病毒

产甲烷古菌是甲烷的主要生产者，甲烷不仅是一种有效的温室气体和生物燃料，还广泛存在于各种环境中，包括动物肠道。然而，关于与产甲烷古菌相关的病毒的性质和功能的了解仍然非常有限。最近在Nature Microbiology杂志上发表的一项研究对与产甲烷古菌相关的病毒进行了全面鉴定，这个庞大的病毒库的鉴定为更好地理解它们在全球范围内调节产甲烷古菌群落的作用，及开发亟需的遗传工具奠定了基础。

病毒产甲烷古菌细菌-病毒互作

原核生物

重庆医科大学开发兼顾原核生物和病毒的宏基因组物种组成分析软件KMCP

本研究开发了一款新的宏基因组物种组成分析软件KMCP，它使用改进的COBS（紧凑的位分片签名索引）数据结构来对微生物参考基因组进行索引，并结合k-mer相似性与基因组覆盖信息来提高宏基因组物种组成分析的准确性。KMCP数据库构建的高效性和序列搜索的可扩展性使得KMCP能有效的利用日益增多的参考基因组。KMCP由Go语言实现，提供Linux、Windows、macOS操作系统的amd64和arm64架构的静态链接可执行程序，用户只需要下载解压，开箱即用，也可通过conda安装。

原核生物病毒宏基因组物种组成 k-mer

新冠

国内团队Nature子刊：新冠预后工具——宿主表型+多界微生物群

Nature Communications近期发表来自香港中文大学黄秀娟团队的文章，对新冠肺炎患者的粪便宏基因组、粪便代谢组学、1呼吸道样本的病毒载量及临床特征进行综合分析，基于宏基因组进行聚类得到两大类，结合宿主的表型可准确预测呼吸道病毒脱落的持续时间，即宿主表型和多界微生物谱或预测新冠肺炎患者的预后。

新冠细菌真菌病毒预后

噬菌体

Nature子刊：噬菌体中无机硫辅助代谢基因的生态学研究

噬菌体硫代谢辅助代谢基因生物地化循环宏基因组

癌症

绘制细菌、病毒和癌症之间的关联图谱

由细菌和病毒引起的宿主组织感染可导致癌症。病毒的致癌机制包括通过基因组整合破坏宿主基因组和致癌病毒蛋白的表达，而细菌致癌的重要机制是慢性炎症。Microbiome近期发表的文章，通过对3025份癌症样本、1000份正常对照的全基因组测序数据进行分析，挖掘其中的病毒和细菌序列，鉴定出一些已知的病毒、细菌和癌症之间的关联，同时也识别出新的关联，提供了一份病毒、细菌和癌症之间联系的详细图谱，为将来的研究和进一步实验验证提供参考。

癌症细菌病毒

胎儿肠道微生物

农科院：多组学分析揭示，羔羊出生前肠道中已定植微生物

长期以来，人们一直认为子宫是无菌的，胎儿微生物群的建立始于出生时。尽管已经在胎盘、羊水、胎膜和胎粪中检测到微生物，但对于分娩前胎儿肠道中是否存在微生物尚无共识。Gut近期发表的来自中国农业科学院刁其玉团队的研究，以羔羊为动物模型，通过对盲肠内容物样本进行宏基因组和宏转录组测序分析，证明胎儿出生前肠道中含有微生物，并且胎儿肠道的微生物定植开始于子宫。这些发现促进了我们对胎儿肠道菌群的理解，并有助于设计临床治疗方案，改善人类健康和治疗与肠道菌群失调相关的疾病。

胎儿肠道微生物多组学分析羔羊肠道微生物微生物代谢物噬菌体

细菌内生孢子

Nature子刊：食用昆虫的健康风险

可食用昆虫是指能用于人类食用的昆虫，昆虫不仅含有丰富的有机物质，例如蛋白质、脂肪、碳水化合物，无机物质如各种盐类，钾、钠、磷、铁、钙的含量也很丰富，还有人体所需的游离氨基酸。但在工业化饲养过程中，不可避免地受到各种微生物的污染，而以孢子形式存在的致病菌是可食用昆虫的主要问题。发表在Nature Food上的的一项研究对黄粉虫和家蟋蟀体内的细菌内生孢子和特定病毒进行了检测，表明存在蜡状芽孢杆菌产生毒素Cereulide的健康风险，而病毒传播风险较低。随着工业昆虫生产方法向自动化和规模化方向发展，建议对本研究中未考虑的其他病毒和昆虫物种进行检测，以充分评估其健康风险。

