肠道宏基因组

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肠道宏基因组

文章数：13篇

王军+宋默识：从肠道宏基因组中高效挖掘抗癌肽

肠道微生物组在调节宿主健康和疾病方面起着关键作用。作为一个巨大的功能分子库，它在临床应用上具有巨大潜力。其中一个具体的研究领域是寻找抗癌肽（ACPs）作为创新的癌症治疗方法。然而，由于对实验方法的严重依赖，ACPs的发现受到了一定的限制。为了克服这一限制，中国科学院微生物研究所的王军团队与动物研究所的宋默识团队联合在Advanced Science上发表了一项研究。他们采用了一种新的方法，利用ACPs和抗菌肽（AMPs）之间的重叠，通过将成熟的AMP预测方法与宏基因组的挖掘技术相结合，共确定了40种潜在的ACPs，其中两种ACP显示出独特的特征和显著的抗癌活性，且无明显的细胞毒性。这一发现突出了多中心挖掘方法的功效，有效地从肠道微生物组中发现了新的ACPs。这种方法不仅对扩大结直肠癌的治疗方案有帮助，而且对其他类型的癌症也具有重大意义。

抗癌肽肠道宏基因组

Nature子刊：利用肠道宏基因组测序数据或可重建宿主信息

粪便样本中存在的人类 DNA 会导致肠道鸟枪法宏基因组测序数据中出现少量的人类reads。然而，目前尚不清楚有多少个人信息可以从这些reads中重建出来，而且还没有进行定量评估。近日，日本大阪大学研究人员在Nature Microbiology发表最新研究，从343名日本人肠道宏基因组中重建个人信息。基于人类对肠道宏基因组数据的reads，开发了一种从基因型数据集中重新识别个体的方法。通过计算可能性得分，可有效利用肠道宏基因组中的少量reads，量化肠道宏基因组数据中包含的个人信息，值得关注。

肠道菌群宿主基因信息研究论文基础研究肠道宏基因组

肠道宏基因组

Cell子刊：日本人的肠道菌群与饮食及疾病的关联

Cell Genomics上发表的一项最新研究结果，从787个日本人的肠道宏基因组中，重建了近2万个原核生物基因组，以及超过3万个病毒基因组，揭示了肠道细菌及病毒与饮食、种族及疾病的关联。

肠道宏基因组研究论文基础研究

逆转录酶 (RTs)

细菌基因组和宏基因组中逆转录酶的鉴定和分类

目前缺乏用于表征和分类逆转录酶 (RTs) 的工具，本研究中，作者提供了第一个用于预测细菌 RTs 及其类别的工具 myRT，并伴随着基因组邻域信息和可视化。MyRT 既可作为独立软件 (https://github.com/mgtools/myRT) 使用，也可通过网站 (https://omics.informatics.indiana.edu/myRT/) 使用，且通过 https://omics.informatics.indiana.edu/myRT/ 上的 myRT 网络服务器可以轻松访问作者在所有完整细菌基因组中预先计算的假定 RTs 集合。参考基因组和选定宏基因组中的 RTs 预测可在https://omics.informatics.indiana.edu/myRT/collection.php上获得。

逆转录酶 (RTs) 多样性生成逆转录元件 (DGRs) 细菌基因组蛋白质结构域肠道宏基因组

Cell子刊：肠道菌群特征可用于肝硬化的无创诊断

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）等慢性肝病患者中常见肠道菌群失调，这些菌群变化或能用于相关疾病的无创检测。《Cell Metabolism》发表的一项美国研究，分析了NAFLD肝硬化患者粪便样本中的菌群物种、基因通路和代谢物改变特征及其相互关联，用随机森林机器学习方法，鉴定出适用于不同病因、种族和地区人群的通用肝硬化肠道微生物组特征，结合血液指标还能对肝硬化和早期肝纤维化进行区分。该研究说明，粪便微生物组特征可用于肝硬化的无创诊断，且特定的肠道细菌或许可作为防治肝硬化的新靶点。

肝硬化 Microbiome NASH Non-alcoholic steatohepatitis non-alcoholic fatty liver disease

