共生

进化成瘾有时也被称为进化依赖，它可能发生在任何宿主系统中，从人类肠道到植物根系，再到寄生其他微生物的微生物。近日，加州大学欧文分校研究人员在Trends in Microbiology发表最新观点，在某些情况下，微生物实际上可能并没有帮助它们的宿主；相反，没有微生物的宿主可能会因为对微生物上瘾而出现功能障碍。在这种情况下，宿主依赖微生物来发挥功能，但微生物实际上并没有提供任何益处作为回报。

进化依赖微生物观点基础研究共生

压力

Cell子刊：压力造成的衰老还可“养”回来？

越来越多证据表明疾病、药物治疗、生活方式改变和环境暴露等因素会影响生物年龄。尽管先前报告曾暗示生物年龄可能存在短期波动，但在整个生命过程中生物年龄是否能够发生可逆变化以及触发这种变化的事件仍然未知。近日，美国杜克大学医学院研究人员在Cell Metabolism发表最新研究，发现人类和小鼠的生物年龄在应对各种压力时会迅速增加，但在压力恢复后可逆转。此外，通过使用多个独立的表观遗传衰老时钟发现，这些变化会在几天或几个月相对较短的时间内发生，值得关注。

压力衰老研究论文基础研究共生

马拉色菌

一文读懂马拉色菌与皮肤的多重关系（综述）

马拉色菌（Malassezia）指的是一组属于担子菌门的真菌，约90%的成人皮肤有马拉色菌定植，马拉色菌通常不致病，但在适当的条件下也可能侵入角质层并引发皮肤病。近日，发表在Annual Review of Microbiology的综述重点论述了马拉色菌与皮肤的多重关系。马拉色菌现含有18个物种，随着对马拉色菌和皮肤间互作的深入研究，发现马拉色菌很可能在皮肤动态平衡中扮演多种角色。根据菌株和宿主的不同，马拉色菌可以是致病菌（如花斑癣、脂溢性皮炎），也可是共生（存在几乎所有健康人的皮肤）、互惠体（马拉色菌等真菌生物群对耳念珠菌入侵有抑制作用）。总之，该研究为进一步了解马拉色菌和皮肤间的关系提供了新的指导和见解，值得关注。

马拉色菌皮肤综述基础研究真菌

共生

Nature Reviews：动物-细菌共生研究，如何应对全球化挑战？（评论）

人类依赖于宿主-微生物共生关系及其形成的生态系统来提供各种服务，包括食物和健康。Nature Reviews Microbiology发表的评论指出在快速全球化的背景下，研究共生关系的重要性，以及如何从宏观层面通过掌握动物-细菌互作，应对挑战，促进可持续发展。

共生微生物生态学其他

菌群-宿主互作

从微生物的角度看微生物-宿主关联的演化（观点）

微生物群与宿主的关联在自然界中无处不在，人们常常用以宿主为中心的视角来研究这些共生关系。Trends in Microbiology发表的这篇观点文章则提出，应从微生物的角度来微生物-宿主关联，微生物在宿主和环境间切换的双相生命周期很可能塑造了微生物-宿主关联的起源，微生物在其整个生命周期中的综合适性可能是驱动共生的一个关键。

菌群-宿主互作共生

丛枝菌根

国人团队揭示丛枝菌根共生与根瘤共生的协同进化机制

植物根系与微生物建立共生关系是长期共进化的过程，然而自然土壤中丛枝菌根(AM)真菌与根瘤共生之间的关系我们仍知之甚少，该研究通过绝对定量16S rRNA基因测序进行菌群分析，探究了这些不同的共生如何影响蒺藜苜蓿根际及根内的细菌群落。该研究表明，豆科植物与根瘤菌共生关系的建立是植物-根瘤菌-环境三者相互作用的结果，AM真菌庞大的菌丝网络在给植物提供营养的同时，也帮助植物根系富集根瘤菌，促进豆科植物与根瘤菌的共生。该研究从根际层面揭示了丛枝菌根共生与根瘤共生在植物适应陆地环境过程中的协同进化。

丛枝菌根根瘤菌共生根际菌群定量菌群分析

共生

共生菌通过非编码小RNA促进与宿主的共生

夏威夷短尾鱿鱼是一种能发光的生物，但这一功能依赖于其发光器官中定植的一种共生细菌——费氏弧菌。PLoS Biology近期发表的一项研究揭示了介导二者稳定共生关系的一种机制：费氏弧菌通过表达并释放一种非编码的小RNA，来调节宿主反应，促进二者的稳定共生。

