病毒组

佛山科学技术学院刘庆友、华中科技大学卫华与团队近期在Microbiome发表研究，对来自不同胃肠道部位、不同年龄、不同饲养方式和不同地理位置的268只山羊的497个样本进行了全面的微生物生态结构调查。本研究中的山羊肠道微生物基因组目录通过菌群-宿主相互作用提供了山羊肠道菌群的功能参考蓝图，并为微生物干预提供了途径，以实现更好的山羊营养改善、饲养效率和降低甲烷饲养模式优化奠定了基础。

山羊胃肠道宏基因组组装基因组细菌组病毒组

动物微生物组

张永振团队Cell：多维度、系统性分析野生小型哺乳动物的病毒组

蝙蝠、啮齿动物和鼩鼱是人类传染病最重要的动物传染源。然而，对于它们携带的病毒仍缺乏系统性研究。Cell最新发表了复旦大学张永振团队的一项大型研究，对我国不同自然生境地区野生小型哺乳动物的3个目（翼手目（蝙蝠）、食虫目（鼩鼱）和啮齿目（鼠类））的病毒组，进行了全面、系统、多维度的分析，揭示出不同宿主之间的病毒组差异，分析了这些病毒的多样性、进化生态学、播散规律，以及宿主特征等生态因子如何影响病毒组组成和跨物种病毒传播，并首次发现哺乳动物可能感染节肢动物相关病毒的证据。

动物微生物组病毒组 wild small mammals bats rodents

蚊子

国内团队：详细解析蚊子的病毒组

蚊子传播的致病病毒会引起各种动物和人类疾病以及公众健康问题。蚊子的病毒组受蚊子种类、食物来源和地理区域的影响。海南医学院的夏乾峰、中科院的康乐和姜枫合作在Microbiome发表文章，对海南岛13个县野外捕获的15种成年蚊子的病毒组进行分析，发现相对较小地区的物种特异性病毒群受到病毒种间竞争和食物来源的限制，而大地理区域的蚊子物种的病毒群可能受到蚊子和当地环境因素之间的生态相互作用的控制。

蚊子病毒组

ViroProfiler

用于病毒宏基因组数据分析的新工具ViroProfiler

噬菌体通过调节细菌群落，在大多数生态系统的维持和功能中发挥着核心作用。然而，由于缺乏健全的生物信息学标准，目前对其多样性的理解仍然有限。近日，德国亥姆霍兹慕尼黑中心病毒所Li Deng及团队在Gut Microbes发表最新研究，开发了一种用于病毒宏基因组数据分析的新工具ViroProfiler（https://github.com/deng-lab/viroprofiler），可对病毒组数据进行灵活且可重复的分析，并显著缩短处理时间。此外，ViroProfiler可以大大提高病毒组研究中的数据分析质量，并为更标准化地描述复杂生态系统中的病毒群落奠定新基础，值得关注。

ViroProfiler 病毒组研究论文基础研究生信工具

病毒组

Nature子刊：助力从Hi-C数据中识别高质量病毒基因组新工具—ViralCC

将高通量染色体构象捕获（Hi-C）技术引入宏基因组学，可以从微生物群落中重建高质量的宏基因组组装基因组（MAGs）。尽管最近利用Hi-C测序恢复了多种真核生物、细菌和古细菌基因组，但很少有基于Hi-C数据的工具被设计用于检索病毒基因组。近日，美国南加州大学研究人员在Nature Communications发表最细研究，开发了一种新的基于宏基因组Hi-C数据的开源分箱工具ViralCC（https://github.com/dyxstat/ViralCC），用于恢复高质量病毒基因组及检测病毒-宿主对，并在多种真实和模拟数据中应用，发现其分箱性能较好，值得进一步测试。

