全基因组

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文章数：7篇

Nature子刊：利用肠道宏基因组测序数据或可重建宿主信息

粪便样本中存在的人类 DNA 会导致肠道鸟枪法宏基因组测序数据中出现少量的人类reads。然而，目前尚不清楚有多少个人信息可以从这些reads中重建出来，而且还没有进行定量评估。近日，日本大阪大学研究人员在Nature Microbiology发表最新研究，从343名日本人肠道宏基因组中重建个人信息。基于人类对肠道宏基因组数据的reads，开发了一种从基因型数据集中重新识别个体的方法。通过计算可能性得分，可有效利用肠道宏基因组中的少量reads，量化肠道宏基因组数据中包含的个人信息，值得关注。

肠道菌群宿主基因信息研究论文基础研究肠道宏基因组

Nature：与衰老相关的转录延伸变化会影响寿命？

在衰老过程中，动物转录组会经历广泛的重塑，转录本表达的大规模变化会影响信号传导、DNA损伤反应、蛋白质稳态、免疫反应和干细胞可塑性。目前尚不清楚转录过程本身是否或在多大程度上影响衰老或受衰老的影响。近日，德国科隆大学研究人员在Nature发表最新研究，通过对不同生物体（线虫、果蝇、小鼠、大鼠和人类）转录过程中与衰老相关的全基因组变化进行研究，发现通过饮食限制和降低胰岛素-IGF信号通路可逆转大多数与衰老相关的变化，值得关注。

转录延伸寿命研究论文基础研究全基因组

刘文俊+刘文君等：暴露于太空环境或会促进益生菌产生荚膜多糖？

太空环境具有强辐射、微重力和超真空的特点，是比其他单一条件更具有诱变性的环境。虽然太空环境极端复杂，但微生物普遍表现出较高的遗传和表型适应性。因此，将微生物暴露在太空中可以产生具有新颖和理想性质的微生物。2020年5月5日，新一代载人飞船试验船发射成功（远地点为7970公里），其中，内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室联合华润江中，搭载鼠李糖乳杆菌Probio-M9随飞行任务至太空参与相关试验，希望经过太空的微重力、高能粒子辐射等复杂环境诱导，产生性状更加优良的益生菌菌株。近日，内蒙古农业大学张和平团队刘文俊、华润江中刘文君及团队在Microbiology spectrum发表了相关研究成果，发现暴露在太空中的部分Probio-M9菌株wze (ywqD)基因会突变，产生荚膜多糖（具有潜在的营养价值和生物活性），并可以稳定遗传。总之，该研究表明空间诱变是一种很有前途的诱导益生菌稳定变化的策略，值得关注。

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国内团队：大规模基因组监测揭示中国蜜蜂病毒的流行和进化特征

近年来，蜜蜂的经济和环境价值受到全球蜂群崩溃的严重挑战，这些崩溃通常是由传染病爆发引起。然而，由于缺乏全球范围内的大规模和纵向基因组监测，研究人员对蜜蜂病毒多样性、流行性和传播性的了解在很大程度上是模糊的。近日，中国农业科学院蜜蜂研究所徐书法、山东第一医科大学史卫峰及团队在Microbiome发表最新研究，通过宏转录组测序对中国不同地区有临床症状（爬行或颤抖等）东、西部蜜蜂及体外寄生虫螨约2000样本进行了详细表征，强调了中国两种主要蜜蜂物种中已知致病性蜜蜂病毒的广泛多样性和高流行性和遗传多样性，还鉴别到多种新的病毒并命名，对于未来使用合理干预手段减轻蜜蜂的病毒性传染病非常重要，值得关注。

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MP：菌群调节小鼠的恐惧记忆

Molecular Psychiatry[IF：13.314]上一项重要的肠脑轴研究，必读！

微生物组杏仁核转录组全基因组恐惧记忆

SR：哪些粪肠球菌菌株具有潜在毒性？

对来自不同身体部位的有着不同致病性的36个粪肠球菌菌株进行了比较基因组学分析，发现致病性和非致病性菌株的基因组有不同，具体什么不同，看看这篇文献。

粪肠球菌毒性全基因组 Ying Liu Lin Ma

肿瘤免疫疗法

JAMA子刊：如何筛选对免疫抑制剂应答的肿瘤患者？（综述）

这篇重要的文章，主要介绍如何通过基因组和转录组的分析，来刷选对免疫检查点抑制剂治疗可能产生应答的肿瘤患者，对关注肿瘤免疫疗法的人来说，这篇文章必读。而其中特别给出一定篇幅强调也必须考虑微生物组的作用，这对群友来说，就都可以必读必读啦！

肿瘤免疫疗法全基因组转录组 CTLA-4 PD-L1