宏基因组数据分析

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宏基因组数据分析

文章数：7篇

宏基因组数据分析

Nature子刊：使用Kraken套件进行宏基因组数据分析

测序数据的生信分析对于准确和完整表征微生物群落至关重要。为促进宏基因组分析的高效性和可重复性，近日发表在Nature Protocols的研究，作者开发了Kraken suite（含Bowtie2、Kraken2、Bracken、Pavian等软件）用于宏基因组数据分类、量化和可视化的流程。该流程可很好应用于对给定的宏基因组数据中物种的定量分析，也可对人类患者临床样本进行致病菌检出分析，特别适合熟悉Unix命令行环境的相关人员，值得尝试。

宏基因组数据分析软件研究论文基础研究生物信息学流程

古生物基因

可鉴别古生物DNA的新工具

新开发的FALCON-meta宏基因组分析平台可通过比对DNA损坏程度，鉴别样品中序列来自古生物还是现代生物DNA污染，对降低古生物宏基因组序列噪音具有重要作用，值得参考。

古生物基因 ancient DNA composition analysis polar bear metagenomics

生物信息学

MGX框架——宏基因组分析的新方法

来自Microbiome的最新研究，介绍了一种用于宏基因组数据分析的新方法——MGX框架，整合了超过30种常用分析流程，并提供了可视化工具，功能优于大多数现有平台及工具。

生物信息学宏基因组数据分析 metagenomics Microbial community analysis next-generation sequencing

生物信息学

宏基因组基因丰度分析，哪种方法更好？

BMC Genomics上发表的最新研究，基于真/假阳性率等参数，对多种分析宏基因组基因丰度的方法进行比较，推荐专业人士阅读。

生物信息学宏基因组数据分析 false discovery rate Gene abundances High-dimensional data

Medicine：益生菌帮助预防儿童呼吸道感染？

① 系统性回顾共23个包含了6269名（新生-18岁）儿童的随机对照试验，对益生菌在儿童呼吸道感染的疗效进行meta分析；② 结果显示益生菌显著降低了至少有过一次呼吸道感染的儿童的数量；③ 服用益生菌的儿童呼吸道感染天数、由于感染而请假的天数均显著低于安慰剂组；④ 然而，服用益生菌或安慰剂的儿童疾病发作时间并无显著差异。（MC特别说明：益生菌功能是菌株特异性的，非本研究所用菌株声称本文提及的功能，不是不严谨就是伪科学！）

益生菌随机对照试验呼吸道感染宏基因组数据分析 Tamas Dolowschiak

生物信息学

秦楠+崔玉军：研究微生物组必备的生物信息学工具

秦楠博士、崔玉军博士及团队最新综述，系统介绍研究微生物组要用到的生物信息学工具。

生物信息学宏基因组数据分析 Tina Amirtha Tina Amirtha

宏基因组数据分析

Cell：人肠道菌群中菌株水平的拷贝数差异

① 开发一种新的基于shotgun宏基因组数据的细菌种内拷贝数变异分析方法； ② 可分析出肠道菌群菌株水平的基因拷贝数变异； ③ 拷贝数变异在肠道细菌中十分常见； ④ 拷贝数变异大多数与环境相关的功能有关，且常常与疾病相关； ⑤ 通过菌株水平的种群结构鉴定出已知与未知的菌株。

宏基因组数据分析基因拷贝数菌株水平菌株差异性拷贝数变异