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文章数：182篇

皮肤微生物

母婴皮肤微生物组新突破

本研究通过对母婴皮肤微生物的深度测序，在一定程度上揭示了婴儿皮肤微生物的特征，对未来皮肤微生物组学研究、母婴健康干预研究均具有重要的意义。

皮肤微生物研究论文婴儿母亲菌群

器官内菌群对肠外器官癌症的贡献（综述）

近日，发表在Gut上的这篇综述，总结了肠外器官菌群及其与胃肠道和癌症之间关系的最新研究和局限性，介绍了有关菌群的存在及其对肠外器官癌症的贡献，讨论了超越基于DNA测序的基础研究，有助于阐明与癌症进展和治疗相关的宿主-微生物相互作用的新机制。

肿瘤菌群

王军团队iMeta：分析宏基因组结构变异的新利器——MetaSVs

结构变异（structural variants, SVs，包括大片段的插入、缺失、倒置和易位）显著影响微生物基因组中基因的功能，菌群中的SVs与多种生物过程和人类疾病相关，中科院微生物所王军团队近期在iMeta发表研究，建立了一个整合了Nanopore长reads和Illumina短reads的MetaSVs流程来分析微生物基因组中的SVs，并进一步确定可以反映代谢差异的差异SVs。

宏基因组菌群纳米孔结构变异杂交测序

儿童哮喘与呼吸道微生物知多少（综述）

本综述系统介绍了微生物与儿童哮喘发生之间的关联，以及年龄和微生物生态位在其中的作用，对进一步开展相关研究具有重要的借鉴意义。

儿童哮喘综述微生物呼吸道菌群失调菌群

Nature Reviews：抗生素“连累”菌群促感染——机制与应对（综述）

抗生素在医学领域具有革命性的影响，但也对患者的共生菌群造成“附带损害”。Nature Reviews Microbiology近期发表的这篇综述，探讨了抗生素治疗如何导致由于菌群失衡和耐药性微生物过度生长引起的后续感染，以及如何通过多种策略改善这些问题。

抗生素抗生素抗性菌群定植抵抗感染

BNT162b2 COVID-19 mRNA疫苗的免疫反应或不受肠道菌群影响

Gut近期发表的短篇文章，发现在无菌或抗生素处理的小鼠中，B细胞和T细胞对BNT162b2 COVID-19 mRNA疫苗的反应未受损。

COVID‐19 mRNA疫苗菌群

呼吸系统发育

Nature子刊：生命早期呼吸道免疫（综述）

发表在《Nature Immunology》上的综述系统总结了婴儿生命早期呼吸道菌群、免疫系统发育的规律，以及影响因素。作者认为婴儿期呼吸系统的发育决定了未来长期的健康水平。

呼吸系统发育综述菌群影响因素

苏晓泉等：基于深度学习和宿主信息嵌入的菌群多标签疾病检测研究

青岛大学苏晓泉团队近期在Advanced Intelligent Systems发表研究，提出了一种名为Meta-Spec的深度学习方法。该方法采用深度神经网络（DNN），将经过精炼的宿主变量与菌群特征进行编码和嵌入，从而实现了同时检测多种疾病的能力。这些工作提高了基于菌群疾病筛查的可行性和灵敏度，让个性化医疗走向实际应用迈出了重要一步。

菌群多标签分类宿主变量深度学习疾病检测

细胞外囊泡

iMeta：华中科技大学团队综述细胞外囊泡和菌群的互作：疾病治疗新策略

本文综述了细菌来源的细胞外囊泡（BEVs）的生物发生、结构组成、生物学功能及其参与疾病发生的最新进展。此外，还简要概述了当前BEVs在诊断分析、疫苗开发和新疗法研发方面的临床应用。

细胞外囊泡菌群结构组成生物活性物质诊断分析

iMeta：国内团队开发易扩增子(EasyAmplicon)：易用、可重复的菌群扩增子分析流程

本研究提供了一个跨平台、开源和社区支持的分析流程——易扩增子（EasyAmplicon）。易扩增子包括30多个跨平台模块和该领域常用的R包。流程由文章作者和“宏基因组”公众号编辑团队维护和更新，定期发布最新的中英文教程，阅读用户的反馈，并在微信公众号和GitHub中为用户提供帮助。该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。

