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DNA 测序技术

确定人类菌群研究中的偏差及其潜在解决方案

DNA 测序技术的进步极大地提高了研究人员探索人体菌群的能力。不幸的是，虽然这些研究揭示了菌群对我们健康的重要性，但它们往往不会得出类似的结果。在这篇综述中，作者重点介绍了典型的基于序列的人类菌群研究中可能引入显著偏差的各个步骤，并回顾了该领域目前旨在减少这些偏差影响的努力。作者建议目前研究中的所有方法应尽量保持一致，并且与以前的工作相比，应尽量遵循相同的实验方法，以确保基本结果对菌群测序实验中引入的偏差具有稳定性。

DNA 测序技术系统性偏差序列菌群测序校正

青岛大学团队开发菌群16S扩增子功能校正算法Meta-Apo

作者开发了Meta-Apo（Metagenomic Apochromat），这是一种菌群16S扩增子测序的功能校正算法，可以极大地减少甚至消除由于PCR扩增偏好性以及16S rRNA基因-全基因组关联信息的差异从而导致的同一微生物组样本基于16S扩增子的功能谱与WGS产生的结果之间存在偏差，使两种方法得出结论更加一致。另外，Meta-Apo还可以在WGS和16S扩增子样品之间进行跨平台功能比较，可以极大的改善基于16S扩增子的菌群诊断。总而言之，利用Meta-Apo，可以让低成本的16S扩增子测序产生与WGS相近的、可靠的、高分辨率的菌群功能图谱。对于之前和新兴微生物组项目，借助Meta-Apo等新工具，16S扩增子的测序和分析策略将继续为菌群功能研究做贡献。

菌群宏基因组扩增子功能校正