共生鱿鱼费氏弧菌小RNA

人体肠道微生物

探究人体肠道细菌和古菌共生的代谢基础

人类肠道微生物的组成非常复杂，其中大部分是细菌，还有一部分古菌。细菌Christensenellaceae（克里斯滕森菌科）和古菌Methabacteriaceae（甲烷短杆菌科）在人类肠道中广泛存在。这两个科的物种间相互作用以及它们对人体健康的影响尚不明确。《mBio》上发表的一项研究发现，由细菌C. minuta（小克里斯滕森菌）产生的氢气可作为古菌M. smithii（史氏甲烷短杆菌）产甲烷的底物，从而实现二者在肠道内的共生，且这种氢气的种间传递广泛存在于在低BMI人群中丰度较高的克里斯滕森菌科和甲烷短杆菌科之间，表明二者的肠道内共生可能对人体有一定健康作用。

人体肠道微生物共生 Human gut methanogens Microbiome

共生

Nature子刊：细菌、农作物与蜂类之间的互惠共生

微生物在昆虫与植物的交互中可能有重要作用，Nature Communications近期发表的一项研究，探究了植物及其共生微生物如何共同抵抗灰葡萄孢菌。他们发现，球孢链霉菌SP6C4遍布草莓植株内，包括花粉中也存在这个菌。这个菌不仅能帮草莓抵御灰葡萄孢菌感染，还能帮采食的蜜蜂抵抗病原体，而蜜蜂反过来又能将这个菌传播到其它植株上，从而形成一个完整的细菌、植物和蜂类之间的三方互惠共生关系。

共生草莓蜜蜂链霉菌属 Amanda Hazel Dilmore

噬菌体

Cell子刊：噬菌体帮助细菌与宿主共生

有时候，被噬菌体感染，对于细菌来说是件好事，Cell Host and Microbe本期的封面文章就报道了这样一个例子。该研究分析了海绵的病毒组构成，发现其中的大量噬菌体可编码一种锚蛋白，感染细菌后经细菌表达，能减弱海绵宿主的抗细菌免疫，从而促进细菌与宿主共生。这类噬菌体不仅存在于海绵病毒组中，也存在于人体病毒组中。这些发现揭示了噬菌体在共生细菌与宿主互作中的新作用机制。

噬菌体共生海绵先天免疫免疫逃避

共生

连接土壤、植物和昆虫的微生物桥梁（综述）

Trends in Ecology and Ecolution近期发表的综述，对菌群在土壤、植物和昆虫生态系统中的作用进行了总结，值得关注。

共生 ecological interactions Microbiome plant and soil insect pollinators

共生

Science：海洋中一种有趣的三方共生关系

海洋生物中，基于毒素的化学防御是常见的自我保护策略，然而这些毒素的来源却不总是生物自身。《Science》近期发表的一项有意思的研究，鉴定出羽藻及其捕食者海蛞蝓共同使用的防御毒素kahalalide F（KF）的来源——在羽藻细胞内共生的一种特殊细菌cEK。这种细菌作为KF的生产工厂，其基因组严重“缩水”，却通过独特的进化方式能以绕过中心法则的方法合成多种KF多肽，这些KF不仅被羽藻利用，还被吃羽藻的海蛞蝓利用进行防卫，从而形成一种三方共生关系。

共生海洋生物共生

寄生虫

寄生虫与菌群的关系

我们越来越关注胃肠道寄生虫与宿主肠道中的菌群之间的复杂相互作用。但关于寄生虫菌群的结构和功能知之甚少。本文探讨了寄生虫与菌群之间的相互作用，深入了解二者关系会增强寄生虫生物学和生理学的当前知识，并发现针对寄生虫和寄生虫病的全新干预措施。

寄生虫共生菌群

菌群定植

IgA在肠道共生菌的定植中起关键作用（评论）

共生菌如何在宿主肠道内定植？Science近期发表的研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1043206361）显示，宿主分泌的抗体IgA可促进脆弱拟杆菌的肠内定植。Current Biology近期刊发评论解读文章，配图是精华，值得看看。

菌群定植菌群-宿主互作脆弱拟杆菌免疫球蛋白A 共生

免疫球蛋白A（IgA）

IgA促进菌群内部互作共生和肠道稳态

Journal of Experimental Medicine上的一项最新研究，揭示了IgA调节肠道菌群组成和功能的一种机制，鉴定出其中的关键细菌基因系统MAFF，并证明IgA-MAFF轴不仅促进拟杆菌在肠粘膜生长，还参与拟杆菌与其它菌群成员的共生互作，在维持肠道稳态中有重要作用。

