metatranscriptomics

抗生素可以影响肠道菌群的结构和功能。但是，宿主和菌群代谢对抗生素的敏感性尚不可知。本文使用链脲佐剂诱导的高血糖模型，结合宏基因组、元转录组和代谢组学方法分析微生物代谢与抗生素易感性的相互作用。研究结果显示，链脲佐剂诱导的高血糖（HG）可以引起盲肠内代谢物的变化、影响肠道菌群的结构和功能。本文也初步启示，高血糖足以引起盲肠代谢物变化，加剧抗生素带来的微生态失调，降低定殖抗性。

高血糖 antibiotics Dysbiosis hyperglycemia metabolomics

饮食-菌群互作

不同类型的膳食碳水化合物如何影响人肠道菌群？

饮食中的碳水化合物类型，可能通过改变肠道菌群及其衍生代谢物，来影响心脏代谢风险。American Journal of Clinical Nutrition近期发表的一项临床研究，探索了富含简单、精制或未精制的膳食碳水化合物的饮食，对人肠道菌群组成/功能及特定代谢物的影响。研究表明，吃未精制碳水化合物饮食对肠道菌群和次级胆汁酸有少量影响，可能有助于改善心血管代谢风险因素；简单和精制碳水化合物对肠道菌群的组成和功能也有不同影响。

饮食-菌群互作膳食碳水化合物 carbohydrate quality Microbiome metatranscriptomics

结直肠癌

Cell子刊：大肠癌早期微生物变化具有潜在因果关系

肠道微生物群与结直肠癌（CRC）有关，但其在CRC发生之前的因果改变尚未被阐明。最新发表在Cell Host and Microbe的研究对CRC发生前微生物组的变化进行前瞻性评估。该研究证实，利用微生物组监测腺瘤的效果或许有限，但在结肠肿瘤中，这些早期微生物的变化存在潜在的因果关系。

结直肠癌 metagenomics metatranscriptomics human microbiome Lynch Syndrome

抗生素抗性基因

中科院微生物所：人、鸡和猪肠道微生物抗生素抗性基因表达谱

肠道微生物是抗生素抗性基因（ARG）的储存宿主。然而，关于肠道微生物中ARG的存在（宏基因组DNA水平）和表达谱（宏转录组RNA水平）的信息有限。中科院微生物研究所高福与团队在《Environment International》发表一项研究，通过宏基因组测序和宏转录组测序对来源于人、鸡和猪肠道微生物中的ARG进行了基因组和转录水平的分析，加深了对ARG在人、鸡、和猪肠道菌群中的分布、进化和传播的理解。

抗生素抗性基因肠道微生物 metagenomics metatranscriptomics gut resistome

抗生素

Cell子刊：饮食可调节肠道菌群对抗生素的易感性

抗生素对肠道菌群的扰动程度，在不同个体间存在差异。Cell Metabolism发表的一项最新研究表明，抗生素可改变肠道内的代谢环境和菌群的转录应答，代谢环境的改变反过来又影响细菌对抗生素的易感性，因而通过饮食干预来调控肠道代谢，或能用来减少抗生素治疗造成的肠道菌群紊乱。

抗生素 metatranscriptomics metagenomics antibiotics Microbiome

菌群-宿主互作

猕猴慢性腹泻中的菌群-宿主互作机制

《Microbiome》近期发表的一项研究，通过粪便宏转录组学方法，分析了恒河猴特发性慢性腹泻（ICD）中的宿主和肠道菌群的基因表达变化，表明ICD肠道菌群中，致病菌基因表达增加、黏蛋白降解作用增强、对岩藻糖的利用发生改变，而宿主生成的岩藻糖基化黏蛋白，可被菌群中的潜在致病菌作为碳源或黏附位点所利用，从而促进疾病。这些发现对于研究肠道疾病中的菌群-宿主互作机制，有参考意义。