细菌内生孢子病毒食品安全芽孢杆菌菌株鉴定

婴儿肠道菌群

Nature：婴儿肠道病毒组定植分两步，母乳喂养保护作用显著

建立正常的肠道菌群对于婴儿的健康发育有重要意义，目前相关研究大多聚焦肠道细菌，人们对婴儿肠道病毒组还所知有限。Nature发表的一项最新研究，分析了20名婴儿出生、1月龄和4月龄时的粪便病毒组及其影响因素，并在另外2个超过百人的婴儿队列中进行验证。该研究发现，婴儿肠道病毒组的定植可分为2个阶段：早期以先锋细菌诱导的温和噬菌体为主，之后逐渐出现可感染人体细胞的病毒，而这些病毒在母乳喂养的婴儿中明显较少。这项研究不仅揭示了生命早期肠道病毒组的发展规律，也为母乳喂养的积极作用提供了新的见解。

婴儿肠道菌群病毒组 Microbiome Virology 喂养方式

宏基因组分析工具

分析菌群与疾病关联的新工具MicroPro

宏基因组分析工具菌群-疾病关联性病毒 Jatin Nagpal John F Cryan

抗生素耐药基因

病毒或促进抗生素耐药基因的散播

来自ISME Journal上发表的一项最新研究，对不同环境下不同形式的病毒（噬菌体）中携带的抗生素耐药基因进行了分析。

抗生素耐药基因病毒抗生素耐药基因噬菌体 Ailsa A Welch

病毒

Cell子刊：分泌型非结构蛋白有望用于开发诺如病毒疫苗

诺如病毒感染肠道上皮簇状细胞，导致小鼠产生症状。《Cell Host and Microbe》近期发表研究，发现鼠类诺如病毒分泌的NS1蛋白可抑制肠上皮成簇细胞中IFN-γ介导的免疫应答，促进病毒感染，而且NS1蛋白在小鼠中表现出良好的免疫原性。该结果对于了解诺如病毒感染机制，以及开发相应疫苗具有参考价值。

病毒病毒-宿主互作 IFN-λ NS1 norovirus

粪菌移植(FMT)

病毒（包括噬菌体）在FMT后的定殖发展

粪菌移植（FMT）可用于治疗复发性艰难梭菌感染，其成功通常归功于多样化微生物群的恢复。而病毒（包括噬菌体）是微生物群中数量最多且可能是最多样化的成员，但它们在FMT后的命运尚未得到很好的研究。本文研究了FMT后病毒的定殖发展，追踪个体噬菌体定植揭示了个体噬菌体的植入依赖于特定的供体-受体配对，当考虑FMT作为治疗选择时，病毒对长期微生物动力学的影响是应该考虑的因素。

粪菌移植(FMT) Faecal microbiota transplantation Bacteriophages Viruses Engraftment

病毒

含固氮基因的奇古菌病毒

海洋奇古菌可以氧化氨和固定有机碳，在全球氮循环和碳循环中具有重要作用。一项研究发现，在固氮中发挥关键作用的氨单氧酶（amoC）基因居然存在于奇古菌病毒中。

病毒海洋宏基因组氮循环奇古菌

病毒

Cell子刊：囊泡包裹病毒簇促进了病毒的传播

粪便中隐藏的单个病毒颗粒，被认为是通过粪便-口腔传播引起肠道病毒感染的最优单位。在Cell Host and Microbe上发表的一篇最新文章中，发现包裹于囊泡中的病毒簇更利于病毒的传播，囊泡可能来源于细胞的外泌体及细胞膜。

