扩增子

搜索
登录

扩增子

文章数：14篇

iMeta：国内团队开发易扩增子(EasyAmplicon)：易用、可重复的菌群扩增子分析流程

本研究提供了一个跨平台、开源和社区支持的分析流程——易扩增子（EasyAmplicon）。易扩增子包括30多个跨平台模块和该领域常用的R包。流程由文章作者和“宏基因组”公众号编辑团队维护和更新，定期发布最新的中英文教程，阅读用户的反馈，并在微信公众号和GitHub中为用户提供帮助。该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。

扩增子生物信息学菌群流程可视化

iMeta：陈同等开发高颜值高被引绘图网站imageGP

2022年2月21日，iMeta 期刊在线发表了中国中医科学院黄璐琦院士、陈同副研究员和中国科学院遗传与发育生物学研究所刘永鑫高级工程师合作题为“ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers”的研究论文。该论文介绍了一款简单易用、功能强大的在线绘图工具 ImageGP，访问地址是http://www.ehbio.com/ImageGP/ 。

扩增子生物信息学数据可视化宏基因组菌群

FROGS：分析真菌多样性的强大工具

检测真菌最常用的标志物是 ITS，但有一个主要缺陷：PCR可能会在大量真菌中产生非重叠的读长。当这些读长被过滤掉时，传统的宏条形码流程会丢失部分信息，从而产生关于所研究环境的组成和结构的有偏差的图片。本研究开发了一种解决方案-FROGS工具，可以处理包括重叠和非重叠在内的整个读长集，从而提供更准确的真菌群落表征。作者使用模拟数据和真实数据进行对比测试证明了其解决方案的有效性，大家可通过命令行或基于 Galaxy 的 Web 界面使用该解决方案。

真菌 ITS 宏条形码工作流程扩增子

修订后的PCR方案可提高测定细菌群落组成的灵敏度

细菌DNA样品的高通量测序使我们能够同时快速的对来自于多个样品的细菌群落进行分析。然而对于具有少量的细菌或低的细菌载量的样品，或者含有大量来源于非细菌源（比如宿主）DNA的样品，这些方法的使用具有局限性。该文章提出了一种改进的方案，可提高检测具有中等或低的细菌载量样品的细菌群落组成的灵敏度。为了测试大范围的细菌载荷，研究人员使用了来自插管儿童患者的重复气管吸出样本，改进后的方案比标准方案多检测了超过30%的样本序列数据，且这两种方案获得了相似的群落多样性和群落组成。这些结果表明这一改进方案允许在不影响整体结果的情况下获得更高的灵敏度，并成为一个能在高背景、少细菌环境下收集更多的菌群数据的可行方法。改进后的扩增方案代表了一种提高细菌群落分析灵敏度的可行方法，这对于研究细菌载量高度可变的人气道菌群非常重要。

16S rRNA基因菌群扩增子机械通气

苏晓泉+徐健：在整个菌群水平上对全球菌群进行物种分类和功能搜索的平台

基于搜索的策略对于大规模挖掘微生物组数据集非常有用，例如鸟瞰菌群数据空间和通过菌群大数据进行疾病诊断。青岛大学苏晓泉和中科院青岛能源所徐健研究团队，近期在mSystems发表文章，介绍了微生物组搜索引擎2 (Microbiome Search Engine 2, MSE 2)，这是一个微生物组数据库平台，基于菌群与数据库中菌群的分类或功能相似性，在全球宏基因组数据中搜索和查询菌群。关键的改进包括数据库扩展，数据兼容性，搜索引擎内核和用户界面。通过功能相似性搜索菌群空间的新功能极大地扩展了菌群大数据基于搜索的挖掘范围。

扩增子宏基因组菌群在线服务搜索引擎

青岛大学团队开发菌群16S扩增子功能校正算法Meta-Apo

作者开发了Meta-Apo（Metagenomic Apochromat），这是一种菌群16S扩增子测序的功能校正算法，可以极大地减少甚至消除由于PCR扩增偏好性以及16S rRNA基因-全基因组关联信息的差异从而导致的同一微生物组样本基于16S扩增子的功能谱与WGS产生的结果之间存在偏差，使两种方法得出结论更加一致。另外，Meta-Apo还可以在WGS和16S扩增子样品之间进行跨平台功能比较，可以极大的改善基于16S扩增子的菌群诊断。总而言之，利用Meta-Apo，可以让低成本的16S扩增子测序产生与WGS相近的、可靠的、高分辨率的菌群功能图谱。对于之前和新兴微生物组项目，借助Meta-Apo等新工具，16S扩增子的测序和分析策略将继续为菌群功能研究做贡献。