扩增子生物信息学菌群流程可视化

基因组尺度代谢建模（GEM）

Cell子刊：宏转录组整合的基因尺度代谢建模

微生物通常都是以群落形式在影响着其生存环境，因此对于微生物所形成的微生态的研究有赖于对整个微生态的所有菌群及其代谢变化的深入的认识，特别是在特定条件下代谢变化的了解。然而，由于微生态中大多数微生物是不可以培养的，因此，目前该领域的研究最新的研究方法是基于宏基因组学的基因组尺度的代谢建模（GEM）。然而，该方法仅仅能揭示微生态中微生物组成和可能的代谢影响，由于基因表达调控受多方面的影响，因此不能实时反应微生态的代谢情况。近期一篇发表在Cell子刊，Cell Reports Mehods上的研究，建立了一种整合宏转录组学的基因组尺度的代谢建模的方法（CoCo-GEM，CoCo）。该方法将转录组的数据整合进入模型的建立，以期充分探究特定条件下微生态的代谢的变化，从而反应特定的生物学过程。研究人员进而对该方法进行了实际的验证，结果显示，建立的模型有效预测和模拟了实际的微生态的代谢变化。这一方法的建立进一步推进了不依赖培养的微生态系统建模研究，为进一步整合多组学进行GEM提供了范例。

基因组尺度代谢建模（GEM）宏转录组学整合宏转录组的基因组尺度代谢建模（CoCo）厌氧消化菌群落克罗恩氏病菌群失调

秀丽隐杆线虫

iMeta：膳食纤维化学结构对肠道菌群的调控

中国农业大学杨栋团队在iMeta发表研究，该文章阐明了一种复杂的膳食纤维-细香葱茎多糖（AssP）的化学结构，以AssP或菊粉作为唯一碳源，监测益生菌的体外生长，通过细菌基因组分析，揭示了碳源对肠道细菌的构效调控机制。本文首次阐明了膳食纤维的化学结构与其调节的肠道菌群动态变化之间的关系，为肠道菌群中食品、营养补充剂和药物干预的应用提供了初步理论指导。

秀丽隐杆线虫碳水化合物活性酶化学结构膳食纤维糖苷键

机器学习和深度学习在菌群研究中的应用

为了解决菌群研究相关的复杂难题，研究人员转向人工智能方法，由于它们强大的预测能力和信息潜力，机器学习和深度学习最近作为一个重要的工具被用于微生物研究领域以推进该领域的发展。本文中，作者展示了这些新的技术是如何用来研究微生物与表型之间的联系的。本综述不仅提供了人工智能在菌群研究领域的应用实例，还列出了使用这些模型时需要注意的事项。对当前数据可用性和模型可解释性瓶颈的进一步研究将进一步推动深度学习在菌群研究中的应用，并扩大我们对影响我们世界的微生物相互作用的理解。

菌群人工智能机器学习深度学习预测能力

肠道干细胞

iMeta：马曦团队综述肠道菌群与干细胞巢互作维持肠内稳态平衡

对于目前肠干细胞和肠道菌群的相互作用机制仍不清楚，中国农业大学马曦团队近期在iMeta发表综述，阐述了肠道干细胞与肠道菌群互作的主要研究进展，探讨肠道菌群对肠干细胞的调控作用。肠道菌群-干细胞巢互作的重大进展将共同推动我们更接近肠道疾病干预潜在靶点的突破。作者希望本文的内容能够填补空白，并为肠道干细胞领域提供有用的信息。此外，这些领域内的重要进展也共同推动了通过菌群移植在再生医学和癌症治疗方面的临床突破。

肠道干细胞生态位菌群后生元肠道疾病

脐带血微生物

脐带血微生物组特征或是不良妊娠结局的标志物

本研究通过对胎儿脐带血的微生物组学测序分析，发现B组链球菌或许与死胎的发生风险有关，而口腔致病菌的感染可能与早产的发生有关。本研究为探索不良妊娠结局的病因提供了新的思路。

脐带血微生物研究论文不良妊娠结局死胎早产

基因成分谱

iMeta: 中国科学院开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具

中国科学院深圳先进技术研究院戴磊团队开发可同时提取共存菌株的组成和基因成分谱的菌株分析工具StrainPanDA，并使用模拟数据集系统地验证了StrainPanDA的准确性和鲁棒性，StrainPanDA对计算资源的要求极低，可以批量并行处理菌群中的多个物种。StrainPanDA可以应用于宏基因组数据以检测分子功能与微生物/宿主表型之间的关联，从而产生可供验证的假设，并在菌株或亚种水平上获得新的生物学见解。

