原核生物

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文章数：4篇

重庆医科大学开发兼顾原核生物和病毒的宏基因组物种组成分析软件KMCP

本研究开发了一款新的宏基因组物种组成分析软件KMCP，它使用改进的COBS（紧凑的位分片签名索引）数据结构来对微生物参考基因组进行索引，并结合k-mer相似性与基因组覆盖信息来提高宏基因组物种组成分析的准确性。KMCP数据库构建的高效性和序列搜索的可扩展性使得KMCP能有效的利用日益增多的参考基因组。KMCP由Go语言实现，提供Linux、Windows、macOS操作系统的amd64和arm64架构的静态链接可执行程序，用户只需要下载解压，开箱即用，也可通过conda安装。

原核生物病毒宏基因组物种组成 k-mer

Nature子刊：SeqCode—基于序列数据描述的原核生物命名规则

目前，仍然存在多数的原核生物不能通过纯培养获得，无法通过国际原核生物命名法 (ICNP) 的规则和建议命名，严重阻碍了微生物学科间的交流。近日，美国内华达大学研究人员在Nature Microbiology发表最新研究，他们开发了SeqCode，通过SeqCode Registry运行（https://seqco.de/），可以根据原核生物基因组序列进行命名的规则和新网站。SeqCode可对分离株的基因组、宏基因组组装基因组或单扩增基因组序列对原核生物命名，在名称组成和优先规则方面与ICNP相似。虽然SeqCode可满足更广泛的研究团体的利益，但作者也强调该命名法目的不是要阻碍培养、并且没有提供关于分类群划分的规则或建议。未来，仍需要进一步优化该命名法，以期改善整个微生物科学的交流。

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Microbiome：厌氧分解过程中的噬菌体-原核生物动态变化及互作

清华大学环境学院团队的工作，特别推荐。

噬菌体原核生物污水处理厌氧分解

Nature Reviews：细菌生物钟是怎样维持的？（综述）

细菌有自己的生物钟，但这样的生物钟是如何维持的，已经有了一些研究，这篇综述总结了现有研究，值得一读。

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