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功能
文章数:3篇
菌群
青岛大学团队开发菌群16S扩增子功能校正算法Meta-Apo
作者开发了Meta-Apo(Metagenomic Apochromat),这是一种菌群16S扩增子测序的功能校正算法,可以极大地减少甚至消除由于PCR扩增偏好性以及16S rRNA基因-全基因组关联信息的差异从而导致的同一微生物组样本基于16S扩增子的功能谱与WGS产生的结果之间存在偏差,使两种方法得出结论更加一致。另外,Meta-Apo还可以在WGS和16S扩增子样品之间进行跨平台功能比较,可以极大的改善基于16S扩增子的菌群诊断。总而言之,利用Meta-Apo,可以让低成本的16S扩增子测序产生与WGS相近的、可靠的、高分辨率的菌群功能图谱。对于之前和新兴微生物组项目,借助Meta-Apo等新工具,16S扩增子的测序和分析策略将继续为菌群功能研究做贡献。
菌群
宏基因组
扩增子
功能
校正
海绵
Nature子刊:海绵共生微生物群落结构
海绵作为最原始的一类多细胞动物,其蕴藏的丰富的天然活性产物使其成为重要的海洋生物资源;另一方面海绵体内存在高丰度且多样性的微生物群落,是共生生命演化研究的关注对象之一。尽管在海绵共生微生物宏基因组学以及关键共生菌基因组学方面已经开展了一些研究,相对于海绵丰富多样的共生微生物类群而言,目前在宏基因组尤其是基因组水平上对海绵共生菌的认知仍旧非常有限。Nature Communications近期发表的本研究,对全球海洋海绵-微生物网络进行结构和功能的模块化研究,表明非生物因素可影响海绵微生物群的结构,而生物间相互作用则驱动更密切相关的“核心”微生物的组装,这些“核心”微生物群落具有一些共同的核心功能特征。该研究对于揭示共生作用推动的生命演化过程和内在动力具有重要意义。
海绵
微生物组
网络
16S rRNA
模块
功能
Microbiome:宏蛋白质组学揭示健康人肠道菌群的功能
最近关于宏蛋白质组学的研究越来越多发出,Microbiome上的的这篇,又是其中的优秀作品,对健康人肠道菌群的功能进行了一定的研究,很值得深读。特别推荐!
功能
宏蛋白组学
Faecalibacterium
Gut microbiota
Metabolic pathway