病毒组 ViralCC 研究论文基础研究 Hi-C测序

蜜蜂

国内团队：大规模基因组监测揭示中国蜜蜂病毒的流行和进化特征

近年来，蜜蜂的经济和环境价值受到全球蜂群崩溃的严重挑战，这些崩溃通常是由传染病爆发引起。然而，由于缺乏全球范围内的大规模和纵向基因组监测，研究人员对蜜蜂病毒多样性、流行性和传播性的了解在很大程度上是模糊的。近日，中国农业科学院蜜蜂研究所徐书法、山东第一医科大学史卫峰及团队在Microbiome发表最新研究，通过宏转录组测序对中国不同地区有临床症状（爬行或颤抖等）东、西部蜜蜂及体外寄生虫螨约2000样本进行了详细表征，强调了中国两种主要蜜蜂物种中已知致病性蜜蜂病毒的广泛多样性和高流行性和遗传多样性，还鉴别到多种新的病毒并命名，对于未来使用合理干预手段减轻蜜蜂的病毒性传染病非常重要，值得关注。

蜜蜂病毒组研究论文基础研究全基因组

动物菌群

国内团队：滤食性牡蛎体内的病毒组具有明显的多样性和组织性

病毒与宿主相互作用，在海洋环境中起着至关重要的作用。目前的研究大多集中于海水中病毒，关于栖息在海洋动物身上的病毒研究屈指可数。滤食性双壳类动物牡蛎是沿海生态系统中的关键物种，然而它们在海洋病毒传播和沿海菌群调节中的作用尚不清楚。近日，中国水产科学研究院张殿昌、姜敬哲团队在Microbiome发表文章，发现滤食性牡蛎中具有非常多样化和组织良好的病毒组。

动物菌群牡蛎病毒组

病毒组

IMG/VR v4：用于查询未培养病毒基因组多样性和进化史的数据库更新

自2020年11月发布IMG/VR v3后（由18,373个培养的病毒基因组和2,314,329个未培养的病毒基因组组成），最近美国能源部联合基因组研究所研究人员在Nucleic Acids Research发布了新版本的更新，IMG/VR v4提供了从宏基因组获得的最大病毒基因组集合，共包含有1500万个病毒基因组，相比上一个版本，增加了约6倍。同时，IMG/VR v4还更新了病毒序列识别方法，以及相关界面的优化。总之，该数据库拥有迄今为止最大的病毒组集合，有利于研究人员进一步探究病毒进化历史和病毒编码的功能多样性，值得关注。

病毒组数据库研究论文基础研究生物信息学分析

牡蛎

iMeta：国内团队利用病毒组揭示牡蛎体内新型RNA病毒

本研究基于前期获得的牡蛎病毒组数据（DOV），对其中的18条接近全长的RNA病毒基因组进行了深入分析，发现了sobemo-like viruses和Weiviruses之间重组的证据以及两种在牡蛎样本中高丰度且广泛存在的picobirnavirus，研究结果为牡蛎相关病毒研究和病原鉴定提供了重要的参考依据。

牡蛎病毒组新型RNA病毒基因重组噬菌体

RNA病毒

Cell：全球RNA病毒组的扩展揭示出新的进化分支

噬菌体在人类肠道微生物组的生态学中具有重要作用，但在参考数据库中的代表性不足。2021年，美国劳伦斯-伯克利国家实验室Nikos C. Kyrpides等人，对11810个人类粪便样本的宏基因组进行大规模的病毒基因组组装，构建了宏基因组肠道病毒目录（包含189680个病毒基因组草图）。近日，Nikos C. Kyrpides联合其他研究人员在Cell发表最新研究，通过挖掘5150个不同的宏转录组，鉴定出超过250万个RNA病毒重叠群，鉴定出2个新的噬菌体门和多个噬菌体纲、目，极大地的扩展了噬菌体的进化分支。总之，目前对全球RNA病毒的采样远远没有达到饱和，未来仍需进一步整合，提高我们对RNA病毒圈的认识。

