16s

植物根系与微生物建立共生关系是长期共进化的过程，然而自然土壤中丛枝菌根(AM)真菌与根瘤共生之间的关系我们仍知之甚少，该研究通过绝对定量16S rRNA基因测序进行菌群分析，探究了这些不同的共生如何影响蒺藜苜蓿根际及根内的细菌群落。该研究表明，豆科植物与根瘤菌共生关系的建立是植物-根瘤菌-环境三者相互作用的结果，AM真菌庞大的菌丝网络在给植物提供营养的同时，也帮助植物根系富集根瘤菌，促进豆科植物与根瘤菌的共生。该研究从根际层面揭示了丛枝菌根共生与根瘤共生在植物适应陆地环境过程中的协同进化。

丛枝菌根根瘤菌共生根际菌群定量菌群分析

16s

哈佛Huttenhower组综述菌群的株水平研究

本文是宏基因组菌株研究系列软件开发团队、iHMP项目数据整合分析负责人Huttenhower课题组撰写的综述，回顾了菌株的操作定义（例如遗传和结构变异），使用不同的高通量技术（通常为不依赖于培养的技术）从微生物群落中鉴定出菌株。作者总结了菌株在人体的分布和多样性，以及它们与健康维护、疾病风险和进展的新联系，以及对饮食或药物等扰动的生化反应。文中列出了利用高通量测序以及其他分子和“培养组学”技术鉴定，定量和追踪菌株的方法，最后作者讨论了人口群体水平中实验研究缺乏的现状，以及更好地了解菌株对人类微生物组健康影响方面的意义。

16s 微生物菌株微生物群落微生物组宏基因组学

微生物组组成

下呼吸道菌群组成与不同肺病的关系

慢性过敏性肺炎（CHP）是一种反复暴露于吸入性抗原并对其过敏后出现的疾病。研究表明，肺部微生物与呼吸系统疾病有关。但迄今为止，还没有关于CHP患者肺部微生物群落组成的研究。发表在American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine上的一项研究比较了CHP患者和特发性肺纤维化（IPF）患者的下呼吸道的微生物群落组成，表明肺部微生物群落失调或与纤维性肺病有关。

微生物组组成呼吸道疾病 16s Fibrosis lung microbiota

尿道微生物组

Cell子刊：宿主遗传和环境影响大龄女性的尿道菌群

尿道菌群随性别而变化，且在老年人群中与发病率有关。Cell Host and Microbe近期发表的文章，对1600位45岁以上女性双胞胎进行尿道菌群分析，发现尿道菌群具有独特组成，且宿主遗传和宿主环境影响尿道菌群组成。

尿道微生物组 Microbiome Genetics urogenital tract Ageing

IBD

Cell子刊：全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析，鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化，并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。

IBD Virome Phageome INFLAMMATORY BOWEL DISEASE IBD

肠-皮肤轴

紫外线可调节人肠道菌群组成，促进维生素D合成

肠道菌群在人类健康中扮演着越来越重要的角色。因此，许多研究集中在影响其微生物结构和功能的因素上，如饮食、年龄、性别、生活阶段、行为、种族、疾病等，并发现了它们之间强有力的联系。然而，关于微生物组影响因素的某些方面仍有待于探索。发表在《Frontiers in Microbiology》上的一项研究显示，皮肤暴露在窄波紫外线下可调节维生素D缺乏人群的肠道菌群，并促进维生素D的前体25-羟基维生素D合成。该研究表明，与阳光照射有关的人类生活方式应被视为调节肠道菌群的一种因素，指出了一种新的健康和疾病相关的皮肤-肠轴的存在。

肠-皮肤轴 16s UVB light diversity Microbiome

菌群-宿主共进化

遗传背景和环境因素，哪个对共生菌群影响更大？

肠道菌群的形成受遗传背景和饮食等环境因素影响。《Ecology Letters》近期发表一项研究，比较种属差异和环境因素对多个栖息地的小型哺乳动物（小鼠、田鼠、鼩）菌群的影响，发现相对于饮食因素，种属差异决定了共生菌群结构。该结果对研究菌群-宿主共进化具有重要参考价值。

