k-mer

搜索
登录

k-mer

文章数：6篇

重庆医科大学开发兼顾原核生物和病毒的宏基因组物种组成分析软件KMCP

本研究开发了一款新的宏基因组物种组成分析软件KMCP，它使用改进的COBS（紧凑的位分片签名索引）数据结构来对微生物参考基因组进行索引，并结合k-mer相似性与基因组覆盖信息来提高宏基因组物种组成分析的准确性。KMCP数据库构建的高效性和序列搜索的可扩展性使得KMCP能有效的利用日益增多的参考基因组。KMCP由Go语言实现，提供Linux、Windows、macOS操作系统的amd64和arm64架构的静态链接可执行程序，用户只需要下载解压，开箱即用，也可通过conda安装。

原核生物病毒宏基因组物种组成 k-mer

香港城市大学：高准确度病毒株识别工具VirStrain

病毒的毒株层面分析可以为病毒的定性以及流行病学研究提供重要的信息，在本研究中，香港城市大学孙燕妮团队开发了VirStrain，一个以二代测序数据与参考数据库为输入，以 (已知的) 病毒菌株组成为输出的毒株识别工具。作者在多个模拟与真实数据集上测试了VirStrain的性能，结果表示，VirStrain在灵敏度和准确度方面都优于目前较为流行的毒株识别工具或病毒单倍型重构工具。VirStrain 的源代码可在 https://github.com/liaoherui/VirStrain 免费获得。

RNA病毒菌株水平分析 k-mer

单核苷酸多态性（SNPs）

Nature子刊：使用GT-Pro快速准确地对人体肠道菌群进行宏基因分型

本研究开发了GenoTyper for Prokaryotes(GT-Pro)，这是一套对来自基因组的 SNP 进行编目，并使用独特的 k-mers 对来自宏基因组的这些 SNPs进行快速基因分型的方法，与使用读长对齐的方法相比，GT-Pro 更准确，速度快两个数量级，作者构建了一个GT-Pro数据库，基于大约25,000个宏基因组样本，并展示了GT-Pro如何用于数千种菌群的菌株水平探索。

单核苷酸多态性（SNPs）读长覆盖率 k-mer 肠道菌群宏基因组

变体自动编码器（VAMB）

Nature子刊：宏基因组的分箱和组装的新方法

丹麦哥本哈根大学Simon Rasmussen课题组的最新研究利用深度变体自动编码器（VAMB）改进了宏基因组的组装。该项研究成果发表在2021年1月4日出版的《自然-生物技术》上。其通过将宏基因组分箱与无监督的深度学习相结合，作者展示了在不同类型和大小的数据集上与最先进的方法相比的改进。他们的发现的重要性不局限于微生物组和宏基因组学领域，因为数据集成是许多生命科学研究领域的核心过程。通过跨多个组学数据集的数据集成，将大大提高精密医学领域的未来发现。

变体自动编码器（VAMB） k-mer 序列丰度平均核苷酸同一性（ANI）深度学习

宏基因组学

孙凤珠等：从宏基因组数据中更有效“捞出”病毒数据的方法

这是美国南加州大学孙凤珠团队开发的机器学习方法，能够在宏基因组数据中更准确鉴定出病毒数据，很酷的生物信息学突破，特别推荐！

宏基因组学病毒序列生物信息学工具机器学习肝硬化

Kraken：超快的宏基因组序列物种注释工具

Kraken是物种注释中最快，最庞大的存在，其超快的速度受到大家的喜欢，但标准版超大的内存消耗也非常恐怖。现在已经开发一系列子版本和新版本，如小内存的miniKraken，基于非冗余K-mer的KrakenUniq，还有最的版Kraken2。之前日报介绍过的相关方法有《一个新的宏基因组分类器KrakenUniq》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1079174335）、《Bioinformatics：大幅提高宏基因组分类速度的新算法！》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1058091428）、《MGS-Fast：快速注释菌群宏基因组测序数据的方法》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1068195517）、以及针对临床检测的《PAIPline：鉴定致病菌的临床测序结果分析平台》（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1055280911）等可供用户根据具体需求进行选择。

宏基因组宏基因组序列分类物种分类 k-mer metagenomics