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文章数：8篇

iMeta：破译蛋白质翻译速率与结构特征关联模式的分析流程-VeloPro

本研究开发了一种整合Ribo-seq（核糖体测序）和AlphaFold的分析流程，揭示了翻译速率与蛋白质结构特征之间的关联模式，该研究为理解跨分类群的共翻译折叠中的翻译动态提供了新的见解，该研究还可以在RNA设计中发挥作用，以微调共同翻译折叠，从而提高在不同寄主生物体中的重组蛋白表达。

翻译速率蛋白质结构特征分析流程核糖体测序局部绝对接触顺序

鸟枪宏基因组测序

Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

在本方法中，作者使用 Almeida 等人探索的宏基因组数据集的一个子集展示了从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组的流程。作者简要讨论了这些方法如何应用于其对人类皮肤菌群的研究。本方法的重点主要是工具的具体应用，而不是讨论工具的所有可能的输入和输出。在故障排除部分，作者还讨论了可能出现的部分问题，但作者预计其他问题可以在与每个工具关联的 GitHub 问题部分中解决，或者如果适用，在与此方法关联的 GitHub (https://github.com/Finn-Lab/MAG_Snakemake_wf ）。

鸟枪宏基因组测序原核基因组宏基因组组装的基因组分析流程组装

国内团队：人类微生物组研究设计、样本采集和生物信息分析指南（综述）

本文讨论了用于微生物组研究的研究设计、样本收集、统计方法和生物信息学分析方法。在“研究设计”部分，强调了研究设计的重要性，特别是设计方案、样本量计算以及用于提高研究可靠性的多种措施。在“统计分析”部分，介绍了详细的多重比较P值校正方法。选择合适的统计方法对于准确解释微生物组数据很重要。最后，“生物信息学分析”部分介绍了用于分析微生物组数据分析的方法。对于微生物组研究而言，严谨的研究设计在获得有意义的结果方面具有举足轻重的作用，而适当的统计方法对于准确解释微生物组数据非常重要。循序渐进的分析流程为研究者掌握最新生物信息学分析方法提供了帮助。通过阅读这篇文章，研究者能获得研究设计、样本采集和生物信息分析等全方位的微生物组学知识。

微生物组研究设计统计分析样本量生物信息分析

刘永鑫等：微生物组数据分析从入门到精通（综述）

Protein & Cell今年再与热心肠研究院合作，邀请7位智库专家合作撰写了微生物组专刊第二期。本篇来自中科院遗传发育所工程师、宏基因组公众号创始人、热心肠智库专家刘永鑫博士主笔，系统的总结了微生物组数据分析的基本思想、基本步骤，提出了可重复分析的基本要求和实现方法，同时提供了目前较新的扩增子、宏基因组分析流程供参考，是目前不可多得的微生物组数据分析学习资源，无论是入门，还是本领域多年的老司机，都会有不同的收获和体验。

扩增子宏基因组微生物组生物信息分析流程

细菌生长速率

Science子刊：基于宏基因组推断菌株原位的生长速率

细菌生长速率的计算是宏基因组研究中的热点问题，之前报导过2018年《Nature Communication》发表的GRiD方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1096045434）和《Nature Methods》发表的DEMIC方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1042256665），最近Science子刊提出的SMEG方法 https://github.com/ohlab/SMEG 可以更好的计算菌株的原位生长速度，软件提供Github源代码和Bioconda的安装方式，方便用户使用。

细菌生长速率宏基因组分析工具生物信息学分析流程 Yufeng Jane Tseng

宏基因组分析工具

可跨地区和不同研究的宏基因组整合分析和功能比较流程

来自麻省理工大学Bonnie Berger课题组（近2万引用的生物大佬）最近在《Genome Biology》（IF > 14）杂志上发表整合宏基因组功能注释和比较流程，可实现跨地区、不同实验差异较大研究的整合分析，同时比现有工具功能注释更全面，对开展宏基因组数据整合分析的用户，值得关注。

宏基因组分析工具 Comparative functional metagenomics Functional profiling Metagenomic binning Alignment-free binning

Nature子刊：全新的微生物组分析平台QIIME 2正式发布

引用1.7万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。本月底将发布2019.7版本，年底发布2019.10版本，配套中文文档和视频教程也将在宏基因组公众号陆续更新，详见延伸阅读。

微生物组 QIIME2 软件刘永鑫白洋

Prokka细菌基因组和宏基因组基因注释流程

Prokka是一个神奇的软件，只有一个作者，发表5年引用3千多次可谓神作。目前在细菌菌组、宏基因组领域有非常广泛的应用。

基因注释细菌基因组软件分析流程生物信息