菌群-宿主共进化 16s bacteroidales Codiversification community

甘露糖

Cell子刊：甘露糖改善小鼠肠道菌群并抑制肥胖

来自Cell Reports上发表的一项最新研究，发现生命早期补充甘露糖可抑制高脂饮食诱导的小鼠肥胖，但在小鼠肥胖发生后再补充甘露糖则无此效果。甘露糖可能是通过改善小鼠的肠道菌群，降低小鼠对能量的摄取，从而达到抑制肥胖的作用。

mannose high-fat diet Obesity gut microbiome RNA-seq

口腔菌群

口腔菌群的建立有何特点

人体口腔菌群的建立是怎样的过程？Microbiome近期发表研究，分析了约200名儿童及部分儿童母亲的口腔多个部位菌群组成，表明口腔菌群定殖存在两个关键期：出牙前和乳牙萌出。口腔菌群的最初建立受母亲菌群的影响，随乳牙萌出菌群发育开始变得个体化，但只限于菌群组成，菌群功能则在个体间高度相似。

口腔菌群菌群定殖 16s Acquisition bacteria

宿主-菌群互作

AJRCCM：高度多样化的肺部菌群

肺部菌群易受环境影响、个体差异显著，但炎症细胞因子数量与肺部菌群的相关性在健康老鼠中就可以被检测到，并且炎症因子与肺部菌群的相关性高于肠道菌群。这一系列结果表明肺部菌群是研究宿主-菌群联系的一个潜在突破口，同时也指出了供应商差异、运输条件及分笼等环境因素对菌群的影响，对科学设计实验具有很强的借鉴作用，值得专业人士参考。

宿主-菌群互作天然免疫肺部菌群 16s Host-microbiome interactions

慢性阻塞性肺病（COPD）

Microbiome：慢性阻塞性肺病患者的肺部菌群

这是Microbiome[IF：8.496]发表的轻中度慢性阻塞性肺病患者的肺部菌群研究，推荐专业人士重点关注。

慢性阻塞性肺病（COPD）链球菌呼吸道菌群肺部菌群 Emigration and immigration

临床宏基因组学

BMCB：在临床诊断中快速鉴定病原体的新方法

这是中国疾控中心团队在BMC Bioinformatics[IF：2.448]发表16S测序数据分析新方法16SPIP的文章，推荐专业人士阅读。

临床宏基因组学 16s 16SPIP Comprehensive analysis pipeline high-throughput sequencing

肺部菌群

Microbiome：羔羊的肺部菌群与上呼吸消化道菌群

这是一项针对羔羊的肺部、呼吸道菌群比较研究，值得专业人士关注阅读。

肺部菌群口咽瘤胃羊上呼吸消化道

皮肤菌群

Microbiome：影响狗狗皮肤菌群的因素

这是一项针对狗的皮肤菌群的研究，纳入35只狗，进行全方位的皮肤菌群测序分析，发表在Microbiome，值得关注。

皮肤菌群狗 16s Canine Dog

寄生疫霉

Microbiome：番茄根际菌群与寄生疫霉相关性疾病

如果你关注农业种植领域的菌群，这篇文章必须读一读。

寄生疫霉根际菌群 Oomycete biofilm Host plant

16s

Respiratory Research：特发急性加重纤维化肺病中的菌群

特发急性加重纤维化肺病(AE-IPF)是原因不明的呼吸衰竭的重要临床事件，在病症中呼吸道菌群会有怎样的变化？这篇文献值得一读。

16s Acute exacerbation BACTERIAL INFECTION Idiopathic pulmonary fibrosis Weiwei Fan

宏基因组

最新入门扫盲：到底怎样用测序来鉴定肠道菌群

① 16S rRNA基因扩增及shotgun宏基因组为2种主要的微生物组分析方法； ② 16S适合巨大样本量的分析； ③ shotgun宏基因组虽更贵，但提供了更高的分辨率，且能够提供更准确的分类学及功能分析结果； ④ shotgun宏基因组还能同时分析古细菌、真菌、病毒等物种。

16s shotgun 宏基因组肠道菌群