RNA病毒宏转录组研究论文基础研究病毒组

病毒组

相比饮食，个体和种族对菌群和病毒组的影响更胜一筹

病毒组饮食干预种族细菌群多组学

肝硬化

肝硬化患者中的肠道细菌组与病毒组的相互作用

肝硬化病毒组细菌-噬菌体互作肝性脑病利福昔明

噬菌体

Cell子刊：噬菌体帮助细菌与宿主共生

有时候，被噬菌体感染，对于细菌来说是件好事，Cell Host and Microbe本期的封面文章就报道了这样一个例子。该研究分析了海绵的病毒组构成，发现其中的大量噬菌体可编码一种锚蛋白，感染细菌后经细菌表达，能减弱海绵宿主的抗细菌免疫，从而促进细菌与宿主共生。这类噬菌体不仅存在于海绵病毒组中，也存在于人体病毒组中。这些发现揭示了噬菌体在共生细菌与宿主互作中的新作用机制。

噬菌体共生海绵先天免疫免疫逃避

噬菌体-细菌相互作用

Cell子刊：揭秘人肠道细菌的CRISPR-Cas系统

噬菌体大量存在于人类肠道，但其与肠道细菌的相互作用有待探究，尤其是在细菌的“免疫系统”CRISPR-Cas系统层面。Cell Host and Microbe近期发表一项研究，对一种常见人肠道细菌——迟缓埃格特菌的CRISPR-Cas系统进行了深入分析，并构建了一个人类病毒组数据库，可用于搜索CRISPR的靶标噬菌体，有助于深入分析肠道细菌与噬菌体的互作机制。

噬菌体-细菌相互作用 CRISPR-Cas系统人体微生物组肠道细菌噬菌体

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：细菌以外的共生微生物

病毒、真菌和古菌也是我们菌群的重要成员，对人类健康有潜在影响。2003年，首次报道了用宏基因组学方法对人类粪便中非培养的病毒组的研究。

Milestones in human microbiota research 宏基因组学病毒组真菌组古菌组

肿瘤

Nature子刊：利用微生物组防治肿瘤的现状与挑战（观点）

生长在我们身体上皮表面的共生细菌和其他微生物被统称为微生物组，其产生的小分子和代谢物对癌症的发生、发展和治疗反应具有局部和系统性的影响。大多数针对微生物组的研究都使用了传统的临床前小鼠模型，并确定了微生物种类与癌症表型之间的相关关系。目前微生物组对癌症治疗（如免疫治疗）效果的影响已引起广泛关注。微生物组研究的下一个挑战将是确定致癌表型的单个微生物种类，并揭示其潜在的机制。发表在Nature Reviews Cancer杂志的这篇观点文章，询问了从事癌症微生物组研究的四名科学家，请他们就该领域的现状、研究方向、以及如何增进我们的理解，从而合理设计基于微生物的治疗方法来改变癌症患者的治疗策略提出自己的观点和意见。

肿瘤微生物组临床前模型临床试验免疫治疗

病毒组

土壤病毒组：新希望

作为微生物群落的重要成员，病毒可影响微生物死亡率、养分循环和食物网动态等。当前，关于病毒群落的认识多来自海洋系统，但是有证据表明在土壤中同样重要。

病毒组宏基因组 CRISPR RNA病毒农业生态系统

肠道病毒

Nature子刊：调控肠道病毒组或可抵御肠道感染

肠道病毒组对于维护肠道稳态也具有重要作用。《Nature Microbiology》近期发表一项研究，发现补充特定病毒可以帮助免疫缺陷小鼠提高肠道病毒感染的能力，且这种抗感染能力可通过共生菌群横向传播进行宿主间转移。该结果强调了肠道病毒在抵御肠道感染中的作用，有助于研究肠道病毒组-宿主互作机制。

肠道病毒肠道感染病毒组肠道病毒感染动物研究

病毒组

香港中文大学Siew C Ng：揭秘溃疡性结肠炎相关的肠粘膜病毒组变化

香港中文大学Siew C Ng团队近期在《Gut》发表研究，发现中国的溃疡性结肠炎患者中，肠粘膜病毒组的结构和功能有显著变化，提示肠道噬菌体在溃疡性结肠炎发病中可能具有重要作用。

病毒组溃疡性结肠炎人体研究病毒组高通量测序

病毒组

Cell子刊：肠道菌群可预测病毒组结构

人类肠道病毒组具有高度变异性。本研究通过比较同卵成年双胞胎的肠道菌群与病毒组多样性之间的关联，发现尽管病毒组具有高度宿主特异性，其结构和多样性与肠道菌群存在对应关系，并强调了噬菌体在肠道病毒组中的核心作用，值得参考。