菌群宏基因组扩增子功能校正

哈佛Huttenhower组综述菌群的株水平研究

本文是宏基因组菌株研究系列软件开发团队、iHMP项目数据整合分析负责人Huttenhower课题组撰写的综述，回顾了菌株的操作定义（例如遗传和结构变异），使用不同的高通量技术（通常为不依赖于培养的技术）从微生物群落中鉴定出菌株。作者总结了菌株在人体的分布和多样性，以及它们与健康维护、疾病风险和进展的新联系，以及对饮食或药物等扰动的生化反应。文中列出了利用高通量测序以及其他分子和“培养组学”技术鉴定，定量和追踪菌株的方法，最后作者讨论了人口群体水平中实验研究缺乏的现状，以及更好地了解菌株对人类微生物组健康影响方面的意义。

16s 微生物菌株微生物群落微生物组宏基因组学

刘永鑫等：微生物组数据分析从入门到精通（综述）

Protein & Cell今年再与热心肠研究院合作，邀请7位智库专家合作撰写了微生物组专刊第二期。本篇来自中科院遗传发育所工程师、宏基因组公众号创始人、热心肠智库专家刘永鑫博士主笔，系统的总结了微生物组数据分析的基本思想、基本步骤，提出了可重复分析的基本要求和实现方法，同时提供了目前较新的扩增子、宏基因组分析流程供参考，是目前不可多得的微生物组数据分析学习资源，无论是入门，还是本领域多年的老司机，都会有不同的收获和体验。

扩增子宏基因组微生物组生物信息分析流程

仅仅依靠16S rRNA基因可否将微生物图谱描绘到菌株水平？

虽然部分16S rRNA基因区域对微生物的分辨率与全长相当，但仅仅对有限的种群，对于描绘数量庞大微生物群落任然停留在属及以上的水平。Illumina的短读长的测序和过去罗氏454测序都无法得到16S rRNA基因全长序列。Sanger测序可以满足读长的要求，却在通量上远远不够。目前，以Nanopore和PacBio为代表的三代测序技术方兴未艾，让16S rRNA基因全长高通量测序走向现实。高通量测序全部可变区的序列必将改变我们对微生物群落的认识。这是否可以描绘到我们关心的种和菌株水平？本文将给出答案。

扩增子 16S rRNA 基因全长16S 三代测序分类精度

Nature子刊：全新的微生物组分析平台QIIME 2正式发布

引用1.7万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。本月底将发布2019.7版本，年底发布2019.10版本，配套中文文档和视频教程也将在宏基因组公众号陆续更新，详见延伸阅读。

微生物组 QIIME2 软件刘永鑫白洋

新引物扩展 18S rRNA 测序检测范围

作者针对单细胞真核生物和寄生虫等设计了新的 18S rRNA 扩增引物，大大提高了对这些物种的检测灵敏度，有助于更全面的认识微生物组。

扩增子 18s rRNA基因高通量测序 Eukaryotic pathogens Food and water safety

Nature子刊：全面改进扩增方法，提高菌群研究准确性

Nature Biotechnology关于二代测序扩增文库制备方法改进的重量级文献，必须看一看，说不准你就因此搞定新物种了哈。

PCR 二代测序扩增文库文库制备扩增子

赵方庆团队：有效关联物种谱和功能基因谱的新方法

中科院北京生科院赵方庆老师和团队关于将16S rRNA扩增子参数链接到宏基因组的新方法的研究，虽然热心肠先生和小伙伴都不是很看得懂，但懂的人看了想必很兴奋的。

16s rRNA测序 RiboFR-Seq 宏基因组组装拷贝数扩增子

JMM：不同方法分析不同尸体器官的微生物，有差别么？

① 研究人类尸体中脾脏、肝脏、大脑、心脏和血液中的死亡微生物组；② 同一具尸体中，不同器官的死亡微生物组很相似；不同尸体之间因死亡时间、死亡和/或环境因素不同，死亡微生物组不尽相同；③ 对两种不同的16S rRNA基因扩增方法进行比较，并对四具尸体来源的扩增子进行测序；④ 传统DNA提取方法可得到更多的扩增子，两种提取方法间16S rRNA基因的物种多样性指数则无显著区别；⑤ 尸体中梭菌占优的组织器官有更长的降解期。

死亡时间 16s rRNA测序刑事案件法医 DNA提取方法