RNA病毒

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文章数：11篇

Cell：全球RNA病毒组的扩展揭示出新的进化分支

噬菌体在人类肠道微生物组的生态学中具有重要作用，但在参考数据库中的代表性不足。2021年，美国劳伦斯-伯克利国家实验室Nikos C. Kyrpides等人，对11810个人类粪便样本的宏基因组进行大规模的病毒基因组组装，构建了宏基因组肠道病毒目录（包含189680个病毒基因组草图）。近日，Nikos C. Kyrpides联合其他研究人员在Cell发表最新研究，通过挖掘5150个不同的宏转录组，鉴定出超过250万个RNA病毒重叠群，鉴定出2个新的噬菌体门和多个噬菌体纲、目，极大地的扩展了噬菌体的进化分支。总之，目前对全球RNA病毒的采样远远没有达到饱和，未来仍需进一步整合，提高我们对RNA病毒圈的认识。

RNA病毒宏转录组研究论文基础研究病毒组

香港城市大学：高准确度病毒株识别工具VirStrain

病毒的毒株层面分析可以为病毒的定性以及流行病学研究提供重要的信息，在本研究中，香港城市大学孙燕妮团队开发了VirStrain，一个以二代测序数据与参考数据库为输入，以 (已知的) 病毒菌株组成为输出的毒株识别工具。作者在多个模拟与真实数据集上测试了VirStrain的性能，结果表示，VirStrain在灵敏度和准确度方面都优于目前较为流行的毒株识别工具或病毒单倍型重构工具。VirStrain 的源代码可在 https://github.com/liaoherui/VirStrain 免费获得。

RNA病毒菌株水平分析 k-mer

Cell子刊：DHX15控制RNA病毒诱导的肠道炎症

RNA解旋酶作为病毒RNA感受器，在先天性免疫中发挥重要作用。Cell Reports上发表的一项最新研究，发现肠道上皮细胞中的RNA解旋酶——DEAH-box解旋酶（DHX15）可感知RNA病毒，并招募NLRP6以促进炎性小体的活化及组装，从而促进IFN-β、IFN-λ3及IL-18的产生。同时，肠道上皮细胞特异性缺失DHX15的小鼠在RNA病毒感染后表现出更严重的肠道炎症，提示DHX15对于抑制RNA病毒诱导的肠道炎症是必需的。

Dhx15 研究论文基础研究啮齿动物（小鼠） RNA病毒

国内团队揭示海洋无脊椎动物RNA病毒的遗传多样性

2021年5月6日，国际重要学术期刊《中国科学：生命科学》（SCIENCE CHINA Life Sciences）在线发表了中国科学院上海巴斯德研究所崔杰研究组题为“Virome in Marine Ecosystems Reveal Remarkable Invertebrate RNA virus Diversity”的最新研究成果。结合基因组结构和统计学分析，该团队展示了丰富的海洋病毒遗传多样性和病毒基因组可塑性，揭示了不同海域间、不同宿主类别间可能存在的病毒传播现象。整体而言，该研究通过解析海洋无脊椎动物RNA病毒组，描绘病毒生态圈，为海洋RNA病毒的起源、进化、传播提供了重要见解。

海洋水生无脊椎动物 RNA病毒进化宿主共享

VirSorter2：病毒组鉴定软件升级版发布

本文介绍了VirSorter2，这是一种DNA和RNA病毒识别工具，可利用自定义自动分类器集合中的基因组信息数据库更新来提高病毒序列检测的准确性和范围。通过多分类器和模块化设计，VirSorter2展示了主要病毒组之间更高的整体准确性，并将提高我们对各种生态系统中的病毒进化，多样性和病毒-微生物相互作用的了解。VirSorter2可以对测序数据中的所有类型的病毒进行可靠的检测并可以在大规模数据集中轻松检测到新的病毒多样性。这将使研究人员能够调查所有病毒在地球生物群系中所扮演的角色，并更好地了解这些病毒是如何限制基本微生物过程的。VirSorter2的源代码可以免费获得(https://bitbucket.org/MAVERICLab/virsorter2)。