病毒组人体研究肠道病毒组同卵双胞胎肠道菌群

宏基因组分析方法

Nature子刊：一种新的宏基因组探针设计算法

宏基因组虽然理论上无所不包，但毕竟“尺有所短”。通过CATCH算法设计多重寡核苷酸探针靶向富集宏基因组特定序列，做到有的放矢，大大提高了病毒基因组检测灵敏度。

宏基因组分析方法分子探针病毒组拉沙热方法学

病毒组

病毒组分析，选对软件很关键

迄今为止最完整的病毒组组装软件评测，包含了16个宏基因组组装软件（方法），结果表明SPAdes一致性表现最好。

病毒组 Assembly Bacteriophage Benchmark Comparison

病毒组

噬菌体在结直肠癌（CRC）中的新角色

本文是对粪便病毒组或可诊断结肠癌（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1038562104）的评论，指出了噬菌体在结直肠癌发病中的关键作用，提示了病毒组检测在疾病早期筛查中的潜在价值。

病毒组结直肠癌（CRC）肠道生物膜 Bacteriophage colorectal cancer

结直肠癌

粪便病毒组或可诊断结肠癌

结直肠癌病毒组噬菌体细菌组 Andrew J Prendergast

病毒组

Nature子刊：DOCK8缺陷患者的皮肤病毒组变化

来自Nature Medicine上发表的一项最新研究结果，在27名DOCK8缺陷患者中，分析了患者的皮肤病毒组组成及多样性，并鉴定出了上百种新型病毒基因组，同时对比了患者与健康人的皮肤病毒组差异。

病毒组皮肤病毒组 DOCK8 Deepa R Jamwal Fayez K Ghishan

噬菌体

逆转录因子驱动噬菌体多样性

产生多样性的逆转录因子（DGR）是一种基因盒，可选择性突变噬菌体基因组，产生高突变蛋白。《Microbiome》近期发表研究，报道了新发现的92个DGR，发现其中一种含有DGR的拟杆菌噬菌体广泛分布于共生菌群中，指出DGR的基因突变功能很可能介导了菌群中噬菌体-细菌互作，对于研究病毒组、病毒-细菌互作具有参考价值。

噬菌体噬菌体-病毒互作 Bacteroides Diversity-generating retroelements prophage

病毒组

使用目标序列捕获技术和宏基因组测序检测临床样本中的病毒

宏基因组测序虽然可以获得样本中所有的序列信息，但是直接测序对于低丰度DNA可能并不经济和准确。因此，本文通过先富集后测序的方法，提高了宏基因组测序数据利用率和检测病毒的准确性。

病毒组宏基因组测序临床检测流感病毒艾滋病毒

病毒组

使用菌群 CRISPR 间隔序列研究人病毒组（综述）

CRISPR-Cas 系统中的间隔序列是病毒感染后的印记，因此可以通过分析间隔序列来获得人体不同部位病毒组的管窥之见。在本综述中，作者分别总结分析了肠道、口腔、生殖道和皮肤等不同部位宏基因组中间隔序列暨病毒组的特征，值得相关研究人员参考。

病毒组 CRISPR-Cas systems CRISPR spacers Virome phages

病毒组

西南民族大学：四川农场中与猪呼吸道疾病相关的病毒

猪呼吸道疾病综合征（PRDC）是一种常见的仔猪疾病，给养猪业造成了巨大的经济损失。来自西南民族大学团队在Scientific Reports上发表的一项最新研究，鉴定了四川省商业农场中与猪呼吸道疾病综合症相关的病毒群落。

病毒组猪呼吸道疾病综合症仔猪

病毒组

优化噬菌体组分析流程，解析噬菌体母婴传播

Microbiome近期发表研究，以分析母婴样本为例，对噬菌体组的分析流程进行优化，还开发了分析测序数据的新工具，值得专业人士关注。

病毒组 Gastro intestinal tract Gut microbiota metagenome metagenomics