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文章数：5篇

国内团队：从宏基因组中识别质粒的工具

香港城市大学孙燕妮团队开发了一种质粒检测工具（PLASMe），它充分利用了基于比对和学习的方法的优势：其中的比对组件可以很容易地识别已知质粒，而使用Transformer 模型可以识别远源的质粒，作者在Github上提交了相关代码，使用指南，和测试数据，网址为https://github.com/HubertTang/PLASMe。

质粒检测比对组装蛋白簇宏基因组

批判性评估

Nature子刊：CAMI2宏基因组分析评测第二阶段成果

在过去的二十年里，宏基因组学的进步极大地增加了我们对微生物世界的了解，并加强了数据分析技术的发展，这就需要对这些方法进行公正和全面的评估，以确定该领域的最佳实践和开放挑战，本研究描述了第二轮 CAMI 挑战的结果，在其中，作者评估了程序在更大、更复杂的数据集上的性能和进展，包括长读长数据和进一步的性能指标，例如运行时间和内存使用。CAMI数据集获取地址：https://data.cami-challenge.org/participate（包括金标准、基于基准数据创建的组装基因组、NCBI分类信息和NCBI RefSeq、nt和nr的参考序列集合）。

批判性评估长读长组装复杂数据集 CAMI

宏基因组测序

SCAPP：组装宏基因组质粒的Python包

本研究开发了 SCAPP（一个易于使用的 Python 包），可以从宏基因组样本中组装完整的质粒序列。SCAPP 以 Recycler 算法的一些关键思想为基础，同时通过整合有关质粒的生物学知识改进质粒组装。在大多数情况下，它的性能优于现有的宏基因组质粒组装软件，SCAPP 是开源软件，可从以下网址获得：https://github.com/Shamir-Lab/SCAPP。

宏基因组测序组装质粒算法 Python

鸟枪宏基因组测序

Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

在本方法中，作者使用 Almeida 等人探索的宏基因组数据集的一个子集展示了从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组的流程。作者简要讨论了这些方法如何应用于其对人类皮肤菌群的研究。本方法的重点主要是工具的具体应用，而不是讨论工具的所有可能的输入和输出。在故障排除部分，作者还讨论了可能出现的部分问题，但作者预计其他问题可以在与每个工具关联的 GitHub 问题部分中解决，或者如果适用，在与此方法关联的 GitHub (https://github.com/Finn-Lab/MAG_Snakemake_wf ）。

鸟枪宏基因组测序原核基因组宏基因组组装的基因组分析流程组装

种子微生物

COM：一文彻底读懂植物的种子菌群（综述）

一文读懂，必是最值得阅读的综述，推荐。

种子微生物菌群组成传播方式组装生态模式