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国内团队：从宏基因组中识别质粒的工具

香港城市大学孙燕妮团队开发了一种质粒检测工具（PLASMe），它充分利用了基于比对和学习的方法的优势：其中的比对组件可以很容易地识别已知质粒，而使用Transformer 模型可以识别远源的质粒，作者在Github上提交了相关代码，使用指南，和测试数据，网址为https://github.com/HubertTang/PLASMe。

质粒检测比对组装蛋白簇宏基因组

宏基因组学

Metalign: 一款快速、准确的宏基因组定量软件

宏基因组分析，预测样品中微生物的存在和相对丰度，是微生物组分析中至关重要的第一步。传统的比对工具如bowtie、bwa等速度太慢，而只基于k-mer的salmon、kraken等速度快但又不够准确。本文提出了一种新颖的方法Metalign，结合了k-mer和比对两种方法，该方法可以执行高效且准确的基于比对的宏基因组分析。作者使用一种新颖的控件最小哈希(containment min hash)算法在比对之前对参考数据库进行预过滤，然后处理唯一对齐和多对齐的读长，以产生准确的丰度估计。在真实数据集和模拟数据集的性能评估中，Metalign是目前综合优势最好的比对定量工具。

宏基因组学丰度估计比对分析定量