菌群-宿主互作慢性特发性腹泻 Colitis diarrhea Dysbiosis

瘤胃菌群

肉牛瘤胃菌群影响饲料转化率，且受品种影响

瘤胃菌群 Beef breed Feed efficiency metagenomics metatranscriptomics

海洋菌群

山东大学：低养分富集培养有助于不可培养细菌的复苏和分离

山东大学杜宗军教授团队通过特殊培养基分离鉴定海洋沉积物中的不可培养微生物，获得巨大成功。

海洋菌群深海沉积物 Enrichment culture metatranscriptomics Mixed culture

宏转录组学

肠道菌群对早期发育和孕晚期的代谢适应

目前对母婴菌群的研究大多集中在菌群组成分析上，EBioMedicine近期发表的一项研究，通过分析肠道菌群的宏转录组，揭示了婴儿早期发育和孕妇妊娠晚期的肠道菌群代谢功能特征。

宏转录组学 Gut Infant Metabolism metatranscriptomics

不可培养的微生物

估量不可培养微生物的庞大数量

mSystems上的一篇评论文章，对“Phylogenetically Novel Uncultured Microbial Cells Dominate Earth Microbiomes”一文发表了看法，提出了一些原文在分析中存在的问题，包括取样偏差、数据分析方法不完全合适等。

不可培养的微生物地球微生物组 Amplicon sequencing metagenomics metatranscriptomics

肥胖与饮食

脂肪酸类型影响肥胖

明确的饮食-菌群互作关系有利于研究菌群对宿主的影响。本研究以雄性C57BL / 6N的SPF/无菌小鼠为模型，研究膳食脂肪对肥胖表型影响与肠道菌群的关系，发现胆汁酸配合不同类型的脂肪，很可能通过影响肠道菌群改变宿主的代谢状态，对于研究饮食干预、菌群代谢等都具有参考价值，值得专业人士关注。

肥胖与饮食膳食脂肪代谢疾病 16S rRNA gene amplicon sequencing bile acids

围脂滴蛋白

Microbiome：16S有局限，转录组更宜洞察菌群功能

一项重要的利用基因缺陷小鼠分析饮食对菌群的影响的研究，结果本身似乎在情理之中，但研究者提出的观点值得关注，那就是16S测序研究菌群组成，或许并不能充分体现基因、饮食等因素对菌群功能的影响，而转录组这样的更精细的方法，或许要被更充分重视和应用。

围脂滴蛋白 Lipid uptake metabolic pathways metatranscriptomics Microbiome

堆肥

Microbiome：堆肥可减少动物粪便中的抗生素耐药基因

堆肥抗性组 ARGs Composting MGEs

海岸沉积物

Microbiome：含氧量不同的海岸沉积物中菌群组成及代谢产物的差异

这是一项海岸沉积物中菌群组成及代谢产物的研究，推荐关注环境微生物组的专业人士精读。

海岸沉积物氧化作用 16S rRNA Anoxic metagenomics

噬菌体基因

mBio：抗生素诱导猪噬菌体的基因转录

在我们的印象中，抗生素一般只影响细菌，但这项研究发现它还影响猪的噬菌体（病毒）的基因转录。感到神奇吧？感到就看到~

噬菌体基因卡巴多司 agricultural antibiotics carbadox metatranscriptomics

地衣菌群

Microbiome：地衣菌群的组成与功能

针对地衣里的菌群的研究，特别推荐。

地衣菌群 Amplicon sequencing Lichen symbiosis Lobaria pulmonaria metagenomics

bacteria

Microbiome：哪些肠道细菌让绵羊少产甲烷？

结合利用宏基因组深度测序、宏转录组数据集、16s rRNA基因扩增子测序，比较高甲烷产量（HMY）绵羊及低甲烷产量（LMY）绵羊的瘤胃菌群，发现产甲烷菌的不同组成。

bacteria Lactate production Lactate utilisation metagenomics metatranscriptomics