生态位

肠道菌群在抵抗病原体定植方面具有重要作用，但目前还无法有效预测怎样的群落会起到保护作用。Science最新发表的一项研究，通过大量体外研究和体内实验验证，表明菌群多样性和复杂性在定植抵抗中的作用可以用一个简单的生态学基本原理来解释，即群落成员通过共同消耗与病原体相同的营养素实现对病原体的营养阻断（占据生态位），从而有效抑制病原体的生长和定植，这为设计能抵抗特定病原体的微生物群落提供了理论指导。

微生物生态学定植抵抗生态位

地下水

北大团队：地下水中存在微生物生态基线吗？

微生物几乎构成了地下水的整个生物群落，在生态演化和全球生物地球化学循环中发挥着重要作用。生态基线作为人类干扰较少的基本参考已在土壤、河流和海洋等地表生态系统中进行了研究，但地下水微生物生态基线的存在仍然是一个悬而未决的问题。近日，北京大学倪晋仁及团队在Microbiome发表最新研究，基于全国733口新建井监测的高通量测序数据，证实了浅层地下水微生物群落的存在，并提出了地下水微生物群落指数来评价人类活动对地下水的影响，值得关注。

地下水微生物群研究论文基础研究高通量测序

条件性免疫

微生物群如何诱导条件性免疫（观点）

人类肠道微生物群与宿主之间存在着共生关系，但宿主与微生物群之间的相互作用的具体机制还不完全清楚。发表在Trends in Immunology上的一项观点文章认为，由于宿主具有不同的空间生态位，菌群可不同程度地诱导宿主产生条件性免疫，从根本上塑造了免疫系统的行为和表现。未来的研究工作有望揭示微生物群如何通过新的条件性刺激和机制来调节免疫。

条件性免疫菌群-免疫互作生态位

肠道干细胞

iMeta：马曦团队综述肠道菌群与干细胞巢互作维持肠内稳态平衡

对于目前肠干细胞和肠道菌群的相互作用机制仍不清楚，中国农业大学马曦团队近期在iMeta发表综述，阐述了肠道干细胞与肠道菌群互作的主要研究进展，探讨肠道菌群对肠干细胞的调控作用。肠道菌群-干细胞巢互作的重大进展将共同推动我们更接近肠道疾病干预潜在靶点的突破。作者希望本文的内容能够填补空白，并为肠道干细胞领域提供有用的信息。此外，这些领域内的重要进展也共同推动了通过菌群移植在再生医学和癌症治疗方面的临床突破。

肠道干细胞生态位菌群后生元肠道疾病

口腔菌群

口腔中不同株系的TM7的生态位分配

Genome Biology近期发表研究，得到了790个口腔微生物的宏基因组组装基因组，并通过泛基因组和系统发育基因组学方法，重点分析了43个口腔TM7菌株，发现不同的株系呈现鲜明的口腔位点特异性。

口腔菌群生态位

细菌-真菌互作

Cell子刊：肠道细菌如何影响肠道真菌的生态位

肠道菌群可能通过依赖于彼此，以获取肠道中的资源与生态位。Current Biology上发表的一项最新研究，发现在小鼠肠道中，肠道真菌——白色念珠菌定殖的生态位受到肠道细菌的影响，可利用多糖的多形拟杆菌通过促进结肠外粘液层的形成，促进白色念珠菌在外粘液层中的定殖，且多形拟杆菌降解黏蛋白的产物可支持白色念珠菌的生长。

细菌-真菌互作 microbiota Candida albicans Bacteroides thetaiotaomicron Lactobacillus reuteri

空间竞争

Nature：细菌的运动能力与生长速度决定细菌是否可以共存

本文以两株大肠杆菌为材料，研究了运动能力与空间竞争共同驱动下的细菌共存，并从多个水平对相关机制做了解析。总的来说，就是对于存在“生长-迁移”权衡的细菌，它们通过这两个过程的反复增强作用，实现了有效的空间隔离和群体共存：即，生长速度快的群体，总是会倾向于占据原始位置的空间，而运动速度快的群体，则总是倾向于占据远离原始位置的空间。本文还发现，运动能力对于细菌的多样性维持，可能也具有非常重要的作用。这一发现，无论是对于细菌的群落多样性研究、还是其他生态系统内生物多样性的研究，无论是理论研究、还是实验研究，都具有很重要的参考意义。

