生物信息

本研究提供了一个基于云技术的生物信息学平台：OmicStudio（https://www.omicstudio.cn/）。该云平台能够快速获取生信分析的图表结果，生成高质量的图表供发表，并自动与下游分析模块连接。此外，不受开发者审美的限制，用户可以自定义定制更优雅的图形。模块化设计，让用户在不同的应用场景下获得最舒适的体验。

OmicStudio云平台一站式在线分析生物信息发表级图表模块

细菌基因组

Nature子刊：分析微生物基因组群体内遗传多样性的软件inStrain

同一物种共存的微生物细胞往往表现出遗传变异，可影响从营养偏好到致病性的表型。在这里，作者介绍了inStrain这个程序，该程序使用宏基因组配对读长来分析整个基因组中的种群内遗传多样性（微生物多样性），并以一种具有微生物多样性意识的方式比较菌群，从而大大提高了以现有方法为基准的基因组比较的准确性。inStrain可以应用于任何宏基因组数据集，以进行微观多样性分析和严格的菌株比较。

细菌基因组泛基因组生物信息软件菌株多样性

扩增子

刘永鑫等：微生物组数据分析从入门到精通（综述）

Protein & Cell今年再与热心肠研究院合作，邀请7位智库专家合作撰写了微生物组专刊第二期。本篇来自中科院遗传发育所工程师、宏基因组公众号创始人、热心肠智库专家刘永鑫博士主笔，系统的总结了微生物组数据分析的基本思想、基本步骤，提出了可重复分析的基本要求和实现方法，同时提供了目前较新的扩增子、宏基因组分析流程供参考，是目前不可多得的微生物组数据分析学习资源，无论是入门，还是本领域多年的老司机，都会有不同的收获和体验。

扩增子宏基因组微生物组生物信息分析流程

生物信息

生物信息天然产物合成有活性的环状肽

测序细菌基因组的生物信息学分析发现了越来越多的天然产物生物合成基因簇（BGC），这类工具常用的有antiSMASH系列。本文在这些基因簇基础上，进一步设计改造新的天然产物合成通路，并生成了一种有活性的环状肽，为生物信息学设计天然产物合成提供了一种可参考的方法。

生物信息天然产物生物合成基因簇 Saman Soleimanpour Shokufeh Ghasemian Sorboni

生物信息

MITRE ：利用系统发育信息寻找时间序列中微生物组和宿主的关联

生物信息时间序列关联纵向研究机器学习

根系菌群

Nature子刊：中科院遗传发育所揭示水稻根系微生物组与氮肥利用效率的关系

中科院遗传发育所白洋组和储成才组近期在《Nature Biotechnology》杂志发表了关于水稻微生物组的成果，该项研究不仅揭示了水稻亚种间根系微生物组与其氮肥利用效率的关系，证明了NRT1.1B在调控水稻根系微生物组的关键作用，还建立了第一个水稻根系可培养的细菌资源库，为研究根系微生物组与水稻互作及功能，为应用有益微生物、减少氮肥的施用奠定了基础。

根系菌群氮利用白洋刘永鑫水稻

水稻

中科院遗传发育所揭示水稻微生物组全生育期动态变化规律

人类体内和植物根系都存在着数量庞大种类繁多的微生物群落（微生物组）。肠道微生物组随人类年龄的演化规律关系到人们的健康。与之类似，植物根系微生物组随植物生长的变化规律对植物健康也非常重要，与农作物营养高效利用、连作、轮作等重要问题密切相关。中国科学院遗传与发育生物学研究所，植物基因组学国家重点实验室，中国科学院-英国约翰英纳斯中心植物和微生物科学联合研究中心(CEPAMS)的白洋课题组与合作者详细描述了水稻田间全生育期根系微生物组的变化规律。该成果说明农作物的生长时期是益生菌在农业上的施用过程中需要考虑的重要因素。把农作物生殖生长期需要的益生菌在幼苗期施用，效果自然不好。该成果将为水稻根系益生菌的施用提供理论支撑。该文章作为当期封面文章发表，仅一年已经引用高达16次，并提供代码 https://github.com/microbiota/Zhang2018SCLS 以及每个图片分析的详细教程，详见延伸阅读。

水稻微生物组时间序列随机森林回归 Rice

生物信息

极端嗜酸古菌的单菌基因组分析套路

Ferroplasma是极端酸性环境中极难分离培养的古菌，该研究首次获得Ferroplasma acidiphilum的全基因组完成图，获得了其代谢和进化的基本情况，同时为深入研究他们的进化地位、自然生态中的角色和功能提供了基础。

生物信息古菌极端嗜酸菌细菌基因组基因功能

生物信息

metaSPAdes：株水平高精度宏基因组拼接软件

metaSPAdes是目前宏基因组领域组装指标最好、最耗时和耗内存的软件，也存在提高错误率。其支持混装是一大优点，还有很多子版本，如metaplasmidSPAdes装质粒（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1041966050）。此软件也是组装评比中必用软件，如《宏基因组仿真数据生成软件：CAMISIM》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1045860958）。最新组装工具OPERA-MS也会与其对标比较（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088940721）。

生物信息宏基因组宏基因组组装宏基因组拼接 Chloé Berland

生物信息

Nature子刊：Salmon不比对快速定量宏基因组基因

传统的定量工具采用比对的方法，对于人类几万个基因都需要消耗几小时，而面对微生物组动辄千万的基因更是费时费力。Salmon的非比策略具有速度上的极大优势，同时不会生成传播的巨型SAM格式比对文件。Salmon又是体现了出版平台对文章引用存在巨大影响的例子，该软件2015年发布在BioRxiv上面，两年只有10次引用，截止目前4年也仅有37次引用。而文章被Nature Methods接收发表后，短短两年引用高达1000多次，相同时间内引用量相差高达百倍，可见这28分的杂志确实获得了同行的广泛关注。

生物信息宏基因组基因定量软件算法

‘AVIT

SR：新的鉴定微生物成员的方法

新的更好帮助鉴定微生物组中成员的数据分析方法，推荐大家看一看。

‘AVIT 生物信息 Timothy G Dinan John Kelly

生物信息

Bioinformatics：发现并可视化核心菌群的新平台

随着宏基因组研究的推进，新的软件和方法涌现，这篇文章介绍的MetaCoMET，值得大家看看。

MetaCoMET 生物信息方法学核心菌群

基因注释

Prokka细菌基因组和宏基因组基因注释流程

Prokka是一个神奇的软件，只有一个作者，发表5年引用3千多次可谓神作。目前在细菌菌组、宏基因组领域有非常广泛的应用。

基因注释细菌基因组软件分析流程生物信息

生物信息

IDBA-UD：宏基因组和单细胞组装工具

IDBA-UD是目前宏基因组最常用的三款拼接软件之一，另外两个分别为拼接结果最快的MEGAHIT（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1051360183）和最长的metaSpades。IDBA—UD的速度和内存消耗介于两者之者，是平衡的选择，优点也较多，可实现从小到大迭代k，还通过局部组装重建缺失的k-mers，并通过迭代地去除低深度重叠群来去除错误。最近Nature Biotechnology的文章也选用了些方法组装（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1066063689）。

生物信息宏基因组宏基因组组装宏基因组拼接 Bente Øvrebø