免疫球蛋白A（IgA）细菌间相互作用共生肠道稳态多形拟杆菌

噬菌体

一文读懂噬菌体与共生菌群和宿主免疫的互作（综述）

Trends in Microbiology近期发表综述，详细介绍了噬菌体与共生菌和宿主免疫间的关联和互作，值得专业人士关注。

噬菌体细菌病毒宿主免疫共生

菌群-肠-脑轴

Nature Reviews：自然选择如何使菌群影响宿主行为？

越来越多的证据显示，菌群可影响宿主的行为，菌群-肠-脑轴的概念也被广泛接受。Nature Reviews Microbiology近期发表观点文章，从自然选择和宿主与共生菌共进化的角度，分析了菌群为何以及如何影响宿主行为，值得看看。

菌群-肠-脑轴宿主-菌群共进化共生 coevolution Microbiome

果蝇

Cell子刊：果蝇和肠道里的植物乳杆菌——互惠共生的典范

这是Cell Metabolism[IF：18.164]发表的充分研究果蝇和它的主要共生细菌（植物乳杆菌）的互惠共生机制的研究论文，明确了除了肠道细菌对果蝇的益处，果蝇也通过提供营养因子等促进细菌的生存。很值得关注的文章，特别推荐！

果蝇植物乳杆菌共生营养互惠 Saskia Selzam

共生

Cell：植食性甲虫将果胶代谢“外包”给共生细菌

这是Cell在上个月发表的重要研究，发现一种迄今为止发现的最小基因组的细菌，共生在龟甲虫体内以帮助代谢果胶，促进其宿主的生存。这是共生与进化适应的经典案例，充分证明了进化过程中很多“取舍”具有其充分的逻辑，宿主缺的，共生细菌补上，共生菌不在了，宿主也活不好。这是否会对你有启发呢？

共生果胶代谢 herbivory pectin reductive genome evolution

果蝇

BMC Genomics：菌群调控果蝇的基因转录

菌群对宿主的基因表达和生理功能都有影响，而菌群对果蝇基因表达有什么影响呢？看看这篇文章

果蝇基因调控菌群共生转录网络

路邓葡萄球菌

Nature：新型抗生素就在我们鼻子底下

昨天的Nature，发出了一篇非常重要的文献，研究者从鼻腔微生物中筛选出生产新型抗生素的细菌，同时对相关共生、竞争的机制做了研究。从人的共生菌群中找抗生素，为开发新型药物、抵御病原体威胁打开了新的思路，也是应对细菌耐药性的一种突破口。强烈推荐大家看一看！

路邓葡萄球菌葡萄球菌金黄色葡萄球菌四氢噻唑环肽类抗生素

葡萄球菌

Nature：Lugdunin，人鼻子里找到的新型抗生素

（跟1608一起。）

葡萄球菌金黄色葡萄球菌四氢噻唑环肽类抗生素共生

共生

Cell：人和微生物，和谐共生的好伙伴？

阐述有益微生物如何与人和谐共生携手进化：① 它们寻求自己的适合度，同时促进人的健康和适合度；② 它们有如病原体的模式和行为，但实际在推动宿主的耐受抵抗策略；③ 方式有：占据特定生态位、满足宿主代谢需求、调节炎症等；④ 免疫状态、基因、食物以及在身体的分布，决定了微生物能否致病。

共生共进化免疫耐受微生物行为模式生态位

双胞胎菌群

Nature：婴儿肠道菌群和粘膜免疫系统的成熟模式

Jeff Gordon实验室Nature最新重量级文章，他们也开始关注免疫了，粘膜免疫、IgA，今年还会有n篇大paper。

双胞胎菌群 IgA 免疫系统成熟肠道粘膜免疫共生

粪菌移植(FMT)

Science：粪菌移植菌能和原有菌和平共处么？

① 代谢综合征患者分为移植健康供体粪菌组、移植自身粪菌组，以健康人为对照；② 宏基因组测序对移植后的粪菌分析，与安慰剂组和健康个体相比，异体移植者物种组成改变较大，且持续3个月以上；③ 使用单核苷酸变异分析来追踪特定菌株，发现异体移植菌株水平上差异更大；④ 供体和受体的同种菌株相比于供体特异菌种，更容易在受体内共存；⑤ 不同受体、相同的供体表现出的治疗效果不一，可能与供体的的兼容性及受体的微生物组成及疾病状态相关；

粪菌移植(FMT) 供体菌株受体菌株共生宏基因组学

共生

mBio：微生物帮助形成动物新物种？

共生物种形成 Jacquelyn Carr Ian M Carroll

共进化

生态学与进化趋势：肠道菌群与宿主共进化（推荐综述）

想了解肠道菌群与宿主共进化的原理，这篇文献必读。

共进化宿主-菌群共进化共生基因组共生宿主-微生物共生

微生态

PNAS：人体共生菌如何pk竞争者以在肠道存活？

关于细菌特别是人体共生细菌的研究最近有很多，不过我们特别分享一篇2015年发表在PNAS的文献，值得大家读一读。

微生态共生微生态学 6型分泌系统