空间竞争群体共存等级置换生长-迁移权衡 Monod-Keller-Sigel模型

菌群-免疫互作

Nature子刊：人结肠菌群与免疫细胞图谱

Nature Immunology上发表的一项最新研究，对6名健康人结肠中的3个不同部位（盲肠、横结肠及乙状结肠）及肠系膜淋巴结中的免疫细胞进行了单细胞RNA测序，并对12名健康人的结肠菌群进行分析，详细描绘并对比了在结肠不同部位中的菌群及免疫细胞（包括B细胞、Th细胞、Treg等）组成，以及菌群与免疫细胞的互作。

菌群-免疫互作生态位菌群-免疫互作单细胞RNA测序肠系膜淋巴结

皮肤菌群

Science子刊：大城市居民的皮肤菌群更糟糕？

大城市居民更容易得皮肤病吗？本月Science Advances发表了一项研究，分析了中国5大城市居民的皮肤菌群及潜在的影响因素。该研究发现，皮肤菌群与城市环境和社会经济状况高度相关，越大的城市其居民的皮肤菌群结构越“脆弱”，或许导致了更高的皮肤病几率。

皮肤菌群生态位皮肤病城市环境 Emily A Thompson

身高体重指数（BMI）

FM：BMI及性别对肠道内腔及粘膜菌群的不同影响

在肠道内的不同生态位（例如内腔及粘膜）定殖了不同的菌群，而各种因素对于不同生态位的菌群影响也存在差异。一项有趣的研究表明，BMI更多地影响了内腔中的菌群，而性别更多地影响了粘膜菌群。

身高体重指数（BMI）生态位性别差异内腔粘膜

共生功能体

Microbiome：杨树基因型及生态位对杨树菌群的影响

一项在杨树中进行的研究，揭示了植物中不同生态位的菌群组成差异，以及植物基因型对植物菌群组成的影响，推荐专业人士阅读。

共生功能体杨树植物菌群生态位 16S rRNA

厌氧菌消化池

BB：厌氧菌消化池内菌群碳水化合物活性酶的多样性

厌氧菌消化池碳水化合物活性酶生态位糖苷水解酶纤维素

宿主-菌群互作

FM：宿主与菌群如何互相影响生态位及适应性？（观点透视）

还是关于微生物生态学的文献，讨论宿主、菌群及共生生态位，值得好好读，一定别错过。

宿主-菌群互作生态位自然选择适应性 Timothy G Dinan

肛门菌群

YJBM：成年女性肛门、口腔及子宫颈粘膜菌群的特征

Yale Journal of Biology & Medicine 是一个还没有被SCI收录的杂志，但今年他们推出的菌群专刊，大牛云集，16篇文章都非常精彩，再次强烈推荐给大家阅读。

肛门菌群口腔菌群子宫颈菌群生态位 James S Yeh

共生

Cell：人和微生物，和谐共生的好伙伴？

阐述有益微生物如何与人和谐共生携手进化：① 它们寻求自己的适合度，同时促进人的健康和适合度；② 它们有如病原体的模式和行为，但实际在推动宿主的耐受抵抗策略；③ 方式有：占据特定生态位、满足宿主代谢需求、调节炎症等；④ 免疫状态、基因、食物以及在身体的分布，决定了微生物能否致病。

共生共进化免疫耐受微生物行为模式生态位

多药耐药

【耐药专题】Nature子刊：肺结核药物的杀菌活性与药物在病灶内的分布相关

① 重要杀菌药物——利福平和吡嗪酰胺可有效渗透进入肺结核（TB）病灶中的感染部位；② 利福平亦聚集于干酪样坏死区，后者是结核杆菌持续存在的重要部位；③ 莫西沙星在干酪样坏死病灶内未检出，与近期临床试验中无法缩短治疗时间的结果相关；④ 杀菌药物在空间分布上的差异及在病灶内聚集的动力学，导致在特定生态位形成单药治疗的时间和空间窗，使多药耐药性TB得以逐渐发展；⑤ 提出基于TB药物的定量及空间分布，建立新工作模型以研发新抗生素。

多药耐药生态位空间分布肺结核