抗生素抗性基因

中科院微生物所：人、鸡和猪肠道微生物抗生素抗性基因表达谱

肠道微生物是抗生素抗性基因（ARG）的储存宿主。然而，关于肠道微生物中ARG的存在（宏基因组DNA水平）和表达谱（宏转录组RNA水平）的信息有限。中科院微生物研究所高福与团队在《Environment International》发表一项研究，通过宏基因组测序和宏转录组测序对来源于人、鸡和猪肠道微生物中的ARG进行了基因组和转录水平的分析，加深了对ARG在人、鸡、和猪肠道菌群中的分布、进化和传播的理解。

抗生素抗性基因肠道微生物 metagenomics metatranscriptomics gut resistome

儿童的行为和社会经济风险，与肠道微生物组的组成和功能存在关联

儿童行为和心理发育受到多种因素的影响，mBio上发表的一项研究表明，学龄初期儿童的行为问题和社会经济风险与肠道菌群的物种和功能的组成，都存在显著关联，而这种关联性受到看亲子关系以及父母压力等父母相关因素的影响。

儿童行为 behavior childhood development metagenomics

药物-菌群互作

Nature子刊：常用药物与肠道菌群组成和代谢功能的关联

肠道菌群可影响药物效力，反过来药物也影响肠道菌群。Nature Communications发表的一项最新研究，对荷兰3个队列的数据进行了分析，鉴定出19种常用药物与肠道菌群特征的关联，重点列举了质子泵抑制剂、二甲双胍、SSRI抗抑郁药以及非抗生素药物与菌群变化的关联。这些发现对于研究药物-菌群互作有参考意义。

药物-菌群互作肠道宏基因组队列研究炎症性肠病肠易激综合征

抗生素替代物

曾建国：肠道宏基因组视野下饲用替抗产品作用机制研究

湖南农业大学动物医学院的曾建国教授发表题为《肠道宏基因组视野下饲用替抗产品作用机制研究》的报告，指出博落回提取物（MCE）能够促进乳酸菌的丰富度，抑制病原菌，增强氨基酸的合成，表明MCE作为饲用抗生素替代产品的潜力巨大。

抗生素替代物动物菌群肠道宏基因组

Nature子刊：被忽视的巨大噬菌体

噬菌体对肠道细菌结构、营养分配、细菌进化等具有重要影响。本研究在哺乳动物肠道中发现了一种巨大噬菌体，该噬菌体的基因结构较特殊，可能拥有尚未被阐释的特殊生物特征，值得参考。

噬菌体肠道宏基因组巨大噬菌体肠道噬菌体 Xiaoyu Gao

鸡肠道菌群

曾建国+樊伟+呙于明等：鸡肠道宏基因组与抗生素促生长剂替代物

动物养殖中常用低剂量抗生素促进动物生长，但会加剧抗生素耐药性问题，威胁人类健康，寻找替代抗生素的促生长剂对养殖业的发展有重要意义。Microbiome近期发表了由湖南农业大学曾建国、中国农业科学院樊伟和呙于明合作主导的研究，首次构建了涵盖所有肠段的鸡肠道微生物参考基因集，分析了博落回提取物（MCE）对肉鸡肠道菌群和生长健康的影响，并与抗生素进行对比，揭示了二者促进肉鸡生长的机制差异，表明MCE作为抗生素促生长剂的替代品在养殖业中的应用潜力。

鸡肠道菌群肠道宏基因组肉鸡生长促进剂苄基异喹啉生物碱

Nature子刊：无需担心肠道菌群耐药基因转移到病原菌中

鉴于肠道菌群中含有丰富的抗生素耐药基因，故一般认为存在抗性基因转移到人致病菌中的风险。Nature Microbiology上的一篇长文通过蛋白质结构预测和抗性蛋白生物活性验证等方法证实，这种担心恐怕是多余的。

抗性基因肠道宏基因组蛋白结构合成生物学病原菌

从肠道菌群发现新的糖类降解酶

近年来，研究人员在肠道菌群中发现了多种新的糖类降解酶类。

CAZyme 糖类降解酶肠道宏基因组酶活膳食多糖