道菌群α多样性的降低与多种疾病相关，Nature Biotechnology发表的一项最新研究，在一个近400人的队列中分析了约1000种血液检测物（包括临床化验项目、蛋白质组和代谢组）与肠道菌群α多样性的关系，发现40种血液代谢物可预测肠道菌群的α多样性，且预测的多样性指数可反映与腹痛、便秘、腹泻和抗生素使用等宿主健康相关的菌群多样性变化。这些发现不仅揭示出肠道菌群组成与宿主代谢组之间密切的内部关联，也提示可以用血液检测来监控肠道菌群健康。

肠道菌群多样性 Biomarkers Microbial communities Data integration machine learning

如何高效筛选目标菌群

有效调控菌群结构和功能对于筛选目标菌株、进行有效的微生态调控具有重要价值。《Microbiome》近期发表研究，通过观察几丁质筛选条件下的菌群动态变化，发现在进行目标微生物筛选过程中，菌群传代时间间隔影响筛选效率。该结果对于研究菌群动态变化、开发高效菌株筛选和微生态干预手段具有参考价值。

菌群动态菌群干预 Artificial microbiome selection Chitin degradation Ecological succession

植物系统生物学

MP综述：植物-微生物互作的系统生物学

尽管本综述已经对植物-微生物互作的系统生物学进行了详实的阐释，但同时仍有许多疑问未能解决。为了解释基因的、微生物的、及代谢之间的相互作用，包括介导微生物-宿主相互作用的信号事件复杂的关系，我们需要综合定量系统生物学方法，虽然Castrillo等人(2017)揭示了植物营养应激反应、免疫系统功能和微生物组装配之间的联系，但可能只是冰山一角，许多令人兴奋的机制仍有待发现，在这篇综述中，我们关注的是细菌间的相互作用以及小范围内丝状真核生物与宿主间的相互作用。本综述在进行大量前沿性工作总结的同时也提出了很多疑问：是什么决定了特殊的微生物-宿主互作的结果；植物的免疫系统是如何区分开致病菌及有益菌并对抗前者促进后者的；关于有益菌群与内共生菌在促进或中和有益效果方面的相互作用如何；微生物释放的根际信号是如何被植物共同解释的以及不同分子对植物生长和抗逆性的协同或拮抗作用有多大；植物如何将对微生物的识别与营养相关的信号结合起来；如何通过植物识别和信息处理系统来实现有益菌和病原菌的区分，这将是未来十年植物系统生物学的一个个关键问题。相信带着疑问去阅读会带来更深刻的理解，同时了解前沿的研究方向。

植物系统生物学 plant systems biology plant microbiome Microbial communities SynComs

Nature子刊：跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物

不少研究报道了肠道菌群与结直肠癌（CRC）之间的密切关系，但在不同队列和人群之间是否存在通用的菌群诊断标志物，仍需进一步探究。《Nature Medicine》刚刚上线的一项研究，对涉及5个国家人群的已报道的队列和意大利的2个新队列的粪便宏基因组数据集，进行了荟萃分析，鉴定出在不同人群间共通的CRC相关肠道菌群组成和功能特征，构建了含16个物种的CRC疾病预测模型，并在两个额外的队列数据中得到验证。该研究再次证实了，不同人群中的CRC菌群特征存在异质性，但综合分析多个队列获得的菌群标志物，能提高诊断准确性。这些发现对于用菌群标志物进行疾病诊断，以及研究菌群成员在CRC中的潜在作用，均有参考价值。

结直肠癌肠道菌群 Cancer genomics colorectal cancer Microbial communities

宿主-微生物互作

Future Microbiol：世世代代离不开微生物的高等生物！

这是一篇只有4页的小文章，却写得很深入也很生动，对人类认识微生物与宿主重要关系的历史做了清晰描述，对微生物对宿主的重要基础性作用做了深入阐述，很值得一读。特别推荐。

宿主-微生物互作 host-pathogen human health Microbial communities Microbiome

EM：原生生物影响植物叶菌群的组成与功能

这是关于尾滴虫（一种原生生物）如何影响植物叶相关菌群的研究，推荐关注植物菌群的专业人士阅读。

尾滴虫叶相关菌群原生生物 bacteria functional diversity

EM：个体差异决定了人体肠道菌群在小麦麸上的定殖结果

① 未消化的、不溶性膳食颗粒是肠道菌群的食物来源，同时为其提供黏附场所；② 分析人粪便菌群在小麦麸及菊粉颗粒上的定殖情况；③ 两种颗粒上菌群组成情况很大程度上依赖粪菌捐赠者；④ 因捐赠者不同，发酵后产生比例较高的丙酸或丁酸；⑤ 麦麸颗粒上定殖了丰富的C.cluster XIVa、普氏菌、罗斯氏菌、巨单胞菌、双歧杆菌和拟杆菌属；⑥ 菌属中有些为小麦麸的主要分解者，有些依靠交叉喂养获得能量；⑦ 所有捐赠者都有以上两种功能菌群。

小麦麸 adhesion bacteria microbe:microbe interactions microbes and surfaces

SBB：森林微生态学（综述）

我们研究和探讨肠道微生态学，有很多会参考森林的动植物所组成的生态系统，其实森林里的微生物更为丰富，它们形成的生态系统也非常复杂，这篇文章，系统性介绍森林微生态学，感兴趣的可以看看。

Forest soil Microbial communities Tree species Soil properties Microbial interactions