菌株水平分析

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菌株水平分析

文章数：10篇

香港城市大学：高准确度病毒株识别工具VirStrain

病毒的毒株层面分析可以为病毒的定性以及流行病学研究提供重要的信息，在本研究中，香港城市大学孙燕妮团队开发了VirStrain，一个以二代测序数据与参考数据库为输入，以 (已知的) 病毒菌株组成为输出的毒株识别工具。作者在多个模拟与真实数据集上测试了VirStrain的性能，结果表示，VirStrain在灵敏度和准确度方面都优于目前较为流行的毒株识别工具或病毒单倍型重构工具。VirStrain 的源代码可在 https://github.com/liaoherui/VirStrain 免费获得。

RNA病毒菌株水平分析 k-mer

国内团队：肝硬化患者中，普氏栖粪杆菌存在菌株差异

目前的肠道菌群宏基因组研究，主要还停留在菌种水平上。军事医学研究院应晓敏团队近期在mSystems发表研究，在菌株水平上分析了普氏栖粪杆菌（又称柔嫩梭菌）在肝硬化患者和健康人间的差异，提示应更多地关注菌株水平的宏基因组研究。

肝硬化肠道菌群宏基因组普氏栖粪杆菌菌株水平分析

粘膜相关菌群

在菌株水平分析克罗恩病患者的黏膜相关菌群

黏膜相关菌群被认为是克罗恩病的潜在驱动因素，但较低的菌群密度及人体DNA的干扰限制了对黏膜相关菌群的研究。ISME Journal上发表的一项最新研究，通过体外厌氧培养+宏基因组测序相结合的方式，对克罗恩病患者的黏膜相关菌群进行了菌株水平的深入分析，发现克罗恩病患者的粘膜相关菌群具有高度个体化的分类群及功能特征。

粘膜相关菌群研究论文基础研究克罗恩病菌群培养

动物共生菌群

Nature子刊：蜜蜂肠道菌群，菌株水平见差异

蜜蜂肠道菌群的结构较为简单，在高分类水平上具有保守性，但是菌株水平的个体差异显著。本研究利用蜜蜂菌群，指出对于肠道菌群的研究需要从结构研究向功能研究发展，指出了在菌株水平进行研究的必要性，值得参考。

动物共生菌群蜜蜂蜜蜂肠道菌群宏基因组测序动物实验

在菌株水平深入分析孕期不同部位菌群的变化

孕期菌群与孕妇和胎儿的健康有密切关系，但目前对于孕期菌群变化的研究，主要是采用分辨率相对较低的16S rRNA测序技术，缺少更为深入的研究。Genome Research近期发表的一项研究，用宏基因组测序+组装技术，在菌株水平深度分析妊娠过程中，母体阴道、肠道和口腔菌群的动态变化，相关方法和发现值得专业人士关注。

孕期菌群宏基因组测序阴道菌群口腔菌群肠道菌群

母婴肠道细菌传递

Cell子刊：孩子继承母亲的肠道细菌有什么规律？

Cell Host and Microbe刚刚上线的另一项母婴菌群传递的研究中，在44对母婴中，在菌株水平揭示了母亲向孩子传递肠道细菌的两种主要模式及决定因素，并分析了抗生素耐药基因在母婴间传播的情况。

母婴肠道细菌传递菌株水平分析抗生素耐药基因 gut microbiome Cristina Palacios

Cell子刊：婴儿的菌群发育，母亲的直接贡献很大

Cell Host and Microbe刚刚上线一项母婴菌群纵向传递的研究，结合宏基因组学和菌株水平的计算方法，表明母亲身体多个部位的菌群参与了婴儿口腔和肠道菌群的发育，其中母亲的肠道菌群贡献最大，婴儿自身的生理环境选择也对菌群塑造有重要作用。

婴儿菌群母婴传播菌株水平分析 Infant microbiome Shotgun metagenomics

菌株水平分析

TR：如何挖掘人类微生物组的更精确特征？（综述）

一篇重要的综述，对量化菌株组成和变化，检测和鉴定稀有微生物物种，链接特定基因到单个类群，并更精确鉴定微生物组功能和动力学的各种方法学进行详细介绍，必读！

菌株水平分析菌株高分辨率特征 Yuhui Li Yehao Liu

菌株水平分析

赵立平：菌株水平分析，了解菌群与疾病关系的正道

啥也不说了，赵立平老师经常在咱们群里说的菌株水平分析，现在他写的系统性论述出来了，快传播分享并学习吧！

菌株水平分析宏基因组代谢组基因组草图多组学分析

尿路致病性大肠杆菌

Cell Reports：菌株水平研究的新方法

新方法，又可以在宏基因组数据中分析出新结果。

尿路致病性大肠杆菌坏死性小肠结肠炎早产婴儿宏基因组测序菌株水平