基因成分谱宏基因组学菌群泛基因组菌株分析

高血压器官损伤程度与肠道菌群有关

高血压可导致心脏和肾脏损伤，且肠道菌群与高血压密切相关，但背后的贡献难以量化。Cardiovascular Research上发表的一项最新研究，通过对比无菌小鼠和有菌群定植的小鼠，分析了菌群对高血压中的器官损伤的影响，表明高血压靶器官损伤的发展一定程度上取决于菌群定植状态。其中，无菌小鼠的高血压靶器官损伤加剧，该现象在肾脏中比在心脏中更明显。健康菌群可通过调节代谢物（如产生有抗炎作用的短链脂肪酸），减少小鼠在高血压下的炎症水平，减轻靶器官损伤。

高血压菌群炎症肾脏心脏

Nature：粪菌移植辅助肿瘤免疫治疗是否可行？（新闻）

Nature发表新闻类文章，对利用粪菌移植增强免疫治疗效果或改善免疫治疗耐受的临床试验进行讨论，同时提出我们仍然需要探讨如何挑选“理想的粪菌”以及是否推广粪菌移植辅助免疫治疗等问题。

免疫治疗粪菌移植菌群

体外肠道模型

低成本且操作简单的新型迷你结肠生物反应器

这是发表在Gut Microbes上的一份工作，作者通过简单易获得的材料组装建立了一套可模拟正常结肠环境的多生物反应器，该装置由三个生物反应器串联，并配置有pH、温度和流动自动控制系统，同时气体输送可使该装置独立于厌氧箱。通过人体粪便培养验证了该装置的稳定性和菌群结构特征，结果显示该装置具备高通量、可复用、低成本和操作简单等特点，可用于肠道微生物组的体外研究系统。

体外肠道模型菌群生物反应器

国内团队：脑血栓患者的菌群有何特征？

脑卒中，俗称中风，包括缺血性脑卒中和出血性脑卒中，而脑血栓属于缺血性脑卒中的一种。详细探究脑卒中患者脑血栓的菌群特征对临床治疗具有重要意义，但目前这方面相关研究非常有限。近日，香港中文大学冷昕禕、暨南大学附属第一医院黄立安及团队在mBio发表最新研究，通过测序和荧光原位杂交发现脑卒中患者的血栓样本中存在细菌，且变形菌门（主要来源血浆）显著富集，且部分细菌与患者的手术不良事件和预后显著相关。总之，该研究为未来针对脑血栓预防和干预提供了新思路。

脑血栓菌群研究论文医学研究大血管闭塞

国内团队开发微生物网络分析和可视化R包—ggClusterNet

网络分析逐渐被生态学家们重视并持续应用于生态学领域，开发更为强大和方便的网络分析工具十分必要。该文章开发了名为ggClusterNet的R包，展示微生物网络模块化信息，用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘，可以帮助用户轻松完成网络分析和解释。

菌群网络分析 R包可视化

调节性T细胞

Cell子刊：Foxp3在菌群诱导的pTreg中的作用

表达Foxp3的调节性T细胞（Treg）有两个来源：在胸腺细胞和成熟CD4 T细胞中诱导Foxp3表达而产生的胸腺Treg（tTreg）和外周Treg（pTreg）。二者发挥不同的作用，其中，tTreg抑制自身免疫反应，pTreg则增强对食物和共生菌群的耐受性。然而，Foxp3在pTreg中的作用及其支持pTreg分化的机制，还有很多未知。Immunity发表的一项最新研究，通过遗传示踪方法鉴定出由菌群诱导的pTreg，并揭示了这些pTreg的Foxp3依赖性和非依赖性的特征。该研究认为，pTreg与“稳态”Th17在分化发育和功能上密切相关，与其说Foxp3定义了具有促炎和抗炎功能的细胞分化中的一个分支点，不如说Foxp3和其上游的耐受性信号各自赋予了pTreg功能的不同方面。

调节性T细胞 FOXP3 谱系示踪菌群

iMeta：宏蛋白质组学分析一站式工具集iMetaLab Suite

由于宏蛋白质组学研究中蕴含的难度和挑战性，一定程度上限制了其他领域菌群研究人员对宏蛋白组学的使用和深入探索。为了克服挑战，加拿大渥太华大学医学部药学院Daniel Figeys团队李乐园等开发了一套名为iMetaLab Suite的免费一站式分析工具集，涵盖了宏蛋白组学中最常用的功能、分类和统计分析。