RNA病毒分类器病毒组 DNA病毒软件

“可爱”背后：企鹅可能也是重要病毒库

有观点认为企鹅等南极动物面临的病原体暴露压力较低，导致其在其它环境中的疾病易感性增强。《ISME Journal》上发表的一项最新研究，对3种南极企鹅的体内及体表寄生虱的RNA病毒组进行了测序分析，发现企鹅携带的RNA病毒多样性与其它区域（如澳大利亚）的水鸟类似，提示企鹅也是重要的病毒储存库。

病毒组 community ecology microbial ecology Molecular ecology Phylogenetics

武汉新型冠状病毒

中科院揭示武汉新型冠状病毒的进化和潜在传染机制

2020年1月21日，中国科学院上海巴斯德研究所郝沛研究员、军事医学研究院国家应急防控药物工程技术研究中心钟武研究员和中科院分子植物卓越中心合成生物学重点实验室李轩研究员合作，在SCIENCE CHINA Life Sciences（《中国科学：生命科学》英文版），在线发表了题为“Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission”的论文。该论文分析阐述了引起近期武汉地区肺炎疫情爆发的新型冠状病毒的进化来源，及与导致2002年广东“非典”疫情的SARS冠状病毒、“中东呼吸综合征”MERS冠状病毒的遗传进化关系，并通过对武汉的新型冠状病毒spike-蛋白的结构模拟计算，揭示了武汉新型冠状病毒spike-蛋白与人ACE2蛋白作用并介导传染人的分子作用通路。该成果评估了武汉新型冠状病毒的潜在人间传染力，为尽快确认传染源和传播途径、制定高效的防控策略提供了科学理论依据。

武汉新型冠状病毒 RNA病毒 spike基因 S-蛋白 ACE2蛋白

Nature子刊：低成本的靶向富集病毒的宏基因组测序方法（MSSPE）提高病毒诊断效率

本文开发了带有靶向引物富集（MSSPE）的宏基因组测序，该方法可富集目标RNA病毒序列，同时保留对其他病原体的宏基因组敏感性。本文对14种不同病毒的进行了评估，结果显示，与仅用mNGS相比，其基因组含量增加了10倍，平均值覆盖度增加了47%(±16%)。值得注意的是，利用MSSPE成功富集了未被预先特异性靶向的重新出现和/或共感染病毒(包括Powassan和Usutu)的序列。MSSPE简单，低成本，快速并且可部署在台式或便携式纳米孔测序仪上，从而使该方法直接适用于诊断实验室和现场使用。

加标引物宏基因组测序病毒诊断 mNGS RNA病毒

抗病毒免疫

国内团队：补充D-葡糖胺或能增强抗RNA病毒免疫力

北京药理和毒理学研究所和国家生物医学分析中心团队近期在Cell Reports发表研究，在小鼠中揭示了线粒体抗病毒信号蛋白（MAVS）的O-GlcNAc修饰在抗RNA病毒免疫中的重要作用，并发现常见膳食补充剂D-氨基葡萄糖（葡糖胺）可通过调节MAVS的O-GlcNAc修饰，增强小鼠对人流感病毒等多种RNA病毒感染的抵抗力。

抗病毒免疫 RNA病毒蛋白修饰葡糖胺膳食补充剂

土壤病毒组：新希望

作为微生物群落的重要成员，病毒可影响微生物死亡率、养分循环和食物网动态等。当前，关于病毒群落的认识多来自海洋系统，但是有证据表明在土壤中同样重要。

病毒组宏基因组 CRISPR RNA病毒农业生态系统

复旦+疾控中心：利用宏基因组学深入研究RNA病毒

复旦大学和中国疾控中心的张永振教授主笔，在3月8日Cell微生物专刊发表评论文章，讨论了如何用宏基因组学拓展对RNA病毒的认知，着重探讨了RNA病毒的多样性、其基因组多样性和演化、与宿主间的相互作用等方面，值得专业人士关注。

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