宏基因组拼接

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宏基因组拼接

文章数：5篇

慢生单胞菌

山东大学团队揭示捕食性细菌新类群-慢生单胞菌目细菌独特的生境适应性

山东大学杜宗军组在《Microbiome》发表慢生单胞菌相关研究成果。课题组对慢生单胞菌目开展了深入研究，发现慢生单胞菌广泛分布于含盐环境（海洋、盐湖等），由于具有捕食其他细菌的能力，这一类群在全球微生物群落调控中起重要作用。目前慢生单胞菌的可培养菌株有关情况都是其课题组发表的，在对这些菌株的代谢特征、捕食特性及基因组开展深入分析的基础上，课题组提出了捕食性细菌类群划分的新体系：将捕食性细菌划分为“专性捕食者”、“兼性捕食者”和“机会捕食者”三大类群，其中慢生单胞菌是兼性捕食者的典型代表。

慢生单胞菌生存策略宏基因组拼接兼性捕食者捕食模式

Nature子刊：宏基因组研究超强综述——从取样到分析

此文是Nicola Segata领衔创作的宏基因组分析综述，是目前我所见到的指导宏基因组实验和分析最好的综述。Segata本人及其团队在宏基因组分析领域编写了最多的主流软件，如LEfSe、MetaPhlAn2、HUMAnN2（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055870103）和GraPhlAn等，而且还表发了众多顶级宏基因组研究文章，如《Cell：9428个人体宏基因组！探索全球人类微生物组中的广大未知》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1047831920）、《Nature子刊：跨越人群的大肠癌肠道菌群特征和诊断标志物》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1066677273）等。此文发表近2年，引用200+次，是CNS平均引用的2.5倍多，足以见此文的重要性。

宏基因组系统综述实验设计宏基因组拼接宏基因组分箱

metaSPAdes：株水平高精度宏基因组拼接软件

metaSPAdes是目前宏基因组领域组装指标最好、最耗时和耗内存的软件，也存在提高错误率。其支持混装是一大优点，还有很多子版本，如metaplasmidSPAdes装质粒（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1041966050）。此软件也是组装评比中必用软件，如《宏基因组仿真数据生成软件：CAMISIM》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1045860958）。最新组装工具OPERA-MS也会与其对标比较（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1088940721）。

生物信息宏基因组宏基因组组装宏基因组拼接 Chloé Berland

宏基因组拼接

MetaQuast：专业评估宏基因组拼接质量的软件

宏基因组拼接软件众多，但由于缺少参考数据库，拼接结果评估困难。QUAST是2013年发表于Bioinformatics，是一款非常流行的基因组拼接结果评估软件，引用1759次。2016年又推出了专门针对宏基因组的MetaQUAST版本，引用125次(引用统计截止19年9月17日)。

宏基因组拼接软件评估 Jianqing Xu Zhihong Ren Kangli Cao

IDBA-UD：宏基因组和单细胞组装工具

IDBA-UD是目前宏基因组最常用的三款拼接软件之一，另外两个分别为拼接结果最快的MEGAHIT（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1051360183）和最长的metaSpades。IDBA—UD的速度和内存消耗介于两者之者，是平衡的选择，优点也较多，可实现从小到大迭代k，还通过局部组装重建缺失的k-mers，并通过迭代地去除低深度重叠群来去除错误。最近Nature Biotechnology的文章也选用了些方法组装（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1066063689）。

生物信息宏基因组宏基因组组装宏基因组拼接 Bente Øvrebø