菌群宏蛋白质组学生物信息学数据库搜索统计分析

iMeta：北京大学陈峰团队发表口腔菌群研究中各部位取样的实验方法

口腔内存在多个微生境，共同构成口腔微生态系统，其菌群主要包括唾液、龈上牙菌斑、龈下牙菌斑、种植体周围的黏膜下菌斑、根管内的菌斑和黏膜表面的菌斑。2022年5月13日，北京大学口腔医学院陈峰、陈智滨等在iMeta在线发表了题为“The sampling strategy of oral microbiome”的实验方法类(Protocol)文章。该文章详细介绍了口腔菌群研究中各部位的取样策略，包括取样、运输、处理和储存。

口腔菌群样本采集唾液菌斑

本体感知神经网络 (ONN)

宁康等：基于深度学习实现百万菌群样本的超快速溯源工具ONN4MST

微生物群落样本的分类结构具有高度的栖息地特异性，其使识别样本来源的生态位成为可能。然而，当扩大溯源时，当前的方法面临挑战。华中科技大学宁康和山东大学崔学峰作为共同通讯作者，近期在Genome Medicine发表研究，介绍了一种深度学习方法——基于本体感知神经网络方法ONN4MST，可用于大规模溯源。当对来自 114 个生态位的 125,823 个样本进行溯源时，ONN4MST 以接近最佳的精度而优于其他方法。总体而言，这项研究代表了第一个基于模型的方法，用于对来自数百个生态位的亚百万菌群样本进行溯源，其具有卓越的速度、准确性和可解释性。ONN4MST 可在 https://github.com/HUST-NingKang-Lab/ONN4MST 上获得。

本体感知神经网络 (ONN) 微生物溯源 (MST) 深度学习超快菌群

德布鲁因图

iMeta：江晓芳等综述德布鲁因图在菌群研究中的应用

高通量测序已经成为菌群研究日益关键的组成部分，基于德布鲁因(de Bruijn) 图的高通量测序数据组装方法的发展，已经成为采用测序作为生物学研究的重要组成部分。来自美国NIH江晓芳团队详细阐述了德布鲁因图在菌群研究中的应用，德布鲁因图在高通量测序数据的处理中发挥了核心作用，依赖于这些数据结构的新工具的快速发展表明，在未来它将继续在生物学研究中发挥重要作用。

德布鲁因图菌群组学

生物信息学工具在食品菌群研究中的应用综述

在这篇综述中，作者试图总结了关于下一代测序和其他生物信息学方法对食品菌群影响的最新发现，并使用预测软件来了解微生物在生产发酵食品中的关键作用。该综述描述了基于对接研究的预测的多种功能以及基因组和代谢组学分析的相关性，以发展趋势以了解潜在的食物菌群相互作用和相关产品成为健康饮食的一部分。

菌群食品发酵技术分析工具

粪便氨基酸+菌群特征或可用于检测和监测腺瘤

息肉切除术后复发性结肠发育不良病变的风险增加。结肠直肠癌的发生是间歇性的，而腺瘤切除后的内镜检出率较低。Gut Microbes近期发表的文章，纳入19例内镜检查出的腺瘤患者，在息肉切除术之前和干预后3个月收集粪便样本，同时招募年龄、体重指数和吸烟习惯严格匹配的对照组。鉴定出一组腺瘤存在时特异性增加的氨基酸组，以及腺瘤患者中存在的微生物特征，两者结合对高危个体进行检测，同时辅以内镜检查，或可提高监测的有效性，减少不必要的内镜检查和减少癌症间隔。

腺瘤氨基酸菌群粪便

iMeta：陈同等开发高颜值高被引绘图网站imageGP

2022年2月21日，iMeta 期刊在线发表了中国中医科学院黄璐琦院士、陈同副研究员和中国科学院遗传与发育生物学研究所刘永鑫高级工程师合作题为“ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers”的研究论文。该论文介绍了一款简单易用、功能强大的在线绘图工具 ImageGP，访问地址是http://www.ehbio.com/ImageGP/ 。

扩增子生物信息学数据可视化宏基因组菌群

METABOLIC：对微生物基因组的功能特征、新陈代谢、生物地球化学和群落尺度功能网络进行高通量分析

作者展示了 METABOLIC 软件（微生物的代谢和生物地球化学分析），它以基于基因组的微生物代谢为基础，能够对菌群生态学和生物地球化学进行一致且可重复的研究，并将推动未培养的生物体整合到代谢和生物地球化学模型中。作者预计 METABOLIC 将使从宏基因组和基因组中更容易解释微生物代谢和生物地球化学，并使菌群研究在不同领域成为可能。METABOLIC 是用 Perl 和 R 编写的，网址为 https://github.com/AnantharamanLab/METABOLIC。

功能性状宏基因组组装基因组 (MAGs) 菌群生物地球化学代谢潜力