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文章数：9篇

宏基因组数据分析

Nature子刊：使用Kraken套件进行宏基因组数据分析

测序数据的生信分析对于准确和完整表征微生物群落至关重要。为促进宏基因组分析的高效性和可重复性，近日发表在Nature Protocols的研究，作者开发了Kraken suite（含Bowtie2、Kraken2、Bracken、Pavian等软件）用于宏基因组数据分类、量化和可视化的流程。该流程可很好应用于对给定的宏基因组数据中物种的定量分析，也可对人类患者临床样本进行致病菌检出分析，特别适合熟悉Unix命令行环境的相关人员，值得尝试。

宏基因组数据分析软件研究论文基础研究生物信息学流程

VirSorter2：病毒组鉴定软件升级版发布

本文介绍了VirSorter2，这是一种DNA和RNA病毒识别工具，可利用自定义自动分类器集合中的基因组信息数据库更新来提高病毒序列检测的准确性和范围。通过多分类器和模块化设计，VirSorter2展示了主要病毒组之间更高的整体准确性，并将提高我们对各种生态系统中的病毒进化，多样性和病毒-微生物相互作用的了解。VirSorter2可以对测序数据中的所有类型的病毒进行可靠的检测并可以在大规模数据集中轻松检测到新的病毒多样性。这将使研究人员能够调查所有病毒在地球生物群系中所扮演的角色，并更好地了解这些病毒是如何限制基本微生物过程的。VirSorter2的源代码可以免费获得(https://bitbucket.org/MAVERICLab/virsorter2)。

RNA病毒分类器病毒组 DNA病毒软件

细菌基因组

Nature子刊：分析微生物基因组群体内遗传多样性的软件inStrain

同一物种共存的微生物细胞往往表现出遗传变异，可影响从营养偏好到致病性的表型。在这里，作者介绍了inStrain这个程序，该程序使用宏基因组配对读长来分析整个基因组中的种群内遗传多样性（微生物多样性），并以一种具有微生物多样性意识的方式比较菌群，从而大大提高了以现有方法为基准的基因组比较的准确性。inStrain可以应用于任何宏基因组数据集，以进行微观多样性分析和严格的菌株比较。

细菌基因组泛基因组生物信息软件菌株多样性

微生物组分析工具

新算法改进稀疏型微生物组数据与表型的关联分析

探索微生物组与宿主表型的关联，以及揭示微生物与宿主的互作机制是整个领域关注的重大科学问题。然而由于微生物组数据通常稀疏性较强，现在关联分析工具一般无法得到理想的结果。本文提出了一种新型算法MiHC有效改善微生物组数据与表型的关联结果，该软件采用R语言编写，可访问 https://github.com/hk1785/MiHC 安装，使用方便；相信该软件的应用可对本领域有一定推动作用。

微生物组分析工具 Microbiome association studies microbial ecology Adaptive association analysis Higher criticism

Nature子刊：全新的微生物组分析平台QIIME 2正式发布

引用1.7万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。本月底将发布2019.7版本，年底发布2019.10版本，配套中文文档和视频教程也将在宏基因组公众号陆续更新，详见延伸阅读。

微生物组 QIIME2 软件刘永鑫白洋

生物信息学工具

FEAST: 快速准确的微生物来源追溯工具

在微生物来源分析中，随机森林和基于贝叶斯的SourceTracker（https://mp.weixin.qq.com/s/18U5YmzEPpCBsZJBYxwCkw）有较广泛应用，如（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1051090487），但运行速度和准确度一直不尽人意。基于模拟数据测试，本软件的优势是与之前的方法相比即快又准。此外在婴儿和厨房的自然样本数据中，也看到了较合理的结果。此外它也可应用于分类诊断中的应用，也比JSD和UniFrac方法更准确。同时提出了将未知来源比例可能用于疾病恢复过程中的诊断指标。方法到底多好用，还需要在更多的实战项目中检验。关于此文的详细解读和新闻报导，详见宏基因组公众号（https://mp.weixin.qq.com/s/NL68sMIYL_vhBxGa91bFpg）

生物信息学工具 R包软件 Marja K Puurunen Marja K Puurunen

Nature子刊：Salmon不比对快速定量宏基因组基因

传统的定量工具采用比对的方法，对于人类几万个基因都需要消耗几小时，而面对微生物组动辄千万的基因更是费时费力。Salmon的非比策略具有速度上的极大优势，同时不会生成传播的巨型SAM格式比对文件。Salmon又是体现了出版平台对文章引用存在巨大影响的例子，该软件2015年发布在BioRxiv上面，两年只有10次引用，截止目前4年也仅有37次引用。而文章被Nature Methods接收发表后，短短两年引用高达1000多次，相同时间内引用量相差高达百倍，可见这28分的杂志确实获得了同行的广泛关注。

生物信息宏基因组基因定量软件算法

Prokka细菌基因组和宏基因组基因注释流程

Prokka是一个神奇的软件，只有一个作者，发表5年引用3千多次可谓神作。目前在细菌菌组、宏基因组领域有非常广泛的应用。

基因注释细菌基因组软件分析流程生物信息

Prodigal鉴定细菌基因组和宏基因组中的基因

由橡树岭国家实验室计算生物学与生物信息学小组开发的Prodigal是原核生物基因鉴定的流行软件，引用3千多次可谓神作。而且此软件被众多分析流程整合，如抗生素抗生基因鉴定rgi、分箱结果去冗余drep（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1066969984）、宏基因组流程anvio、基因注释流程prokka（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1076111428）、基因组质量评估checkm-genome、分箱流程das_tool（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1036660372）、基因簇鉴定antismash等，引用被严重低估。目前在细菌菌组、宏基因组领域有非常广泛的应用。

基因预测软件细菌基因组宏基因组 Jiachao Zhang