病毒囊泡外泌体 Tibor Harkany Valentina Cinquina

噬菌体

一文读懂噬菌体与共生菌群和宿主免疫的互作（综述）

Trends in Microbiology近期发表综述，详细介绍了噬菌体与共生菌和宿主免疫间的关联和互作，值得专业人士关注。

噬菌体细菌病毒宿主免疫共生

病毒

高福院士：病毒不断涌现，防控任重道远

中国疾控中心主任高福院士，在3月8日的Cell微生物专刊中发表评论文章，回顾了自1918年西班牙流感大流行后，包括季节性流感、禽流感、SARS和MERS、埃博拉、寨卡等在内的主要病毒流行事件，提出应采取积极应对措施、加强国际合作，以预防未来的病毒爆发。

病毒流行病

病毒

Cell子刊：帮助脊髓灰质炎病毒感染细胞的肠道细菌

这是一项重要的在体外进行的关于特定肠道细菌菌株帮助脊髓灰质炎病毒感染哺乳动物细胞的研究，刚刚发表在Cell Host and Microbe[IF：14.946]上，值得专业人士认真看看。

病毒 Hiten D Patel Hiten D Patel

病毒

JDD：IBD患者肠道真菌及病毒的变化（综述）

这是第四军医大学西京医院团队关于炎症性肠病患者的真菌和病毒的分析，很有参考意义，特别推荐。

病毒炎症性肠病真菌 Saima Basit Heather A Boyd

生命定义

CID：病毒是生命吗？（综述）

这是Clinical Infectious Diseases[IF：8.216]发表的一篇有趣但也充满理性思考的文章，对病毒是否是生命甚至“更准确”的生命观是什么做了深入阐述，作者甚至提出，自己认为蛋白、染色质和质粒都具有生命力（From a materialistic viewpoint, I recently proposed, in a somewhat provocative way, to consider all living biological entities (proteins, chromosomes, plasmids) that participate in a living process to be alive）。观点足够大胆，你接受么？大家都来说说！

生命定义病毒 virocell giant viruses virion

病毒

JCM：病毒组对移植的影响（综述）

这是一篇针对器官移植中病毒组的角色的重要综述，很值得一读，特别推荐。

病毒移植 Shannon M Reilly A R Saltiel

南极土壤

Microbiome：南极土壤中的病毒组

针对南极土壤中病毒组的研究，特别推荐。

南极土壤环境因素病毒 Antarctica Soil

细菌-病毒共进化

TM：肠道细菌和噬菌体的对抗性共进化

难得的关于细菌-噬菌体共进化的文章，强烈推荐。

细菌-病毒共进化病毒

珊瑚礁

Nature Reviews：珊瑚礁里的病毒-宿主互作（综述）

关于病毒-宿主互作的一篇重要综述，研究对象是珊瑚礁，但可推理到其他生物共生体。

珊瑚礁病毒 A Eck A Eck

口腔菌群候选门辐射群真菌病毒细菌

① 三个儿童溃疡性结肠炎患者接受了来自同一个健康供体的粪菌移植（FMT），他们每人的FMT治疗疗程均为22-30个；② 存在于供者体内的病毒序列在受者体内很容易检测到，但并无感染人类细胞的致病性病毒，绝大多数为噬菌体；③ 温和噬菌体复制方式可以促进噬菌体在人群间的高效转移；④ 用于准备和将粪便转移到患者的材料和方法不同，可能会影响病毒传播的可能性，因此，病毒转移的附加特征可以帮助指导开发更安全的FMT。

粪菌移植病毒

共生微生物

共生细菌对肠道病毒感染的影响

① 肠道菌群可通过多种机制直接促进肠道病毒复制，包括通过与细菌表面多糖相互作用稳定病毒粒子（可能增强病毒传播能力）和促进病毒附着在宿主细胞上。② 肠道菌群可通过抑制宿主抗体的产生，或抑制病毒诱导的IFN产生从而逃逸宿主的抗病毒免疫应答反应，间接增强肠道病毒感染。③ 有关肠道菌群和肠道病毒之间相互作用的分子和免疫机制的更多细节将继续被揭示，并将加深我们对哺乳动物宿主与其共生微生物以及病原入侵者之间复杂关系的理解。

共生微生物病毒病毒组 LPS